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猪CD4基因多态性及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 许金根 1 ; 赵磊 1 ; 顾有方 1 ; 李升和 1 ; 李庆岗 1 ;

作者机构： 1.安徽科技学院动物科学学院;安徽省农业科学院畜牧兽医研究所

关键词： 猪;CD4基因;多态性;连锁不平衡;生物信息学

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2018 年 37 卷 11 期

页码： 4736-4741

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究利用PCR-RFLP方法检测猪CD4基因部分外显子区的单核苷酸多态性,分析CD4基因SNPs之间的连锁不平衡程度,并采用生物信息学软件预测SNPs对CD4蛋白的潜在影响,为猪的抗病育种研究提供相应的分子标记。研究表明,大白猪CD4基因外显子4、6和7都存在一个突变位点,分别可使CD4蛋白T80S、P290L和M348I发生改变;每个SNP位点都有三种基因型,多态信息含量均处于中等多态(0.250.8),而且仅构成两种主要单倍型CTC和GCG型(两者的频率占99%以上)。经序列预测分析可知,两种CD4单倍型纯合子的理化性质和二级结构存在差异,但三个错义突变是否能影响猪CD4蛋白的功能需进一步研究。

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