科研产出
番鸭细小病毒NS和VP基因的克隆及序列分析
《中国兽医杂志 》 2022 北大核心
摘要：为进一步了解番鸭细小病毒(MDPV)基因的遗传变异特征,本试验采用分段PCR扩增法获得了2个MDPV安徽分离株(AH1901和AH1902)基因组NS和VP全长基因,并与GenBank数据库中的20个水禽细小病毒基因组序列进行了比对.序列分析显示,克隆的MDPV基因均包括完整的NS和VP基因,分别为1 884 bp和2 199 bp,VP基因核苷酸序列变异程度相对较高,而NS基因则较为保守;进化分析显示,安徽分离株AH1901和AH1902位于同一分支,二者与国内分离的MDPV毒株ZJ-JH-2013基因遗传距离最近,可能来源于同一毒株,与MDPV疫苗株P1及国外分离毒株FM基因遗传距离则较远;安徽分离株AH1901和AH1902的NS基因序列同源性为99.8%,VP基因序列一致.两者的NS、VP基因序列与分离株ZJ-JH-2013的同源性最高,与重组型毒株SAAS-SHNH及安徽分离株AH 1401同源性也在99.5%以上;与疫苗株P1、国外分离株FM同源性则较低,其中VP基因仅为88.9%、89.3%.本试验结果表明近年国内的MDPV分离株同源性均较高,但仍存在一定程度的基因变异,增加了诊断与防控该病的难度.
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猪CD8B基因编码区克隆和序列分析
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在克隆猪CD8B基因的编码区及检测其碱基变异,并利用生物信息学对CD8B基因及其编码的蛋白质序列进行分析.提取大白猪脾脏总RNA后,用RT-PCR扩增CD8B基因.结果 表明,扩增得到长785 bp猪CD8B基因序列,包含完整的630 bp编码区(共编码209个氨基酸),并检测到1个同义突变(c.204A/G).经预测,猪CD8β蛋白的分子式为C1053H1702N296O279S10,分子量为23 293.51,理论等电点为10.24,不稳定系数为50.40,平均亲水性系数为-0.041;二级结构以无规卷曲、延伸链为主,含1个IgV样结构域;存在1个长21个氨基酸残基的信号肽和1个跨膜区;含1个N-糖基化位点和4个O-糖基化位点.同源性分析表明,猪CD8β蛋白与8个哺乳动物(普通牛,水牛,山羊,绵羊,猫,狗,小鼠,大鼠)的相似性在49%以上.分子进化分析表明,猪CD8β蛋白与普通牛、水牛、山羊、绵羊的亲缘关系最近,其次是猫、狗,最远的是小鼠、大鼠.本试验为研究猪CD8B基因的结构和免疫功能提供基础资料.
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花生NBS-LRR类基因P9的克隆与序列分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为探索花生NBS-LRR类基因在花生抗病中的分子作用机制,本研究以花生品种‘Z525’为试验材料,采用电子克隆与RT-PCR相结合的方法,克隆了花生叶片中的P9基因。结果表明,获得一个长度为3557 bp的序列,该序列包含一个完整的开放阅读框(ORF),ORF的长度为3 195 bp (93 bp～3 287 bp),编码1 064个氨基酸(120.4 kD),等电点pI为5.92。序列分析表明,该基因编码的蛋白与花生中假定的抗性蛋白RPP13-like及花生二倍体野生种Arachis duranensis和Arachis ipaensis推测的抗病蛋白At3g14460、RPP13-like高度相似;P9蛋白属于NBS-LRR家族,具有典型的NB-ARC和LRR-3两个保守结构域,推测该基因参与花生抗病调控过程。蛋白质亚细胞定位预测表明该基因编码的蛋白主要位于叶绿体中,可能少量分布于细胞核中,推测该基因可能主要作为叶绿体蛋白参与细胞的抗氧化、抗衰老等抗逆过程,其次作为转录因子参与转录调控作用。本研究克隆了P9基因的全长cDNA序列,并对该基因序列、结构和功能等方面进行了分析,为进一步研究花生抗病分子机制提供理论基础,同时为花生抗病品种的选育提供理论支持。
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6株猪流行性腹泻病毒N基因的克隆与分析
《畜牧与饲料科学 》 2019
摘要：为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,采用胶体金试纸条检测安徽省境内发生疑似猪流行性腹泻病的病猪粪便(2013—2017年);对PEDV抗原阳性猪样品,利用RT-PCR方法扩增其PEDV N基因,并进行测序和序列分析.结果发现,经胶体金试纸条检测确认了6个猪流行性腹泻发病猪场;对来自该6个猪场的病料样品或病毒传代培养物进行RT-PCR扩增和测序,共获得6株PEDV流行毒株的N基因序列,其序列全长均为1326 bp,将其分别命名为N12、N22、N32、N42、N52和N62.核苷酸同源性分析显示,6株PEDV分离株N基因之间序列同源性为94.8%~99.8%.其中,5株PEDV分离株(N12、N22、N32、N52和N62)与PEDV疫苗株、经典毒株、2011年之前的我国分离株(LZC、CHS)的同源性较低(94.1%~96.3%),亲缘关系较远;与2011年后国内外PEDV分离株存在较高同源性(96.9%~99.2%),亲缘关系较近;而N42正好相反.该研究表明,近年来安徽各地猪场以PEDV新变异毒株的流行为主.
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流行性腹泻病毒5株猪安徽流行株S基因的克隆与序列分析
《养猪 》 2019
摘要：为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的遗传变异,试验对5株PEDV安徽流行毒株S基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析。结果显示,5株PEDV安徽流行毒株S基因的全长均为4 161 bp,编码1 386个氨基酸,核苷酸同源性为98.7%～99.8%,它们与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.6%～99.8%之间;进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株亲缘关系较近。研究结果可为PEDV的防控和疫苗研制提供参考和依据。
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猪流行性腹泻病毒5株安徽流行株M基因的克隆与序列分析
《安徽农业科学 》 2019
摘要：为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异,对5株PEDV安徽流行株M基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析.结果表明,5株PEDV安徽流行毒株M基因的全长均为681 bp,编码226个氨基酸,核苷酸同源性为99.1%~99.9%,其与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性为96.9%~100%.进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株的亲缘关系较近.
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绵羊肺炎支原体安徽株p113基因PCR检测与序列分析
《畜牧与饲料科学 》 2019
摘要：旨在应用基于p113基因特异性的PCR方法对绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)安徽流行株进行分子生物学鉴定。利用已报道的Mo p113基因引物,采用PCR方法对前期分离的Mo安徽流行株AH-01、AH-02、AH-03和AH-04进行p113基因扩增,并对菌株的p113基因扩增产物进行序列测定及分析。结果表明,利用建立的PCR方法,4株Mo临床分离株均可扩增到大小约为287 bp的特异性目的片段;安徽流行株AH01、AH02、AH03和AH04的p113基因序列两两之间的相似性均在95%以上,与Mo ATCC 29419和Mo贵州流行株GZ-QX1的p113基因序列相似性在88.6%～89.3%。提示基于p113基因的PCR方法可以用于绵羊肺炎支原体的分子生物学鉴定,为开展由Mo引起的绵羊和山羊肺炎的流行病学调查和科学防控提供了新方法。
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蚕豆萎蔫病毒2号安徽分离物全基因组序列测定与分析
《植物保护 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：利用酶联免疫和RT-PCR技术对采自安徽地区的蚕豆病株进行检测,确定其病原为蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2)。为明确BBWV2安徽分离物(BBWV2-AH)的分类地位,克隆了该分离物的全基因组序列,分析了其基因组特征。结果表明,BBWV2-AH RNA1全长为5 944 bp(GenBank登录号:KY606992),含有1个ORF;BBWV2-AH RNA2全长3 587bp(GenBank登录号:KY606993),含有1个ORF。全序列核苷酸和氨基酸相似性分析显示,BBWV2-AH RNA1与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为78.4%~96%和87.1%~99%;BBWV2-AH RNA2与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为76.8%~95.5%和88.2%~98.3%。全基因组核苷酸序列系统发育分析显示,BBWV2-AH RNA1与中国的BBWV2-Hunan RNA1的亲缘关系最近,而BBWV2-AH RNA2与韩国的多个分离物聚集在一起,再与中国的分离物BBWV2-B935形成一个分支。
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鹅细小病毒安徽分离株NS和VP基因的克隆及序列分析
《中国畜牧兽医 》 2018 北大核心
摘要：为研究安徽省鹅细小病毒(goose parvovirus,GPV)的遗传变异特征,本研究通过PCR扩增获得GPV基因AH,并与天鹅、番鸭、雁鹅等宿主的GPV相应基因序列进行了比对。序列分析可见,AH基因包括完整的NS和VP基因,长度分别为1 884和2 199bp,分别编码2个非结构蛋白和3个结构蛋白。遗传进化分析显示,安徽分离株AH基因与重庆分离株毒株RC16及安徽分离的强毒株Y、E、Yan-2等基因序列的遗传距离较近;而与安徽分离的鸭源细小病毒株DS15和匈牙利分离株Virulent B,尤其是与疫苗株SYG61v遗传距离较远。同源性分析结果表明,AH-NS基因与毒株RC16核苷酸序列同源性最高,为99.6%;与疫苗株SYG61v同源性最低,为94.3%;AH-VP基因与毒株RC16的核苷酸序列一致,而与毒株DS15同源性仅为95.2%。安徽GPV AH基因序列与强毒株的基因位点一致,在VP3基因的第797、1 141、1 144、1 169和1 185bp处分别为G、A、G、C、T,结合该毒株引发疾病的严重程度,符合高致病力毒株特点。本试验结果表明,GPV同源性普遍较高,宿主范围较广泛,对不同品种水禽均有较强的侵染力。
关键词： 鹅细小病毒(GPV) 非结构蛋白 结构蛋白 序列分析
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安徽省克氏原螯虾白斑综合征病毒缺失区序列分析
《水产科技情报 》 2018
摘要：为了解安徽省克氏原螯虾(Procambarus clarkii)白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)缺失区ORF23/24和ORF14/15的遗传差异及其与世界各地WSSV的遗传进化关系,2016年4月—8月,在安徽省6个市采集了9个养殖克氏原螯虾样本进行WSSV套式PCR检测,扩增病毒缺失区ORF23/24和ORF14/15,将获得的序列进行比较分析。结果显示,9个样本均在第1轮PCR扩增中获得阳性结果,其ORF23/24区与中国台湾株(TW)比对,缺失5 892 bp或9 310 bp,其ORF14/15区与WSSV祖先株(TH-96-Ⅱ)比对,缺失5138 bp或5948 bp。其中8个样本中WSSV与2008至2010年在江苏的克氏原螯虾中检测到的一些毒株的ORF23/24和ORF14/15区缺失情况相同,且这些病毒ORF14/15区均缺失5 138 bp,与TW株缺失情况相同。
关键词： 克氏原螯虾 白斑综合征病毒 ORF23/24 ORF14/15 序列分析
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