科研产出
棉铃虫多核衣壳型多角体病毒fp25 K基因的克隆及分析
《安徽农业科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：[目的]克隆棉铃虫多核衣壳型多角体病毒(HearMNPV) fp25 K基因,为深入研究杆状病毒的进化机制提供依据。[方法]通过半补齐法建立HearMNPV的质粒基因组文库,对插入片段进行鉴定和序列分析获取HearMNPV fp25 K基因。[结果]HearMNPV fp25 K基因的读码框由588个核苷酸组成,编码195个氨基酸;该基因上游具有晚期调控保守序列ATAAG,是一个晚期表达基因;HearMNPV fp25 K存在5个α-螺旋,8个β-折叠;HearMNPV与蓓带夜蛾核型多角体一致性最高,达97.0%,与舞毒蛾多核衣壳型多角体的FP’同源性最低,仅为19.3%。HearMNPV与GroupⅠNPVs、GroupⅡNPVs及GVs的fp25K同源基因间氨基酸平均相似性分别为55.6%、69.4%和29.3%,推测其与Ⅱ类NPVs的亲缘关系较近。[结论]该研究为杆状病毒分子进化、生物防治奠定了基础。
关键词： 棉铃虫多核衣壳型多角体病毒 fp25 K基因 序列分析
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茶蚕颗粒体病毒AcMNPVORF38同源基因的克隆及序列分析
《安徽农业科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：[目的]为利用昆虫病毒更好地防治害虫和进行分子生物学研究。[方法]从感病茶蚕幼虫的尸体中提取颗粒体病毒DNA后,进行酶切、克隆、测序和序列分析。[结果]成功克隆了茶蚕颗粒体病毒基因组中一个1 484 bp的片段。该片段含有1个完整的开放阅读框(ORF)和2个不完整ORF。完整ORF为666 bp,有典型Nudix结构域,其编码1个与苜蓿银纹夜蛾核多角体病毒AcMNPV的ORF38高度同源的基因,定名为AcORF38同源基因。2个不完整ORF分别编码p47蛋白基因的C-端和p24基因的N-端。[结论]茶蚕颗粒体病毒与卷蛾科宿主中颗粒体病毒亲源关系较近,而与夜蛾科宿主昆虫中颗粒体病毒较远。AcORF38同源基因与编码NTP焦磷酸水解酶的基因高度同源,可能与病毒的复制和DNA损伤的修复过程相关,也可能与入侵寄主的过程相关。
关键词： 茶蚕 颗粒体病毒 AcMNPV-ORF38基因 克隆 序列分析
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鸭肝炎病毒A_(66)株部分cDNA文库的构建与序列分析
《中国畜牧兽医 》 2007
摘要：本研究根据已发表的小核糖核酸病毒(picornavirus)核苷酸序列设计4对引物。以RNAiso Reagent试剂抽提含DHV A66鸡胚尿囊液总RNA,用TakaRa RNA PCR Kit(AMV)Ver3.0试剂盒进行RT-PCR扩增,将所得PCR产物回收并克隆于pMD18-T载体、转化感受态细菌DH5а,利用氨苄青霉素筛选阳性克隆子,经EcoRⅠ和SalⅠ双酶切鉴定重组质粒。取重组阳性质粒进行测序,测序结果与近期GenBank登录的3株Ⅰ型DHV核苷酸序列比对,结果显示与03D株、H株、5886株鸭肝炎病毒的核酸序列同源性分别为96.8%、96.3%、96.2%,表明成功构建了DHV A66株部分cDNA文库。
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家蚕浓核病毒BmDNV-3(中国株)VD_1基因组结构与转录分析
《生物工程学报 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：为了进一步认识家蚕浓核病毒BmDNV-3(中国株)VD1基因组的结构和功能,VD1被分离、纯化、克隆到pUC119载体上,完成了基因组全序列的测定。序列分析显示VD1基因组全长为6543个核苷酸,末端拥有224个核苷酸反向重复序列(ITRs)。VD1基因组正链含有3个大的开放阅读框(ORF1-3),负链含有1个大的开放阅读框(ORF4)。比较BmDNV-3的VD1和BmDNV-2(Yamanashiisolate)的VD1基因组全序列,两者同源性为98.4%,并且有107个碱基的替代和1个碱基插入,氨基酸突变集中在VD1ORF3和VD1ORF4。Northern杂交结果显示VD1的左边正链上有1.1kb和1.5kb两个转录本,右边的负链上有一个3.3kb转录本。3′和5′-RACE结果显示1.1kb转录本开始于nt290,结束于nt1437;1.5kb转录本开始于nt1423,结束于nt2931;3.3kb转录本开始于nt6287,结束于nt2922。正链上1.5kb转录本和负链上3.3kb转录本拥有10个核苷酸的3′端的共同序列。研究结果显示该病毒基因转录与已报道的其它浓核病毒存在较大的差异性。
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水稻线粒体DNA中与雄性不育有关特异片段的克隆及序列分析
《遗传学报 》 2002 SCI 北大核心 CSCD
摘要：该项研究利用RAPD技术 ,对野败型、矮败型和BT型细胞质雄性不育系、保持系 ,基因组DNA进行PCR扩增 ,分离到 6条不育系特有的扩增片段 ,并对野败型、矮败型不育系共有的片段进行了Southern分析、DNA序列分析和SCAR验证 ,该片段全长 1879bp ,包含 6个开放阅读框架和 8对重复序列。BLAST分析表明 ,该片段部分区域与Elytrigiaelongata、小麦线粒体tRNA Asp基因上游一段序列同源。并对该片段在线粒体DNA中的可能位置等进行了讨论
关键词： 水稻 细胞质雄性不育 mtDNA RAPD 序列分析 SCAR
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离子束辐照M13mp18 DNA(RF1)诱导lacZ突变的序列分析
《中国科学(B辑 化学 生命科学 地学) 》 1995 北大核心 CSCD
摘要：用离子束辐照的M13mp18 DNA(RF1)转染宿主菌E.coli JM103发现:被处理的DNA除了一部分可以失去转染活性外,还能使其上的lacZ基因发生较高频率的突变,在存活率为20％左右时,lacZ的突变频率可达(3.6～16.8)×10~(-4),为自发突变的2.3～10倍。通过对其中的10个突变体进行DNA测序,发现一些突变体在被测序的250bp范围内,可发生多达5～6个位点的碱基变异,这是在其它DNA直接辐照诱变的实验中(如X射线,γ射线,紫外线等)所很少见到的。碱基变异的类型则主要有转换(50％)、颠换(45％)和缺失(5％),转换主要以C→T和A→G为主,颠换则主要以C→A和C→G为主。在组成DNA的4个碱基中,尤以胞嘧啶最易发生变异(占整个突变碱基的60％)。通过对突变碱基周边序列进行比较发现,左右边界分别为TG和CT的碱基位点似乎比较容易发生碱基的变异。
关键词： 离子束 辐照 M13DNA lacZ突变 序列分析
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