科研产出
黄瓜DIR家族基因的全基因组鉴定及其表达分析
《中国农业科学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】基于黄瓜基因组信息和转录组测序大数据，利用生物信息学手段，对黄瓜中DIR基因家族进行鉴定，并分析其在不同组织器官和胁迫响应过程中的表达模式，为后续深入研究黄瓜DIR基因的生物学功能奠定重要基础。【方法】基于已报道的DIR基因HMM模型文件，利用HMMER软件包的hmmsearch程序从黄瓜蛋白数据库中筛选出可能的DIR基因ID，并利用在线工具Pfam和SMART进行验证，最终确定黄瓜DIR家族基因。利用ExPASy、TBtools、GSDS、MEME、MEGA、MCScanX和Circos等工具分析黄瓜DIR基因家族成员的理化特征、染色体定位、基因结构、系统进化树和共线性。基于黄瓜在不同组织和胁迫响应下的转录组测序大数据，利用黄瓜V3版本基因组信息进行转录组分析，检索黄瓜DIR基因在不同转录组测序分析中的表达情况，利用TBtools软件绘制表达热图，分析黄瓜DIR基因在不同组织和胁迫响应过程中的表达模式。【结果】在黄瓜中鉴定到23个DIR家族基因，分布于7条染色体上，编码氨基酸个数在78—684，分子量8.70—73.82 kD；系统进化分析将黄瓜DIR基因家族划分为3个亚族，每个亚族中的基因结构和motif基本一致；共线性分析发现黄瓜中有12个DIR基因与拟南芥中的19个DIR基因存在27种线性关系，黄瓜中有12个DIR基因与水稻中的11个DIR基因存在19种线性关系，而黄瓜中另外8个DIR基因比较保守，既不与拟南芥中的DIR基因存在共线性，也不与水稻中的DIR基因存在共线性；组织特异性表达分析发现有些黄瓜DIR基因在根、茎、花、果实、叶片等所有组织器官中的表达量均较低或不表达，有些黄瓜DIR基因在所有组织器官中的表达量均较高，而有些黄瓜DIR基因只在特定组织中表达，但在其他组织中不表达或低表达，表明不同的黄瓜DIR基因具有组织特异性表达模式；黄瓜DIR家族基因在胁迫响应过程中的表达模式分析发现CsaV3＿4G023490在黄瓜非生物胁迫和生物胁迫响应过程中均发生上调表达，表明该基因在黄瓜生长发育过程中发挥着重要作用。【结论】在黄瓜中共鉴定到23个DIR家族基因，分为3个亚族，每个亚族内的基因成员保守性高，不同亚族间的基因结构和蛋白保守结构域有所不同。黄瓜DIR基因在不同组织器官和胁迫响应下的表达模式具有差异性，协同调控了黄瓜的生长发育。
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食源性血糖调节活性肽的研究进展
《食品工业科技 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：糖尿病已成为全球最严重的慢性疾病之一，亟需新型的预防、干预、调控手段。食物蛋白源小肽与参与血糖调节的受体、酶、生物分子，以及葡萄糖转运体相互作用，干预并调控血糖水平。它具有组织亲和力和特异性高、副作用低的优势，是一种前景广阔的糖尿病应对方案。本文综述了食源性血糖调节活性肽的作用机制、动植物食物来源、结构特征、制备和活性评价手段、构效关系研究方法，以及产业化推广的诸多挑战，包括DPP-IV抑制肽、α-葡萄糖苷酶抑制肽、α-淀粉酶抑制肽的序列特征，多种生物信息学技术（电子模拟、分子对接、定量构效关系等）联用分析降糖机制与活性位点。为未来研究提供了思路：a.从细胞通路、代谢组学角度明确机理，保障并强化体内功效；b.通过细胞和动物实验结合临床试验评估消化稳定性、生物利用度和安全性；c.采用新型载体技术，提高肽基活性物质的溶解度、稳定性和渗透性。本文期望为促进降糖功能食品的产业化应用提供理论和科学参考。
关键词： 食源性活性肽 血糖调节 肽序列 构效关系 生物信息学
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意大利蜜蜂DHPR基因的生物信息学分析
《中国蜂业 》 2021
摘要：四氢生物蝶呤是芳香族氨基酸羟化酶及一氧化氮合酶的辅酶,具有抗氧化和清除活性氮氧化物的功能,二氢蝶呤还原酶是四氢生物蝶呤合成代谢途径中的关键酶.本研究对意大利蜜蜂二氢蝶呤还原酶编码蛋白进行了预测分析,并构建了系统进化树.结果显示,意蜂二氢蝶呤还原酶基因编码一个714bp的开放阅读框,编码237个氨基酸,该预测蛋白的分子量约为26kD,等电点为8.90,二级结构主要由8个α-螺旋区和8个β-折叠区构成,系统进化树分析表明,西方蜜蜂DHPR与大蜜蜂和小蜜蜂的DHPR亲缘关系较近,与传统的生物学分类结果相符.实验结果可为进一步开展意蜂二氢蝶呤还原酶的功能研究提供信息参考.
关键词： 意大利蜜蜂 二氢蝶呤还原酶 四氢生物蝶呤 生物信息学
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意大利蜜蜂6-丙酮酰四氢蝶呤合酶(PTS)的生物信息学分析
《中国蜂业 》 2019
摘要：四氢生物蝶呤是芳香族氨基酸羟化酶的必需辅酶,其合成不足或代谢缺陷会导致动物罹患多种神经性疾病,6-丙酮酰四氢蝶呤合酶是四氢生物蝶呤合成代谢途径中的关键酶.本研究采用生物信息学方法,对意大利蜜蜂6-丙酮酰四氢蝶呤合酶编码蛋白的氨基酸组成、理化性质、疏水性、跨膜区、结构功能域以及空间二级结构和三级结构等方面进行分析和预测,并构建了系统进化树.分析结果显示,意蜂6-丙酮酰四氢蝶呤合酶基因全长是829bp,含有一个429bp的开放阅读框,编码142个氨基酸,属于亲水性蛋白,即非分泌蛋白,二级结构主要由α-螺旋构成,系统进化树分析结果与传统的生物学分类结果相符.实验结果可为进一步开展意蜂6-丙酮酰四氢蝶呤合酶基因家族的功能研究和应用提供信息参考.
关键词： 意大利蜜蜂 6-丙酮酰四氢蝶呤合酶基因 生物信息学
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小麦Wcor15基因上游调控区克隆及生物信息学分析
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为了克隆小麦Wcor15基因启动子序列和预测可能的表达调控途径,试验设计特异引物采用PCR方法从小麦基因组DNA中直接进行扩增并测序,用Neural Network Promoter Prediction、Promoter SCAN、Promoter 2.0和Meth Primer软件对启动子结构进行分析,PLACE在线分析预测可能的顺式作用元件。结果表明:克隆获得了一段长度为2 046 bp的Wcor15基因上游调控区序列,软件预测显示该区域含有4个可能的启动子,除了具有一般启动子的CAAT-box、TATA-box典型结构外,还含有CBFHV、ACGTATERD1、ABRELATERD1、ARR1AT、CANBNNAPA应答非生物胁迫、激素等重要作用元件。序列比对发现小麦Wcor15启动子与拟南芥cor15a、大麦cor14b的一致性分别为36.92%和40.29%。
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猪CD4基因多态性及生物信息学分析
《基因组学与应用生物学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用PCR-RFLP方法检测猪CD4基因部分外显子区的单核苷酸多态性,分析CD4基因SNPs之间的连锁不平衡程度,并采用生物信息学软件预测SNPs对CD4蛋白的潜在影响,为猪的抗病育种研究提供相应的分子标记。研究表明,大白猪CD4基因外显子4、6和7都存在一个突变位点,分别可使CD4蛋白T80S、P290L和M348I发生改变;每个SNP位点都有三种基因型,多态信息含量均处于中等多态(0.25
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草鱼MyoD基因内含子和启动子的克隆与分析
《基因组学与应用生物学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究采用PCR和染色体步移法克隆了草鱼Myo D基因311 bp的内含子1、125 bp的内含子2及长1 066 bp的部分上游启动子序列。同源性比对分析表明,草鱼Myo D的内含子1与鲤科鱼类的同源性相对较高(87%~97.1%)。生物信息学方法预测草鱼Myo D的启动子序列中发现含有1个核心启动子序列,存在CREB、SP1、ATF等多种与转录诱导调控有关的转录因子结合位点,未发现Cp G岛。草鱼Myo D基因内含子及启动子克隆与特征分析,将为进一步研究鱼类Myo D基因的表达调控及其功能分析提供参考。
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茶树β-葡萄糖苷酶研究进展
《茶叶科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：茶树体内的各种物质代谢、能量传递以及生长发育等都必须有酶的参与,而且酶对茶叶品质的形成具有重要意义。β-葡萄糖苷酶能够催化茶树糖苷类香气前体的水解反应,产生的茶树香气物质不仅参与茶树对病虫害的防御反应,还是茶叶重要的物质基础。茶树β-葡萄糖苷酶基因在表达部位、亚细胞定位、蛋白结构及系统发育进化等生物信息学方面,与拟南芥、水稻、玉米等植物的β-葡萄糖苷酶基因家族都存在相似性。在非生物和生物逆境胁迫下,茶树β-葡萄糖苷酶基因表达在逆境初期均呈现上调。本文将主要围绕茶树β-葡萄糖苷酶基因生物信息学及基因表达等研究现状,结合β-葡萄糖苷酶在茶叶加工中的变化作一概述。
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