科研产出
基于InDel标记的茄子种质资源遗传多样性分析
《中国蔬菜 》 2020 北大核心
摘要：用19对InDel标记对来自国内外的46份茄子种质资源进行遗传多样性分析.结果 表明:19对InDel标记的多态性信息含量(PIC)范围在0.48~0.66之间,均值为0.59.46份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32~1.00之间,均值为0.70,说明46份茄子种质资源之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄.利用UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.66处,将46份茄子种质资源划分为4大类群.聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性,而与来源地的关联性并不大.
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安徽省草鱼养殖群体遗传多样性及遗传结构分析
《安徽农业大学学报 》 2020 CSCD
摘要：通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst<0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。
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长江野鲤(Cyprinus carpio)及两种养殖鲤群体遗传多样性评估
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了给鲤鱼遗传资源保护及利用提供较为准确的基础数据,利用10对微卫星标记分析了黄河鲤(Huanghe Cyprinus carpio,人工养殖群体)、长江野鲤(Changjiang wild Cyprinus carpio,安徽段)、安徽养殖鲤(Anhui cultured Cyprinus carpio,宿州市)群体遗传多样性。遗传多样性分析实验表明:3个群体均具有较高的遗传水平,且长江野鲤群体遗传多样性高于黄河鲤、安徽养殖鲤;卡方检验表明:3个群体在较大程度上受到人类活动及生态环境变化的影响,30个位点中76.67%的位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。遗传距离、遗传相似度、非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类树及贝叶斯聚类分析均显示,长江野鲤与安徽养殖鲤亲缘关系较近,研究情况与实际生产中养殖户从长江里获得鲤鱼亲本用于繁殖苗种的现象相符。突变-漂移平衡分析显示,在TPM模式下,Wilcoxon符号秩次检验中黄河鲤群体显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,黄河鲤、长江野鲤、安徽养殖鲤群体遗传多样性均较高,具有进一步的选育空间。
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基于分子标记的安徽省绿豆种质资源遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽地区绿豆种质资源的遗传背景和亲缘关系,本研究挑选了27对(15对InDel和12对SSR标记)条带清晰、多态性好的分子标记对安徽地区的66份绿豆地方品种进行遗传多样性分析.研究结果表明,单个标记检测到的等位基因数(Na)在2~4个,平均为2.57个;有效等位基因数(Ne)为1.38~3.45个,平均为2.03个;Shannon信息指数(I)的变幅介于0.45~1.31之间,平均值为0.76;Nei's基因多样性指数在0.28~0.71之间,平均为0.49;标记的多态性信息含量(PIC)值在0.24~0.66之间,平均PIC含量为0.40.66份资源间的遗传相似系数在0.33~1.00之间,平均为0.61,UPGMA聚类分析将66份材料在遗传相似系数为0.525处分为两大类群.但聚类结果没有严格按照地理来源进行划分,来源于不同地理区域的资源被划分在一起.上述研究结果表明安徽省绿豆地方品种遗传基础狭窄,遗传多样性水平较低.因此,为丰富安徽省绿豆资源遗传多样性水平,需加强资源引进和种质创新工作.本研究结果为分析安徽地区绿豆品种亲缘关系提供理论依据,同时也为资源收集和提高优良种质利用率提供依据.
关键词： 绿豆(Vigna radiata (L.) Wilczek) 分子标记 遗传多样性 聚类分析
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基于微卫星标记的大口黑鲈(Micropterus salmoides)原种和养殖群体遗传多样性和结构分析
《浙江大学学报(农业与生命科学版) 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解大口黑鲈(Micropterus salmoides)的种质资源遗传背景,采用11个微卫星位点研究了大口黑鲈原种(加州原种)、从台湾省引进的台湾选育种(台湾加州鲈)和大陆本土化的养殖种(优鲈1号)的遗传多样性及遗传结构.结果显示:加州原种的等位基因数和有效等位基因数显著高于优鲈1号和台湾加州鲈;其中,加州原种的5个位点的观察杂合度和期望杂合度显著高于优鲈1号和台湾加州鲈,而后两者类似.从多态信息含量来看,加州原种群体中有11个位点处于高度多态水平,优鲈1号群体和台湾加州鲈群体分别有6和4个位点处于高度多态水平.在遗传平衡检验中发现:台湾加州鲈群体中偏离哈代-温伯格平衡的位点较多(P<0.05),而加州原种存在3个连锁座位对的连锁不平衡状态(P<0.05).在双相突变模型中,无论是WILCOXON检验还是符号检验,加州原种群体均处于突变-漂移不平衡状态.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)发现:大口黑鲈群体中15.57%的遗传变异来自群体间,25.05%的遗传变异来自群体内个体间,59.38%的遗传变异来自个体间(P<0.01).聚类分析发现:加州原种和优鲈1号之间的遗传距离最大,其次为加州原种和台湾加州鲈之间的遗传距离.当K为2时,加州原种与优鲈1号、台湾加州鲈的遗传结构有明显的差异.对个体的种群鉴定发现:加州原种群体被误判的比例最低,其次是优鲈1号,最后是台湾加州鲈.在判别准确率为85.00%的水平上,加州原种被判别正确的概率是67.70%,优鲈1号是53.30%,台湾加州鲈是20.00%.从遗传多样性、遗传距离、平衡分析均发现,加州原种多态性高,遗传距离较另外2个群体较远,并可能存在过遗传瓶颈,聚类和个体的种群鉴定进一步证明了此观点.这提示从美国引进的大口黑鲈原种应该扩群保种并系统地进行育种开发工作.
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安徽省各茶区茶树品系遗传多样性分析及指纹图谱构建
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽省参加品比试验的各茶区茶树品系的遗传多样性,选取50对SSR引物对安徽省各茶区68份茶树品系进行分析,共检测出650个等位基因,平均每对引物的等位基因数为13个,50对引物扩增的片段长度在95~370 bp,有效等位基因(Ne)值为1.05~17.22,平均为6.10;观测杂合度(Ho)值为0.00~0.99,平均为0.38;期望杂合度(He)值为0~1,平均为0.62;各引物的Shannon信息指数(I)值为0.12~3.06,平均为1.86;多态信息含量(PIC)值变化范围在0.04~0.94,平均为0.72;基因流(Nm)值为0.11~4.45,平均为1.03.选出8对核心引物组合,构建DNA指纹图谱.聚类结果表明,68份茶树品系的居群可聚成3类,与居群的地理分布有一定的相似性,地理距离越近的品系,遗传一致度越大.利用SSR分子标记技术可以为安徽省茶树良种的改良和保护提供参考.
关键词： 茶树品系 SSR分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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安徽两水系黄颡鱼的微卫星遗传多样性分析
《南方水产科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析.共检测到等位基因数(Na)245个,平均有效等位基因数(Ne)9.75个.各群体的平均Na为5.20~14.80,平均Ne为2.64~8.93;平均观测杂合度(Ho)为0.496~0.671,平均期望杂合度(He)为0.557~0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500~0.790.AMOVA分析显示仅8.15% 的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(FST)为0.006~0.236.基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系)3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂.结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应.
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111份多棱大麦种质主要农艺性状的遗传多样性
《大麦与谷类科学 》 2020
摘要：为客观评价多棱大麦种质资源主要农艺性状的遗传多样性,指导大麦亲本选配,以取自国内外不同生态区的111份多棱大麦种质为材料,考察7个主要农艺性状,通过变异系数、遗传多样性指数、主成分分析和聚类分析对供试材料的遗传多样性进行综合评价.结果显示:1)各性状的变异系数差别明显,变幅为13.7%~37.8%,其中单株粒质量(变幅37.8%)、单株粒数(变幅35.2%)和单株穗数(变幅33.0%)变异较大.2)各性状的遗传多样性指数相近,其中单株穗数最小(指数1.994),穗下节间长最大(指数2.085).3)主成分分析结果显示,前3个主成分对变异的累计贡献率达80.000%,反映了多棱大麦的单株粒质量、株高和千粒质量特性.4)聚类分析将供试材料分为3大类群,类群Ⅰ高秆大穗,千粒质量高,单株穗数和单株粒数低,以地方品种居多;类群Ⅱ矮秆穗小,千粒质量低,国外品种占半数以上;类群Ⅲ株高适中,单株穗数、单株粒数和千粒质量高,以育成品种为主.说明基于农艺性状对大麦种质遗传多样性评价简单可行.结合主成分和聚类分析指导亲本选配,有助于更快培育出符合育种目标的大麦新品种.
关键词： 多棱大麦 农艺性状 遗传多样性 主成分分析 聚类分析
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安徽省淮河水系短颌鲚群体遗传多样性
《动物学杂志 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：短颌鲚(Coilia brachygnathus)是一种小型经济鱼类,同时也是大型肉食性鱼类和江豚(Neophocaena phocaenoides)的饵料,在食物链中占据重要地位,受过度捕捞、环境污染以及栖息地破坏等多种因素的影响,短颌鲚野生资源面临严重威胁.目前有关淮河短颌鲚遗传资源的数据仍然缺乏.本研究采用微卫星分子标记对安徽省淮河水系短颌鲚5个群体进行遗传多样性分析.结果 显示,10个微卫星位点在所有短颌鲚样本中均具有高度多态性,多态信息含量(PIC) 0.852~0.942;5个短颌鲚群体均显示出较高的遗传多样性水平,期望杂合度He为0.879~ 0.903,多态信息含量(PIC) 0.851~0.881.分子方差分析(AMOVA)显示,大多数遗传变异存在于群体内(97.88%),群体间的遗传变异仅为2.12%.5个群体遗传分化水平较低(Fst< 0.05),其中,遗传分化系数最小的是浍河和颍河群体(Fst=0.004)且二者间遗传距离最近(Da=0.161);遗传分化系数最大的是凤台和王家坝群体(Fst=0.041)且其间遗传距离最远(Da=0.560).群体遗传结构分析表明,5个短颌鲚群体可划分为3个组群.5个群体都可能经历过瓶颈效应,尤其是怀远和凤台群体.但安徽省淮河水系短颌鲚仍具有较高的遗传多样性,具有潜在的开发与利用价值,建议将其作为一个保护单元进行保护和管理.
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绿豆SSR标记的开发及遗传多样性分析
《作物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：SSR标记以其数量丰富、多态性好、共显性遗传等优点在基础研究和育种工作中发挥了重要作用,但目前绿豆基因组中的SSR标记依然较少。本研究将磁珠富集法和测序技术相结合高通量检测绿豆基因组SSR位点,鉴定出3,275,355个SSR位点,开发了2742个SSR标记。选取其中157个SSR进行PCR验证,发现有90个(57.33%)标记在10份材料中表现出多态性。挑选40个条带清晰、多态性高、染色体上均匀分布的标记对90份绿豆资源进行遗传多样性分析,单个位点检测到的等位变异数为2～8个,平均为3.0个,有效等位基因数为1.31～4.21个,平均为2.16。Nei’s基因多样性指数在0.23～0.76之间,平均为0.51。多态性信息含量为0.22～0.72,平均为0.43。聚类分析将90份材料分为2个类群,包含4个组。第I组主要由北方资源组成,第Ⅱ组种质来源较为分散,第Ⅲ组主要由山东的资源构成,第Ⅳ组包含多数河北的种质资源。本研究开发的多态性SSR标记不仅可以用于绿豆种质资源的遗传多样性分析,也将在高密度遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种中发挥重要作用。
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