科研产出
皖南牛Y-STRs与Y-SNPs遗传多样性研究
《中国牛业科学 》 2018
摘要：[目的]从分子水平探究皖南牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序、荧光微卫星分型方法,选择2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)和2个Y-STRs位点(INRA189和BM861)对35头皖南公牛进行遗传多样性检测。[结果]发现35头皖南公牛包含Y1、Y2和Y3 3种单倍型组,其频率分别为2.86%、8.56%和88.58%。普通牛Y1单倍型组只有1种单倍型(Y1-98-158),普通牛Y2单倍型组有3种单倍型(Y2-102-158、Y2-104-158和Y2-106-158),瘤牛Y3单倍型组只有1种单倍型(Y3-88-156),皖南牛Y染色体单倍型多样度为0.2185±0.0924,表明皖南牛有普通牛与瘤牛2个父系起源,遗传多样性较低。[结论]皖南牛属于南方黄牛类型,以瘤牛的种质特性为主。
关键词： 皖南牛 Y-SNPs Y-STRs 遗传多样性 父系起源
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基于微卫星标记的安徽省四个地方鸡种群体遗传多样性及其遗传结构分析
《中国家禽 》 2017 北大核心
摘要：研究对安徽省四个地方鸡种遗传资源淮南麻黄鸡、霍邱鸡(固始鸡)、黄山黑鸡、金寨黑鸡的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。利用基因组扫描技术检测21个微卫星标记在四个群体中的基因型,统计分析各群体的遗传多样性指标。结果显示:21个微卫星标记在四个群体中表现出中高度多态性;观察杂合度最高的是金寨黑鸡,最低的是霍邱鸡,分别为0.621和0.587;Nei′s标准遗传距离最近的是淮南麻黄鸡和霍邱鸡,为0.0212,最远的是淮南麻黄鸡与黄山黑鸡,为0.2187;聚类分析显示淮南麻黄鸡和霍邱鸡聚为一类,黄山黑鸡和金寨黑鸡聚为一类;遗传结构分析表明淮南麻黄鸡和霍邱鸡群体极为相似,黄山黑鸡和金寨黑鸡有较大差异。安徽四个地方鸡种均表现出较高的遗传多样性,黄山黑鸡与金寨黑鸡遗传结构有较大差异,淮南麻黄鸡与霍邱鸡非常相似,在以后的选育开发中应充分利用这些遗传特性。
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3个中华鳖群体遗传多样性的微卫星标记分析
《广东农业科学 》 2017
摘要：为了给武昌湖中华鳖的遗传资源保护和利用提供较为准确的基础数据,利用微卫星标记技术,对中华鳖武昌湖野生群体和2个养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:武昌湖鳖群体、日本鳖群体、黄沙鳖群体的平均等位基因数(Na)分别为11.5、9.1、7.9,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.3、3.7、3.1,平均观测杂合度(Ho)分别为0.5667、0.5222、0.4462,平均期望杂合度(He)分别为0.6987、0.5953、0.5648,多态信息含量(PIC)分别为0.6672、0.5551、0.5303,武昌湖群体遗传多样性较高。基于Nei's遗传距离和遗传分化指数显示,目前武昌湖群体中华鳖种质资源保存较好。
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东南亚62个籼型水稻亲本SSR遗传多样性分析
《核农学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为探讨东南亚水稻亲本间的遗传多样性,以东南亚62份籼型水稻亲本为材料,选择29对水稻功能基因标记以及平均分布于12条染色体、多态性较高和条带清晰的72对SSR引物进行遗传多样性和聚类分析。结果表明,32对多态性引物在62份水稻材料中检测到201个等位基因,每个位点等位基因数(Na)变异范围为2~12,平均为6.281;有效等位基因数(Ne)变异范围为1.067~5.399,平均为2.867;多态信息含量(PIC)变异范围为0.061~0.789,平均为0.515;平均Shannon信息指数(I)为1.176,变幅为0.143~1.908;观察杂合度(Ho)为0.977,范围为0.936~1.000;期望杂合度(He)为0.439,范围为0.179~0.937;固定指数(Fis)的范围为0.882~1.000;基因流(Nm)的范围为0~0.0157。聚类分析表明,在遗传相似系数为0.805处,东南亚水稻亲本被分为6大类,同一国家大多数品种聚为一类。相对于普通分子标记,功能基因标记的平均等位基因数不高,其遗传多样性参数也低于普通分子标记,东南亚各国水稻品种间的亲缘关系较近,遗传多样性程度较低。研究结果为水稻育种亲本选配、新种质资源的创制以及杂种优势利用等提供了科学依据。
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三种体色黄鳝群体遗传多样性分析
《水产学杂志 》 2016
摘要：利用线粒体Cyt b基因部分序列测序技术研究3种体色黄鳝Monopterus albus群体(深黄斑鳝、青黄斑鳝、青斑鳝)的遗传多样性与遗传差异。结果显示:三个群体黄鳝共有变异位点53个,单倍型36个;平均单倍型多样性分别为0.9153、0.7517、0.9457;平均核苷酸多样性分别为0.00426、0.00211、0.00601。群体间遗传分化指数(Fst)较小(0.00282~0.04970),分子方差分析(AMOVA)中仅有2.10%的变异来自群体间,表明三种不同体色黄鳝群体间未有明显遗传分化。群体遗传距离的聚类分析结果显示:深黄斑鳝与青黄斑鳝群体间亲缘关系最近,深黄斑鳝与青斑鳝亲缘关系最远。
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安徽淮河水系黄鳝群体遗传多样性及其遗传结构
《安徽农业大学学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用线粒体Cyt b基因全序列(1138 bp)对安徽淮河水系黄鳝6个地理群体(阜南Fn、颍上Ys、平圩Pw、怀远Hy、凤阳Fy、明光Mg)165个样品进行遗传多样性和遗传结构分析。共检测到变异位点74个、单倍型25个,平均A+T含量(54.8%)显著大于G+C(45.2%)含量。平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.787、0.01882。各群体的遗传分化指数FST为0.01933~0.81352、基因流Nm为0.11461~26.36650,分子方差分析(AMOVA)显示44.1%的变异来自群体间,表明淮河水系黄鳝地理群体间存在较高程度的遗传分化。单倍型系统进化树和进化网络图揭示安徽淮河黄鳝6个群体的个体组成2个遗传差异明显的谱系。错配分布和中性检验结果表明安徽淮河黄鳝群体历史上较为稳定,无明显群体扩张。
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安徽东流水牛线粒体D-Loop区遗传多样性与系统进化分析
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析安徽东流水牛群体的分子遗传特性,为今后开展我国地方水牛品种研究提供科学依据。【方法】采用测序技术测定安徽东至县31头东流水牛线粒体DNA(mtDNA)D-Loop序列,结合GenBank数据库中已报道的22个群体的471条中国水牛D-Loop序列进行联合分析,利用DnaSP 5.1软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,利用MEGA 5.10软件构建N-J系统发生树,利用Network 4.60软件构建单倍型的media-joining网络。【结果】在22个中国水牛群体中发现163个变异位点,180个单倍型,其核苷酸多样性为0.018 23±0.002 21,单倍型多样性为0.877 40±0.013 80,其中在东流水牛D-Loop序列中发现70个变异位点,构成35种单倍型,其核苷酸多样性为0.013 31±0.002 08,单倍型多样性为0.944 00±0.023 00,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。N-J系统发生树和media-joining进化网络显示,中国水牛分为沼泽型和江河型,前者又分为A和B支系,B支系包括b1和b22个亚支系,东流水牛分布于A和B支系中。【结论】东流水牛群体遗传多样性丰富,且线粒体具有2个母系来源。
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江淮地区野燕麦遗传多样性研究
《种子 》 2016 北大核心
摘要：为了解江淮稻麦轮作区野燕麦种群的遗传多样性,为种下单位的划分及生物学特性和防除的研究提供依据,在安徽省境内14个地市(县)共采集野燕麦样本14份,种植于半野外环境下,用聚类分析方法对不同群体的多项指标进行对比分析。结果表明:研究地区野燕麦不同群体之间存在明显的遗传多样性。根据样本间形态等性状的遗传差异,14个野燕麦群体可分为两大聚类群,分别为聚类群Ⅰ、聚类群Ⅱ;同时又可将聚类群Ⅰ分为3个明显的亚聚类群。沿淮和沿江地区的野燕麦群体明显不同,这可能与土壤沉积物源、土壤pH值及土壤水分含量不同有关。
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茄子种质资源农艺性状遗传多样性分析
《长江蔬菜 》 2016
摘要：以56份茄子种质为材料,综合应用多样性分析和聚类分析的方法,对26个主要农艺性状的遗传多样性进行分析。试验结果表明,参试材料存在广泛的遗传多样性,果实大小多样性指数最高,其次是开展度;最大叶性状变异系数最高,其次是单果质量;基于种质间农艺性状的遗传差异,将56份茄子资源划分为三大类群,第Ⅰ类群在选育密植型品种时利用,第Ⅱ类群可在选育高产型品种时利用,第Ⅲ类群在选育特异材料时利用。综合分析了茄子种质资源主要农艺性状的遗传多样性,为茄子资源的高效利用提供可参考的依据。
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栽培与野生大麦籽粒性状比较及群体遗传多样性分析
《华北农学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为了解大麦群体遗传多样性,指导大麦育种亲本组配,对137份栽培与野生大麦籽粒性状差异进行比较,结合皮裸、棱型特征,估算各品种间遗传相似系数(GS),对群体进行聚类分析。结果表明,栽培大麦粒长(8.16 cm)显著短于野生大麦粒长(13.19 cm),但其粒宽与粒厚(3.33 cm与2.62 cm)相对于野生大麦(2.92 cm与1.69 cm)显著增加,粒重在两者间差异不显著。大麦籽粒性状变异可能与品种选育中增加穗粒数及改良品质目标有关。群体遗传多样性分析表明,遗传相似系数(GS)变幅为0~0.5,平均值为0.34,在0.334水平上将参试材料聚为4类。第Ⅰ类为六棱皮大麦(35份),主要为饲用,来源地为我国中东部地区;第Ⅱ类为六棱裸大麦(47份),主要为食用,来自青藏高原一带;第Ⅲ类是二棱皮大麦(51份),包括啤用大麦(来自我国)与野生大麦(来自以色列);第Ⅳ类是二棱裸大麦(4份),其中1份来自湖北,其他3份来源地不明确。聚类结果与棱型、皮裸特征分类一致,与来源地无明显相关性,但在一定程度上表现与大麦用途相关。大麦群体遗传多样性丰富,在育种实践中利用野生大麦资源时,建议将其与遗传距离相对较近的栽培二棱皮大麦进行组配,有利于优良基因位点纯合,提高育种效率。
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