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一种基于PCR的水稻SNP标记检测方法

文献类型： 中文期刊

作者： 王钰 1 ; 许学 1 ; 秦瑞英 1 ; 陆徐忠 1 ; 李莉 1 ; 杨剑波 1 ; 倪金龙 1 ; 马卉 1 ; 汪秀峰 1 ;

作者机构： 1.安徽省农科院水稻研究所

关键词： 水稻;SNP;功能基因;标记筛选;多态性

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2020 年 09 期

页码： 82-93

摘要： 旨在找到一种简便的SNP检测方法用于水稻种性鉴定及遗传多样性分析,本研究以245份长江中下游主推杂交水稻品种及亲本为研究材料,从1319个SNP位点中筛选出124对多态性高的位点,建立SNP的高效检测体系。选用其中的1个标记sf0141821553和SSR的标记RM7120来检测水稻的纯度,分别利用Caps-AccI标记和SNP-sf0601764762扩增亲本及杂交后代Wx的基因型,两者结果完全一致。用124对位点对245份杂交水稻进行遗传多样性分析,聚类分析显示,245个品种间的遗传相似系数在0.64～0.97之间。以遗传相似系数0.64为阈值,可以将245个水稻品种分为2个类群,这2个类群分别在遗传相似系数为0.712和0.667处又可以分为2个亚群。结果表明材料间存在明显的群体结构,能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳来实现SNP标记的检测,方法简便且不需要大型仪器设备和昂贵的试剂,便于实验室开展水稻品种的鉴定工作。

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