科研产出
臭鳜鱼发酵过程中细菌群落结构及功能预测
《中国食品学报 》 2025 EI 北大核心 CSCD
摘要：以臭鳜鱼为研究对象，采用高通量测序技术解析臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落结构变化，并利用PICRUSt预测细菌群落的代谢功能。结果表明，臭鳜鱼细菌群落主要由未分类鼠杆菌科菌属、卡氏伯克霍尔德菌属、乳杆菌属、嗜冷杆菌属、泛菌属、哈夫尼亚-肥杆菌属、柠檬酸杆菌属、沙雷氏菌属等组成。基于OTU水平，可将臭鳜鱼样品聚类为发酵前期（0～2 d）、发酵中期（4～8 d）和发酵后期（10～16 d）。发酵中、后期优势菌群丰度均高于发酵前期，乳杆菌属细菌在发酵中、后期占绝对优势，且以清酒乳杆菌为主，相对丰度最高达43.43%，对臭鳜鱼的风味品质形成可能起到重要作用。臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落功能主要集中在氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢方面，不同发酵阶段样品功能组成较为相似。通过研究臭鳜鱼发酵过程中细菌群落结构变化规律和代谢功能，以期为臭鳜鱼中微生物资源的开发与应用提供理论依据。
关键词： 臭鳜鱼 高通量测序 发酵过程 细菌群落结构 功能预测
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瘤胃酸中毒对山羊胃肠道功能、形态和菌群的影响
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：旨在通过诱导瘤胃酸中毒模型，探究瘤胃酸中毒对山羊胃肠道组织和菌群结构的影响。本试验选取8只健康波尔山羊为试验对象，对照组4只，造模后的酸中毒组4只。通过瘤胃插管灌服玉米面的方法构建山羊瘤胃酸中毒模型。取胃肠道组织进行HE染色、RT-qPCR和Western blot检测，探究瘤胃酸中毒对山羊消化道组织形态、功能蛋白的影响。另外分别取瘤胃液和盲肠内容物，应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定样本中细菌的16S rRNA,分析酸中毒对山羊胃肠道细菌群落组成的影响。结果显示：与对照组相比，酸中毒组山羊的瘤胃和小肠的组织形态出现损伤，其结构完整性被破坏；瘤胃和十二指肠中的MCT1 mRNA相对表达量和蛋白质表达量均极显著升高(P<0.01),而SLC5A8 mRNA相对表达量和蛋白表达量均极显著降低(P<0.01)。对瘤胃内容物进行高通量测序后，相较于对照组，酸中毒组Alpha多样性分析中Shannon指数显著低(P<0.05),拟杆菌门(Bacteroidetes)、互养菌门(Synergistetes)的相对丰富度极显著降低(P<0.01),纤维杆菌门(Fibrobacteres)、软壁菌门(Tenericutes)的相对丰度显著升高(P<0.05),瘤球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)的相对丰富度显著降低(P<0.05)。对盲肠内容物高通量测序后，与对照组相比，酸中毒组的瘤胃球菌属(Ruminococcus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)的相对丰富度显著降低(P<0.05),梭菌属(Clostridium)相对丰富度显著升高(P<0.05)。综上可知，瘤胃酸中毒可使山羊消化道组织形态完整性破坏，相关蛋白表达受影响，导致消化道菌群结构发生紊乱。
关键词： 山羊 瘤胃酸中毒 胃肠道形态 高通量测序 菌群分析
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栝楼病果微生物多样性分析及病原菌的分离鉴定
《北方园艺 》 2024 北大核心
摘要：以栝楼健康果和病果为试材,采用高通量测序技术与分子鉴定的方法,研究栝楼病果与健康果表面微生物多样性差异,探究引起栝楼果实致病菌的种类,以期为栝楼病害的科学防治提供参考依据.结果表明:从所有样本中共得到8个门、24个纲、54个目、133个科、206个属、286个种,其中属水平排列前5的依次为间座壳菌属(Diaporthe)、枝孢菌属(Cladosporium)、蔓枯菌属(Stagonosporopsis)、炭疽菌属(Colletotrichum)、酵母菌属(Hannaella).患病果实表面微生物的集中度高,与健康组微生物群落结构具有明显差异,其中丰度较高微生物主要为间座壳属(Diaporthe)、炭疽菌属(Colletotrichum)真菌;选择4株分离纯化后的典型菌株进行DNA分子鉴定,结果显示为炭疽属(Colletotrichum)、间座壳属(Diaporthe)真菌,验证了微生物多样性分析结果.综合分析可知,引起潜山市栝楼果实病害的病原菌为间座壳属(Diaporthe)、炭疽菌属(Colletotrichum)真菌.
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耐热菌剂对堆肥有机质降解及细菌演替的影响
《科学技术与工程 》 2023 北大核心
摘要：针对传统堆肥周期长、有机质降解效率低的问题,将耐热复合菌剂接种于餐厨废弃物高温堆肥中,研究其对有机质降解及微生物群落动态变化的影响.结果表明,接种耐热复合菌剂有利于:有机质降解,堆肥细菌群落丰富度和多样性的提高,厚壁菌门(Firmicutes)和尿素芽胞杆菌属(Ureibacillus)相对丰度的提高,冗余分析的结果表明,厚壁菌门(Firmicutes)对有机质降解的影响最强;网络分析结果表明,堆肥过程中尿素芽孢杆菌属(Ureibacillus)相对丰度的增加以及乳杆菌属(Lactoba-cillus)相对丰度的降低促进了有机质的降解.因此,接种耐热复合菌剂可以提高高温堆肥的质量和效率.
关键词： 耐热复合菌 高温堆肥 细菌群落 高通量测序 餐厨废弃物
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农村生活污水贝类净化区细菌群落结构解析
《安徽农业科学 》 2022
摘要：[目的]研究农村生活污水贝类净化区的细菌群落结构.[方法]采用Illumina-MiSeq高通量测序技术对贝类处理单元水体及贝类样品进行细菌多样性分析.[结果]贝类样品中的细菌群落多样性和丰度均显著高于处理单元水体.4组样品中均有大量序列不能被归入已知的属,在门的分类水平上,优势菌门是蓝细菌门(Cyanobacteria)和放线菌门(Actinobacteriota);在属水平上,优势细菌属主要为Cyanobium_PCC_6307、hgc I_clade.菌群分析发现贝类处理单元水体可能处于富营养化进程中.水质检测分析发现贝类通过滤食作用对氨氮、总磷和COD的去除率分别达到39.75%、37.21%、59.52%.[结论]该研究为贝类净水技术提供基础数据,对贝类处理农村生活污水系统的构建具有指导意义.
关键词： 农村生活污水 淡水贝类 净化区 高通量测序 群落结构 细菌多样性
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龟鳖废水处理系统中细菌群落组成及动态变化
《淡水渔业 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了优化废水处理系统的菌群结构,提高水质净化效率,实验采用高通量测序技术对龟鳖废水处理系统的细菌群落组成进行分析,同时对细菌群落和废水水质进行相关性分析。结果显示:不同处理单元中的菌群结构存在显著差异,在门分类水平上,各处理单元的主要细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)和放线菌门(Actinobacteriota)。属水平上,主要为黄杆菌属(Flavobacterium)、噬氢菌属(Hydrogenophaga)和未分类的微杆菌科(unclassified-f-Microbacteriaceae)。相关性分析结果表明,废水处理系统中的细菌群落变化受水质环境因子的影响明显,其中黄杆菌属(Flavobacterium)与总氮(TN)、氨氮(NH~+_4-N)呈正相关,与化学需氧量(COD)呈负相关,噬氢菌属(Hydrogenophaga)与TN、NH~+_4-N、COD均呈正相关,Limnohabitans、气单胞菌属(Aeromonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)等丰度排名靠前的菌属与TN、NH~+_4-N、COD均呈负相关。
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中华鳖投放密度对稻鳖共生田土壤细菌群落结构的影响
《南方农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确稻鳖共生模式下稻田土壤微生物多样性及菌群结构组成的变化特征,为推广稻鳖共生模式及开展稻田土壤微生物功能研究提供理论依据。【方法】水稻移栽25 d后投放中华鳖,于8月10日、9月19日和10月10日采用五点法分别在水稻根部周围和鳖池水底采集0～5 cm表层土,应用Illumina MiSeq高通量测序分析稻田表层土壤和鳖池底泥的菌群结构特征及其多样性,并以冗余分析（RDA）识别稻鳖共生田土壤菌群结构变化的关键环境因子。【结果】放养中华鳖后稻鳖共生田土壤的理化性质均发生明显变化。从24份样品中测序获得145239个OTUs,涵盖的菌群涉及到74门184纲294目301科373属。各样品均具有较高的丰度和多样性,Chao1指数范围为7817.78～17453.39,Shannon指数范围为8.64～11.29,且中华鳖投放密度低的稻鳖共生田土壤菌群多样性相对较高。在稻田表层土壤和鳖池底泥菌群结构中,相对丰度大于1.00%的门共有10个,分别是变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、酸杆菌门（Acidobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、硝化螺旋菌门（Nitrospirae）、厚壁菌门（Firmicutes）、Ignavibacteriae、螺旋体门（Spirochaetes）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）和疣微菌门（Verrucomicrobia）,以变形菌门的相对丰度最高,达28.96%～64.76%;丰度大于1.00%的属有16个,相对丰度排名前10的属包括fAnaerolineaceae、地杆菌属（Geobacter）、厌氧粘细菌属（Anaeromyxobacter）、fAcidobacteriaceae[Subgroup1]、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、Sideroxydans、cSBR2076、fNitrosomonadaceae、cBacteroidetesvadinHA17和fFW13。RDA分析结果表明,与稻鳖共生田土壤菌群结构分布极显著（P<0.01）相关的环境因子有pH、总氮（TN）含量和有机质（OM）含量,其中pH对稻鳖共生田土壤菌群结构分布影响最大。【结论】稻鳖共生模式能促进稻田土壤中氮、磷、钾的累积,有效提高土壤养分,且中华鳖投放密度低的稻田土壤菌群多样性相对较高。pH、TN含量和OM含量对稻鳖共生田土壤菌群结构的变化产生极显著影响,因此在实际生产中,中华鳖投放密度的确定除了要结合水稻和中华鳖的生产性能外,还应考虑稻鳖共生模式中饲料化肥的环境释放特点、营养物质循环特征及微生物结构组成等。
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基于高通量测序研究龟鳖养殖水体细菌多样性
《安徽农业科学 》 2021
摘要：为研究龟鳖养殖水体中微生物资源特征并获取其菌种资源,采用Illumina-MiSeq高通量测序技术对外塘和温室养殖水体及生化流程处理后的尾水进行细菌多样性分析.结果显示,3组样品在门水平上优势菌为变形菌门和拟杆菌门,平均占比分别为55.89% 和14.37%.在属水平上,细菌主要为不动杆菌属,尚未分类的小梨形菌科和红杆菌科.3组水样中均有大量序列不能被归入已知的属,推测其中可能有尚未发现的潜在新种.温室和外塘2种不同养殖模式下,水体理化因子及细菌群落结构组成均存在很大差异.传统微生物分离方法筛选了52株细菌,归属于14种不同的细菌属,其中大部分可作为水产益生菌使用.该研究结果为龟鳖养殖水体的微生态人工调控提供了理论依据.
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茶树扦插苗圃土壤真菌群落结构多样性及其环境因子分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：扦插土壤微生物在茶树扦插短穗愈合生根过程中起着至关重要的作用.为探究不同类型苗圃土壤之间的真菌群落结构差异以及土壤环境因子与真菌群落结构之间的关系.本实验采用高通量测序技术对5个茶区苗圃地的非重茬表土、重茬表土、黄心土样品进行测序分析,比较不同类型扦插土壤中真菌群落多样性差异.Alpha多样性分析表明,黄心土的真菌群落的总数和多样性都低于重茬表土和非重茬表土,重茬表土和非重茬表土的真菌群落总数和多样性在不同地区存在差异.从五组土壤样品中共检测出5个门,其中优势菌群为接合菌门(Zygomycota),丰度占真菌群落的31.11%~77.00%.五组土壤样品的403个真菌菌属中,优势菌属均为未被分类的被孢霉科(unclassified_Mortierellaceae).相关性分析表明,真菌OTU总数和物种总数Chao1与土壤有机质含量SOM有极强的相关性.本研究结果为茶树扦插土壤的选择提供了参考,也为茶树扦插土壤中病原微生物的进一步的筛选分离等研究提供了科学依据.
关键词： 茶树(Camellia sinensis (L.) O. Kuntze) 苗圃土壤 高通量测序 真菌多样性
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江淮地区不同轮茬作物对苜蓿产量及根际土壤质量的影响
《草业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为阐明江淮地区不同轮茬作物对苜蓿产量及根际土壤质量的影响,以苜蓿生长4年翻耕灭茬重新种植1年为对照(CK),研究了不同轮茬处理(3年苜蓿-玉米-苜蓿记作T_1,3年苜蓿-高粱-苜蓿记作T_2),利用传统法测定苜蓿产量及不同土层土壤理化性质,使用试剂盒测定根际土壤酶活性,通过高通量测序法对根际土壤细菌群落多样性进行了分析。结果表明:轮茬玉米(T_1)及轮茬高粱(T_2)后苜蓿产量分别是苜蓿连种(CK)的1.27和1.13倍;轮茬高粱使土壤pH、有机质含量显著增加(P<0.05),轮茬玉米土壤总氮含量显著增加(P<0.05),轮茬玉米及轮茬高粱显著提高了土壤速效钾含量(P<0.05);不同轮茬均能减轻土壤容重,且轮茬高粱更为显著;与苜蓿连种相比,轮茬玉米与轮茬高粱土壤过氧化氢酶及土壤脲酶活性均显著高于苜蓿连种土壤(P<0.05);借助高通量测序法对根际土壤细菌群落结构多样性分析表明,各处理土壤前3位高丰度表达优势细菌门均为变形菌、拟杆菌和厚壁菌;轮茬玉米与轮茬高粱处理根际土壤细菌种群数量显著高于CK,OTU数量分别是苜蓿连种土壤的1.25和1.39倍,且轮茬高粱处理的土壤细菌Shannon、Chao、Sobs多样性指数显著高于苜蓿连作土壤(P<0.05);而在细菌相对丰度上,苜蓿连作土壤中变形菌及厚壁菌相对丰度显著高于轮茬处理(P<0.05),而轮茬土壤中绿湾菌及浮霉菌要显著高于连作土壤(P<0.05)。综上表明,江淮地区轮茬较苜蓿连作更有助于提高土壤肥力及土壤酶活性,稳定细菌群落结构,改良土壤,提高土地生产力进而提高产量。
关键词： 苜蓿 轮茬 土壤细菌群落结构 土壤酶活性 高通量测序
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