科研产出
安徽省克氏原螯虾白斑综合征病毒缺失区序列分析
《水产科技情报 》 2018
摘要：为了解安徽省克氏原螯虾(Procambarus clarkii)白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)缺失区ORF23/24和ORF14/15的遗传差异及其与世界各地WSSV的遗传进化关系,2016年4月—8月,在安徽省6个市采集了9个养殖克氏原螯虾样本进行WSSV套式PCR检测,扩增病毒缺失区ORF23/24和ORF14/15,将获得的序列进行比较分析。结果显示,9个样本均在第1轮PCR扩增中获得阳性结果,其ORF23/24区与中国台湾株(TW)比对,缺失5 892 bp或9 310 bp,其ORF14/15区与WSSV祖先株(TH-96-Ⅱ)比对,缺失5138 bp或5948 bp。其中8个样本中WSSV与2008至2010年在江苏的克氏原螯虾中检测到的一些毒株的ORF23/24和ORF14/15区缺失情况相同,且这些病毒ORF14/15区均缺失5 138 bp,与TW株缺失情况相同。
关键词： 克氏原螯虾 白斑综合征病毒 ORF23/24 ORF14/15 序列分析
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蚕豆萎蔫病毒2号安徽分离物全基因组序列测定与分析
《植物保护 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：利用酶联免疫和RT-PCR技术对采自安徽地区的蚕豆病株进行检测,确定其病原为蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2)。为明确BBWV2安徽分离物(BBWV2-AH)的分类地位,克隆了该分离物的全基因组序列,分析了其基因组特征。结果表明,BBWV2-AH RNA1全长为5 944 bp(GenBank登录号:KY606992),含有1个ORF;BBWV2-AH RNA2全长3 587bp(GenBank登录号:KY606993),含有1个ORF。全序列核苷酸和氨基酸相似性分析显示,BBWV2-AH RNA1与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为78.4%~96%和87.1%~99%;BBWV2-AH RNA2与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为76.8%~95.5%和88.2%~98.3%。全基因组核苷酸序列系统发育分析显示,BBWV2-AH RNA1与中国的BBWV2-Hunan RNA1的亲缘关系最近,而BBWV2-AH RNA2与韩国的多个分离物聚集在一起,再与中国的分离物BBWV2-B935形成一个分支。
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鹅细小病毒安徽分离株NS和VP基因的克隆及序列分析
《中国畜牧兽医 》 2018 北大核心
摘要：为研究安徽省鹅细小病毒(goose parvovirus,GPV)的遗传变异特征,本研究通过PCR扩增获得GPV基因AH,并与天鹅、番鸭、雁鹅等宿主的GPV相应基因序列进行了比对。序列分析可见,AH基因包括完整的NS和VP基因,长度分别为1 884和2 199bp,分别编码2个非结构蛋白和3个结构蛋白。遗传进化分析显示,安徽分离株AH基因与重庆分离株毒株RC16及安徽分离的强毒株Y、E、Yan-2等基因序列的遗传距离较近;而与安徽分离的鸭源细小病毒株DS15和匈牙利分离株Virulent B,尤其是与疫苗株SYG61v遗传距离较远。同源性分析结果表明,AH-NS基因与毒株RC16核苷酸序列同源性最高,为99.6%;与疫苗株SYG61v同源性最低,为94.3%;AH-VP基因与毒株RC16的核苷酸序列一致,而与毒株DS15同源性仅为95.2%。安徽GPV AH基因序列与强毒株的基因位点一致,在VP3基因的第797、1 141、1 144、1 169和1 185bp处分别为G、A、G、C、T,结合该毒株引发疾病的严重程度,符合高致病力毒株特点。本试验结果表明,GPV同源性普遍较高,宿主范围较广泛,对不同品种水禽均有较强的侵染力。
关键词： 鹅细小病毒(GPV) 非结构蛋白 结构蛋白 序列分析
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番鸭细小病毒安徽分离株结构蛋白基因的克隆及序列分析
《动物医学进展 》 2017 北大核心
摘要：为研究番鸭细小病毒(MDPV)安徽分离株的遗传变异特征,通过PCR扩增获得了MDPV结构蛋白(VP)基因全长序列AH-MDPV-VP,并将该序列与GenBank中登录的12条MDPV和鹅细小病毒(GPV)VP基因序列进行比对。结果显示,AH-MDPV-VP基因全长2 199bp,包括完整的VP1、VP2和VP3蛋白编码区。MDPV与GPV的VP基因部分序列一致,但具有明显的差异。进化分析显示,MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH为同一分支,亲缘关系较近。同源性分析显示二者核苷酸序列同源性最高,为99.9%,且AH-MDPV-VP与GPV毒株SHFX1201的序列同源性也有89.5%。此外安徽分离株与其他MDPV的VP1、VP2和VP3基因同源性有逐步下降的趋势,而与GPV则相反呈上升趋势。进一步显示MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH相似,可能为MDPV和GPV基因重组型水禽细小病毒。
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安徽省克氏原螯虾白斑综合征病毒变异区序列分析
《安徽农业大学学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：白斑综合征已给安徽省克氏原螯虾产业带来了巨大的经济损失。为了解安徽省白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)分子流行病学,2016年4—8月在安徽省6个市采集9个养殖的克氏原螯虾样本进行WSSV套式PCR检测,扩增病毒可变区ORF94、ORF75和ORF125,将获得序列进行比较分析。结果显示,9个样本均在第1轮PCR扩增中获得阳性结果,其ORF94的重复单元(repeat unit,RU)数量为2、4、7、8和12,2RUs为常见基因型,ORF75的组合RUs总数为3、6、9、10和11,9 RUs为常见基因型,排列顺序为45、102、45、102、3×45、102和45,ORF125的RUs为5~9,其中7 RUs和6 RUs为常见基因型。
关键词： 克氏原螯虾 白斑综合征病毒 ORF94 ORF75 ORF125 序列分析
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猪NR4A1基因的克隆、序列分析及表达模式研究
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆猪核受体4A1(Nuclear receptor subfamily 4,group A,member 1,NR4A1)DNA序列全长,并对CDS序列及其表达模式进行分析。【方法】以未成年长大母猪的卵巢为材料,采用电子克隆技术,对猪NR4A1DNA序列进行分离和测序,并对猪NR4A1基因序列进行生物信息学分析;利用性腺激素(人绒毛膜促性腺激素(Human chorionic gonadotropin,HCG)和孕马血清促性腺激素(Pregnant mare serum gonadotropin,PMSG))处理卵巢颗粒细胞,采用RT-PCR方法分析猪NR4A1基因的表达模式。【结果】获得猪NR4A1基因4 870bp的DNA序列,其中CDS全长序列为1 734bp,共编码572个氨基酸;猪NR4A1基因编码的氨基酸序列与人的对应氨基酸序列的相似性最高(97%),其次为小鼠(94%);Expasy软件预测结果表明,NR4A1蛋白的氨基酸序列非常保守,其中包含2个锌指特征(NR C4-type),一个是激素受体超家族,另一个是Zf-C4超家族;猪卵巢颗粒细胞在性腺激素处理后,可诱导猪NR4A1基因在卵泡发育和排卵时期瞬时表达。【结论】猪NR4A1基因的CDS区在物种间保守性较强,推测猪NR4A1基因调节卵泡的发育和排卵过程。
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黄瓜绿斑驳花叶病毒安徽分离物全基因组序列测定及分析
《植物保护 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：通过胶体金免疫层析试纸条和RT-PCR等手段对采自安徽和县的西瓜病株进行检测,确定其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。为明确CGMMV安徽分离物CGMMV-Anhui的分类地位,进一步克隆了该病毒的全基因组序列,分析了其基因组结构特征。结果表明,CGMMV-Anhui基因组全长为6 423bp(GenBank登录号KT236095),与已报道的CGMMV的编码区的基因结构一致,仅5′和3′端非编码区核苷酸数目略有差异。将CGMMV-Anhui与已报道的分离物的全基因组序列和外壳蛋白基因序列进行系统发育分析,显示CGMMV不同分离物可分为亚洲和欧洲两个组,安徽分离物CGMMV-Anhui与亚洲分离物亲缘关系较近,可能具有共同的侵染源。
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大豆花叶病毒致病基因的克隆与序列分析
《大豆科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：通过生物学纯化与血清学鉴定(ELISA)得到5个大豆花叶病毒(SMV)分离物,利用RT-PCR法扩增其CP、HC-Pro、P1和P3基因片段并进行测序。结果表明:5个分离物P1基因全长均为927个核苷酸,编码产生309个氨基酸。同源性分析表明,5个分离物核苷酸序列同源性为88.0%~99.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为86.1%~100.0%。此外,5个分离物4个SMV基因CP、HC-Pro、P1和P3长度均为4 137个核苷酸,编码1 378个氨基酸。分析结果显示,5个分离物之间的核苷酸及氨基酸的同源性分别为92.6%~99.3%和95.1%~99.2%。根据系统进化树的分析,结合5个分离物在10个大豆鉴别寄主上的致病性反应,发现SMV的4个基因CP、HC-Pro、P1和P3与SMV的致病力及病样的来源地之间具有一定的关系。同时,这4个SMV基因能够将传统的SMV株系分离物与重组性分离物进行区分。
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番鸭细小病毒VP3基因克隆和序列分析
《动物医学进展 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为研究番鸭细小病毒基因遗传变异特征,通过PCR技术获得了番鸭细小病毒结构蛋白基因VP3序列AH-MDPV-VP3,并将该序列与GenBank数据库中登录的9条番鸭、鹅和鸭细小病毒基因相应序列进行了比对分析。测序结果可见番鸭细小病毒VP3基因全长1 605bp,编码534个氨基酸。氨基酸序列同源性和进化分析表明AH-MDPV-VP3与国内两个番鸭细小病毒基因KC171936和KM093740同源性较高,分别为100%和98.3%,且三者之间亲缘关系较近,来源于共同祖先;而与鹅细小病毒,尤其与台湾分离的鸭细小病毒基因AY382891和AY382892同源性相对较低,分别为91.6%和90.8%,遗传距离也相对较远。同时可见番鸭、鹅和鸭细小病毒的VP3基因各自较为保守,仅有少数氨基酸发生变异。本研究初步获得番鸭细小病毒VP3基因分子特征,为下一步该基因在免疫诊断及免疫防治中的应用奠定了基础。
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淮南麻黄鸡MHCⅠα链基因的克隆及序列分析
《动物医学进展 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：典型的主要组织相容性复合体(MHC)是抗原递呈的关键分子,具有重要的免疫功能,与多种疾病密切相关。为深入了解地方品种鸡MHCⅠ类α分子的特征,尤其是抗原结合区域的特点,通过RT-PCR技术获得了29个淮南麻黄鸡完整的α链基因,并进行了分析。结果显示,淮南麻黄鸡MHCⅠα分子高度多态,但主要集中在α1和α2区域,该区变异氨基酸位点共68个,其中高度变异22个。淮南麻黄鸡MHCⅠ分子α1和α2区域氨基酸序列同源性介于79.3%~99.5%之间,仅少部分序列完全一致。鸡氨基酸序列同源性与鸭较高,介于57.6%~64.1%之间;其次为人和鼠。进化分析显示,淮南麻黄鸡MHCⅠ分子α1和α2区域分属于两个类群,但未显示明显的品种差异。此外,鸡与鸭的亲缘关系较近,与其他物种则遗传距离较远。研究结果表明,淮南麻黄鸡MHC分子在进化过程中呈现高度的多态性,但受到病原体的选择压力,多态性主要位于抗原肽结合部分的α1和α2区域。
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