科研产出
基于微卫星标记的大口黑鲈(Micropterus salmoides)原种和养殖群体遗传多样性和结构分析
《浙江大学学报(农业与生命科学版) 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解大口黑鲈(Micropterus salmoides)的种质资源遗传背景,采用11个微卫星位点研究了大口黑鲈原种(加州原种)、从台湾省引进的台湾选育种(台湾加州鲈)和大陆本土化的养殖种(优鲈1号)的遗传多样性及遗传结构.结果显示:加州原种的等位基因数和有效等位基因数显著高于优鲈1号和台湾加州鲈;其中,加州原种的5个位点的观察杂合度和期望杂合度显著高于优鲈1号和台湾加州鲈,而后两者类似.从多态信息含量来看,加州原种群体中有11个位点处于高度多态水平,优鲈1号群体和台湾加州鲈群体分别有6和4个位点处于高度多态水平.在遗传平衡检验中发现:台湾加州鲈群体中偏离哈代-温伯格平衡的位点较多(P<0.05),而加州原种存在3个连锁座位对的连锁不平衡状态(P<0.05).在双相突变模型中,无论是WILCOXON检验还是符号检验,加州原种群体均处于突变-漂移不平衡状态.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)发现:大口黑鲈群体中15.57%的遗传变异来自群体间,25.05%的遗传变异来自群体内个体间,59.38%的遗传变异来自个体间(P<0.01).聚类分析发现:加州原种和优鲈1号之间的遗传距离最大,其次为加州原种和台湾加州鲈之间的遗传距离.当K为2时,加州原种与优鲈1号、台湾加州鲈的遗传结构有明显的差异.对个体的种群鉴定发现:加州原种群体被误判的比例最低,其次是优鲈1号,最后是台湾加州鲈.在判别准确率为85.00%的水平上,加州原种被判别正确的概率是67.70%,优鲈1号是53.30%,台湾加州鲈是20.00%.从遗传多样性、遗传距离、平衡分析均发现,加州原种多态性高,遗传距离较另外2个群体较远,并可能存在过遗传瓶颈,聚类和个体的种群鉴定进一步证明了此观点.这提示从美国引进的大口黑鲈原种应该扩群保种并系统地进行育种开发工作.
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5个安徽地方猪种和5个引进猪种微卫星标记遗传多样性分析
《养猪 》 2018
摘要：采用30个微卫星DNA标记检测5个安徽地方猪种(定远猪、圩猪、安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪)和5个引进猪种(巴克夏、杜洛克、皮特兰、大约克夏、长白)的等位基因,并进行了遗传多样性、F统计量、Nei's遗传距离和UPGMA聚类分析。结果表明,30个微卫星座位共检测到380个等位基因,10个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数2.274 2~4.513 1,期望杂合度范围为0.496 3~0.777 7,多态信息含量范围为0.466 8~0.750 4,安徽地方品种的有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量均高于引进品种。5个安徽地方品种和5个引进品种的遗传分化系数变化范围分别为0.059 1~0.239 4和0.113 1~0.407 5。地方品种和引进品种的基因流平均分别为1.418 7和0.887 3。10个品种之间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.341 4~1.628 6和0.196 2~0.710 8。聚类分析显示,5个地方品种和5个引进品种分别聚为一类,地方品种中圩猪和安庆六白猪首先聚为一小类,再与定远猪聚为一小类,皖南黑猪和皖南花猪单独聚为一小类,最后聚为地方品种类中;引进品种中,杜洛克与大约克夏首先聚为一小类,再先后与长白、巴克夏聚为一小类,最后与皮特兰聚在引进品种类中。该研究中30个微卫星座位在10个品种猪中具有丰富的遗传多样性,客观地反映了5个安徽地方品和5个引进品种的遗传关系和遗传分化,为地方品种资源的保护和利用工作提供科学依据,也为研究引进品种的多样性提供基础数据。
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利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性
《中国油料作物学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用微卫星(SSR)标记,分析来自欧洲和中国的30个核盘菌菌株的遗传多样性和群体结构。结果表明,3对微卫星引物共扩增出21条清晰的谱带,平均每对引物扩增7条谱带,片段长度为158bp～358bp。根据SSR分析结果,30个核盘菌分离物具有较高的遗传相似性。物种水平的Nei遗传多样性指数为0.139 3,Shannon多样性指数为0.248 8。不同菌株群体的Nei遗传距离都较小,为0.009 6～0.049 6。其中俄罗斯群体和奥地利及英国群体之间的遗传距离最大。从30个菌株的UPGMA聚类分析结果看,核盘菌群体结构与地理来源没有明显的直接关系。许多地理来源相同的菌株分散在不同的组里。仅第三组组内的菌株地理来源一致,均来自于中国,且遗传距离比其他菌株的远。群体遗传分析显示,总群体的基因流比较高(2.111 6),基因分化系数比较低(0.191 5)。
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利用微卫星标记分析中国和法国6个鸭群体的遗传关系
《中国畜牧杂志 》 2011 北大核心
摘要：利用15个微卫星标记检测法国鲁昂鸭、合成品系INR A37与INR A444、北京鸭、金定鸭和绿头野鸭共6个群体223个个体的基因型,通过计算各项群体遗传参数,分析6个鸭群体的遗传结构和关系。结果表明:15个微卫星位点共检测到175个等位基因,其多态信息含量(PIC)介于0.245～0.884。鲁昂鸭的杂合度和PIC是最高的,其次是绿头野鸭,而其他4个鸭群基本处于同一水平。金定鸭和鲁昂鸭之间的奈氏标准遗传距离最远(DS=0.654),而法国2个鸭合成系之间最近(DS=0.140)。基于计算奈氏标准遗传距离所得数据,采用UPGMA方法构建了系统发生树,法国2个鸭合成系、北京鸭和鲁昂鸭聚为一类,而绿头野鸭和金定鸭聚为一类。综合分析,相对于金定鸭,法国的鲁昂鸭和北京鸭在遗传背景上更接近。
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利用15个微卫星标记分析淮河流域3个地方鸭种间的遗传关系
《中国家禽 》 2010 北大核心
摘要：利用15个微卫星标记分析了淮河流域的巢湖鸭、高邮鸭、淮南麻鸭3个地方鸭品种的多态信息含量(PIC)、杂合度以及群体间的遗传关系。结果表明3个群体的平均多态信息含量为0.5747,其中最高的是淮南麻鸭,为0.6030,最低的是高邮鸭,为0.5270,巢湖鸭为0.5940;3个群体的平均观察杂合度为0.4716,其中最高的是淮南麻鸭,为0.4989,最低的是巢湖鸭,为0.4288,高邮鸭为0.4870。各群体间的遗传距离(DA和DS)计算结果显示,巢湖鸭和淮南麻鸭的遗传距离最近,聚类结果也完全相同。3个地方品种的聚类结果与其地域分布吻合。
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大豆M型细胞质雄性不育恢复基因标记定位
《大豆科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：鉴于与恢复基因紧密连锁的分子标记在分子辅助选择育种中的应用前景,采用SSR标记法定位大豆CMS恢复系WR016的恢复基因。根据(W931A×WR016)F1、F2的植株育性,分析表明大豆M型不育系统为单基因配子体不育。由于大豆M-CMS恢复系WR016的恢复基因定位在A1连锁群上,利用A1连锁群上的大豆SSR引物对不育系W931A和恢复系WR016构建的F2分离群体进行分析,获得了与恢复基因连锁的三个标记Satt684、Satt276和Satt545,遗传距离分别为29.5cM、10.7cM和14.1cM。虽然10.7cM还是一个较远的距离,但为进一步精确定位恢复基因,并最终克隆恢复基因打下了基础。
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大豆M型细胞质雄性不育恢复基因SSR标记初步定位
《大豆科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：鉴于细胞质雄性不育(Cytoplasmic Male Sterility,CMS)在作物杂种优势利用中的良好应用前景及分子标记对恢复系选育的应用价值,试验采用SSR分子标记对大豆CMS恢复系WR016恢复基因进行初步定位。利用197对大豆SSR引物对不育系W931A和恢复系WR016单株进行多态性筛选,52对引物在双亲间表现多态性,多态性频率26.39%,进一步利用这52对引物对10株不育系W931A和恢复系WR016单株、不育基因池、可育基因池和半不育基因池进行分析,表明位于A连锁群上的Satt276表现出良好的多态性。再利用合成的Satt276附近的引物进行分析,表明Satt684和Satt572也有良好的多态性。据此,可将大豆M-CMS恢复系WR016的恢复基因初步定位在A连锁群上。
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