科研产出
一种基于PCR的水稻SNP标记检测方法
《中国农学通报 》 2020
摘要：旨在找到一种简便的SNP检测方法用于水稻种性鉴定及遗传多样性分析,本研究以245份长江中下游主推杂交水稻品种及亲本为研究材料,从1319个SNP位点中筛选出124对多态性高的位点,建立SNP的高效检测体系。选用其中的1个标记sf0141821553和SSR的标记RM7120来检测水稻的纯度,分别利用Caps-AccI标记和SNP-sf0601764762扩增亲本及杂交后代Wx的基因型,两者结果完全一致。用124对位点对245份杂交水稻进行遗传多样性分析,聚类分析显示,245个品种间的遗传相似系数在0.64～0.97之间。以遗传相似系数0.64为阈值,可以将245个水稻品种分为2个类群,这2个类群分别在遗传相似系数为0.712和0.667处又可以分为2个亚群。结果表明材料间存在明显的群体结构,能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳来实现SNP标记的检测,方法简便且不需要大型仪器设备和昂贵的试剂,便于实验室开展水稻品种的鉴定工作。
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安徽省草鱼养殖群体遗传多样性及遗传结构分析
《安徽农业大学学报 》 2020 CSCD
摘要：通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst<0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。
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长江野鲤(Cyprinus carpio)及两种养殖鲤群体遗传多样性评估
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了给鲤鱼遗传资源保护及利用提供较为准确的基础数据,利用10对微卫星标记分析了黄河鲤(Huanghe Cyprinus carpio,人工养殖群体)、长江野鲤(Changjiang wild Cyprinus carpio,安徽段)、安徽养殖鲤(Anhui cultured Cyprinus carpio,宿州市)群体遗传多样性。遗传多样性分析实验表明:3个群体均具有较高的遗传水平,且长江野鲤群体遗传多样性高于黄河鲤、安徽养殖鲤;卡方检验表明:3个群体在较大程度上受到人类活动及生态环境变化的影响,30个位点中76.67%的位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。遗传距离、遗传相似度、非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类树及贝叶斯聚类分析均显示,长江野鲤与安徽养殖鲤亲缘关系较近,研究情况与实际生产中养殖户从长江里获得鲤鱼亲本用于繁殖苗种的现象相符。突变-漂移平衡分析显示,在TPM模式下,Wilcoxon符号秩次检验中黄河鲤群体显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,黄河鲤、长江野鲤、安徽养殖鲤群体遗传多样性均较高,具有进一步的选育空间。
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绵羊Izumo1基因多态性及其与产羔数关联分析
《中国农业大学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135A>G和g.54412107C>A 2个位点。Izumo1基因g.54412135A>G位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107C>A在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P<0.01);群体遗传学分析得出g.54412135A>G多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC<0.25);g.54412107C>A多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25
关键词： 绵羊 Izumo1基因 克隆 多态性 SNP 产羔数
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基于分子标记的安徽省绿豆种质资源遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽地区绿豆种质资源的遗传背景和亲缘关系,本研究挑选了27对(15对InDel和12对SSR标记)条带清晰、多态性好的分子标记对安徽地区的66份绿豆地方品种进行遗传多样性分析.研究结果表明,单个标记检测到的等位基因数(Na)在2~4个,平均为2.57个;有效等位基因数(Ne)为1.38~3.45个,平均为2.03个;Shannon信息指数(I)的变幅介于0.45~1.31之间,平均值为0.76;Nei's基因多样性指数在0.28~0.71之间,平均为0.49;标记的多态性信息含量(PIC)值在0.24~0.66之间,平均PIC含量为0.40.66份资源间的遗传相似系数在0.33~1.00之间,平均为0.61,UPGMA聚类分析将66份材料在遗传相似系数为0.525处分为两大类群.但聚类结果没有严格按照地理来源进行划分,来源于不同地理区域的资源被划分在一起.上述研究结果表明安徽省绿豆地方品种遗传基础狭窄,遗传多样性水平较低.因此,为丰富安徽省绿豆资源遗传多样性水平,需加强资源引进和种质创新工作.本研究结果为分析安徽地区绿豆品种亲缘关系提供理论依据,同时也为资源收集和提高优良种质利用率提供依据.
关键词： 绿豆(Vigna radiata (L.) Wilczek) 分子标记 遗传多样性 聚类分析
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基于微卫星标记的大口黑鲈(Micropterus salmoides)原种和养殖群体遗传多样性和结构分析
《浙江大学学报(农业与生命科学版) 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解大口黑鲈(Micropterus salmoides)的种质资源遗传背景,采用11个微卫星位点研究了大口黑鲈原种(加州原种)、从台湾省引进的台湾选育种(台湾加州鲈)和大陆本土化的养殖种(优鲈1号)的遗传多样性及遗传结构.结果显示:加州原种的等位基因数和有效等位基因数显著高于优鲈1号和台湾加州鲈;其中,加州原种的5个位点的观察杂合度和期望杂合度显著高于优鲈1号和台湾加州鲈,而后两者类似.从多态信息含量来看,加州原种群体中有11个位点处于高度多态水平,优鲈1号群体和台湾加州鲈群体分别有6和4个位点处于高度多态水平.在遗传平衡检验中发现:台湾加州鲈群体中偏离哈代-温伯格平衡的位点较多(P<0.05),而加州原种存在3个连锁座位对的连锁不平衡状态(P<0.05).在双相突变模型中,无论是WILCOXON检验还是符号检验,加州原种群体均处于突变-漂移不平衡状态.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)发现:大口黑鲈群体中15.57%的遗传变异来自群体间,25.05%的遗传变异来自群体内个体间,59.38%的遗传变异来自个体间(P<0.01).聚类分析发现:加州原种和优鲈1号之间的遗传距离最大,其次为加州原种和台湾加州鲈之间的遗传距离.当K为2时,加州原种与优鲈1号、台湾加州鲈的遗传结构有明显的差异.对个体的种群鉴定发现:加州原种群体被误判的比例最低,其次是优鲈1号,最后是台湾加州鲈.在判别准确率为85.00%的水平上,加州原种被判别正确的概率是67.70%,优鲈1号是53.30%,台湾加州鲈是20.00%.从遗传多样性、遗传距离、平衡分析均发现,加州原种多态性高,遗传距离较另外2个群体较远,并可能存在过遗传瓶颈,聚类和个体的种群鉴定进一步证明了此观点.这提示从美国引进的大口黑鲈原种应该扩群保种并系统地进行育种开发工作.
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巢湖双桥河底泥疏浚过程中轮虫群落结构研究
《环境科学与技术 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解底泥疏浚工程造成的河流水质和水环境变化,该研究对2017-2018年间巢湖流域双桥河底泥疏浚过程中轮虫种类、密度、生物量及其与水环境因子之间的关系进行了分析.研究结果发现:双桥河底泥疏浚后,水质显著提高,双桥河的氮(N)、磷(P)营养盐含量都有了明显的下降,分别降低48.06%和18.18%,轮虫密度在底泥疏浚后有显著的下降,轮虫的生物量和多样性指数有所上升, Margalef丰富度指数从底泥疏浚前的2.64上升到底泥疏浚后3.62;Shannon-Wiener多样性指数从底泥疏浚前的1.55上升到疏浚后的1.62.将轮虫的密度与水环境因子进行Pearson相关性分析发现,吮吸性轮虫与铵态氮、硝态氮呈现显著正相关(P<0.05),与可溶性磷呈现显著负相关(P<0.05);掠食性轮虫与温度、铵态氮、硝态氮呈现极显著正相关(P<0.01),与可溶性氮、总氮呈显著正相关(P<0.05),与可溶性磷呈显著负相关(P<0.05).双桥河轮虫相互关系中滤食性轮虫与捕食性轮虫呈现极显著正相关(P<0.01),吮吸性轮虫与掠食性轮虫呈现极显著正相关(P<0.01).研究表明了底泥疏浚工程在削减河流N、P营养盐,提升水质的同时,会造成轮虫群落中滤食性轮虫、捕食性轮虫密度上升,掠食性轮虫、吮吸性轮虫密度下降,而不同食性轮虫的密度变化可以作为水质评价和水生态系统安全的一个重要指标,可以很好的反映浮游植物以及环境质量的变化.研究表明不同食性轮虫密度变化可以标记底泥疏浚工程对河流水质和水生态系统的影响变化.
关键词： 双桥河 底泥疏浚 多样性指数 轮虫群落结构 水环境因子
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安徽省各茶区茶树品系遗传多样性分析及指纹图谱构建
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽省参加品比试验的各茶区茶树品系的遗传多样性,选取50对SSR引物对安徽省各茶区68份茶树品系进行分析,共检测出650个等位基因,平均每对引物的等位基因数为13个,50对引物扩增的片段长度在95~370 bp,有效等位基因(Ne)值为1.05~17.22,平均为6.10;观测杂合度(Ho)值为0.00~0.99,平均为0.38;期望杂合度(He)值为0~1,平均为0.62;各引物的Shannon信息指数(I)值为0.12~3.06,平均为1.86;多态信息含量(PIC)值变化范围在0.04~0.94,平均为0.72;基因流(Nm)值为0.11~4.45,平均为1.03.选出8对核心引物组合,构建DNA指纹图谱.聚类结果表明,68份茶树品系的居群可聚成3类,与居群的地理分布有一定的相似性,地理距离越近的品系,遗传一致度越大.利用SSR分子标记技术可以为安徽省茶树良种的改良和保护提供参考.
关键词： 茶树品系 SSR分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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安徽省麦田杂草种类组成变化及群落特征分析
《植物保护 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为明确近年来安徽省麦田杂草种类组成及群落结构变化情况,本研究采用倒置"W"取样法对安徽省麦田杂草进行了连续两年的跟踪调查,结果发现麦田杂草有19科72种,其中禾本科、菊科、蓼科种类最多.优势杂草有节节麦Aegilops tauschii、野燕麦Avena fatua、日本看麦娘Alopecurus japonicus、看麦娘A.aequalis、菵草Beckmannia syzigachne、猪殃殃Galium spurium等6种,区域性优势杂草有5种,常见杂草有8种,一般杂草有53种.此外,不同地区优势杂草存在差异,淮北草害区是以猪殃殃+节节麦+野燕麦为主的杂草群落;江淮丘陵草害区为日本看麦娘+看麦娘+猪殃殃+菵草;江南草害区为日本看麦娘+看麦娘+菵草.从杂草的分布来看,江淮丘陵草害区的杂草群落物种丰富度、多样性最高,杂草有56种,香农指数最高,为2.34;江南草害区杂草群落物种丰富度最低,有17种杂草,辛普森指数最高,为0.037,均匀度指数也较低,为0.29,优势杂草突出;从相似性指数来看,安徽省三大草害区之间的相似性指数都小于等于0.5,差异性较大.同时,安徽省麦田杂草入侵问题严重,节节麦甚至已经成为某些地区的优势杂草之一,而大穗看麦娘A.myosuroides在安徽省局部地区也多有发生.
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油-棉连作棉田油菜秸秆覆盖对棉田杂草发生及土壤杂草种子库的动态影响
《中国农学通报 》 2020 北大核心
摘要：在安徽省沿江棉区开展了油菜秸秆覆盖对棉田杂草发生、棉花生长及土壤杂草种子库影响的研究。结果表明:随着油菜秸秆覆盖量的增加,对棉田杂草的抑制效果增强。与未覆盖秸秆且不除草处理相比较,7000 kg/hm~2秸秆覆盖量处理棉花单株铃数和子棉产量显著提高。7000 kg/hm~2秸秆覆盖量处理在覆盖后30、60、120天逐步减少0～20 cm土层杂草种子库密度,与全程除草剂处理较一致;随着覆盖量减少,对0～20 cm土层杂草种子库密度的降低幅度减小。全程除草剂处理降低0～5 cm土层杂草种子库多样性,而油菜秸秆覆盖则可能增加0～5 cm土层的杂草种子库多样性。3500 kg/hm~2覆盖量+秸秆覆盖30天后喷施除草剂处理的抑草效果和增产效果与全程除草剂处理较一致。因此,在安徽省沿江棉区油-棉连作棉田推荐使用3500 kg/hm~2油菜秸秆覆盖量+秸秆覆盖30天后喷施除草剂。
