科研产出
长江野鲤(Cyprinus carpio)及两种养殖鲤群体遗传多样性评估
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了给鲤鱼遗传资源保护及利用提供较为准确的基础数据,利用10对微卫星标记分析了黄河鲤(Huanghe Cyprinus carpio,人工养殖群体)、长江野鲤(Changjiang wild Cyprinus carpio,安徽段)、安徽养殖鲤(Anhui cultured Cyprinus carpio,宿州市)群体遗传多样性。遗传多样性分析实验表明:3个群体均具有较高的遗传水平,且长江野鲤群体遗传多样性高于黄河鲤、安徽养殖鲤;卡方检验表明:3个群体在较大程度上受到人类活动及生态环境变化的影响,30个位点中76.67%的位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。遗传距离、遗传相似度、非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类树及贝叶斯聚类分析均显示,长江野鲤与安徽养殖鲤亲缘关系较近,研究情况与实际生产中养殖户从长江里获得鲤鱼亲本用于繁殖苗种的现象相符。突变-漂移平衡分析显示,在TPM模式下,Wilcoxon符号秩次检验中黄河鲤群体显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,黄河鲤、长江野鲤、安徽养殖鲤群体遗传多样性均较高,具有进一步的选育空间。
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安徽两水系黄颡鱼的微卫星遗传多样性分析
《南方水产科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析.共检测到等位基因数(Na)245个,平均有效等位基因数(Ne)9.75个.各群体的平均Na为5.20~14.80,平均Ne为2.64~8.93;平均观测杂合度(Ho)为0.496~0.671,平均期望杂合度(He)为0.557~0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500~0.790.AMOVA分析显示仅8.15% 的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(FST)为0.006~0.236.基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系)3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂.结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应.
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安徽省淮河水系短颌鲚群体遗传多样性
《动物学杂志 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：短颌鲚(Coilia brachygnathus)是一种小型经济鱼类,同时也是大型肉食性鱼类和江豚(Neophocaena phocaenoides)的饵料,在食物链中占据重要地位,受过度捕捞、环境污染以及栖息地破坏等多种因素的影响,短颌鲚野生资源面临严重威胁.目前有关淮河短颌鲚遗传资源的数据仍然缺乏.本研究采用微卫星分子标记对安徽省淮河水系短颌鲚5个群体进行遗传多样性分析.结果 显示,10个微卫星位点在所有短颌鲚样本中均具有高度多态性,多态信息含量(PIC) 0.852~0.942;5个短颌鲚群体均显示出较高的遗传多样性水平,期望杂合度He为0.879~ 0.903,多态信息含量(PIC) 0.851~0.881.分子方差分析(AMOVA)显示,大多数遗传变异存在于群体内(97.88%),群体间的遗传变异仅为2.12%.5个群体遗传分化水平较低(Fst< 0.05),其中,遗传分化系数最小的是浍河和颍河群体(Fst=0.004)且二者间遗传距离最近(Da=0.161);遗传分化系数最大的是凤台和王家坝群体(Fst=0.041)且其间遗传距离最远(Da=0.560).群体遗传结构分析表明,5个短颌鲚群体可划分为3个组群.5个群体都可能经历过瓶颈效应,尤其是怀远和凤台群体.但安徽省淮河水系短颌鲚仍具有较高的遗传多样性,具有潜在的开发与利用价值,建议将其作为一个保护单元进行保护和管理.
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基于分子标记的安徽省绿豆种质资源遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽地区绿豆种质资源的遗传背景和亲缘关系,本研究挑选了27对(15对InDel和12对SSR标记)条带清晰、多态性好的分子标记对安徽地区的66份绿豆地方品种进行遗传多样性分析.研究结果表明,单个标记检测到的等位基因数(Na)在2~4个,平均为2.57个;有效等位基因数(Ne)为1.38~3.45个,平均为2.03个;Shannon信息指数(I)的变幅介于0.45~1.31之间,平均值为0.76;Nei's基因多样性指数在0.28~0.71之间,平均为0.49;标记的多态性信息含量(PIC)值在0.24~0.66之间,平均PIC含量为0.40.66份资源间的遗传相似系数在0.33~1.00之间,平均为0.61,UPGMA聚类分析将66份材料在遗传相似系数为0.525处分为两大类群.但聚类结果没有严格按照地理来源进行划分,来源于不同地理区域的资源被划分在一起.上述研究结果表明安徽省绿豆地方品种遗传基础狭窄,遗传多样性水平较低.因此,为丰富安徽省绿豆资源遗传多样性水平,需加强资源引进和种质创新工作.本研究结果为分析安徽地区绿豆品种亲缘关系提供理论依据,同时也为资源收集和提高优良种质利用率提供依据.
关键词： 绿豆(Vigna radiata (L.) Wilczek) 分子标记 遗传多样性 聚类分析
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绿豆SSR标记的开发及遗传多样性分析
《作物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：SSR标记以其数量丰富、多态性好、共显性遗传等优点在基础研究和育种工作中发挥了重要作用,但目前绿豆基因组中的SSR标记依然较少。本研究将磁珠富集法和测序技术相结合高通量检测绿豆基因组SSR位点,鉴定出3,275,355个SSR位点,开发了2742个SSR标记。选取其中157个SSR进行PCR验证,发现有90个(57.33%)标记在10份材料中表现出多态性。挑选40个条带清晰、多态性高、染色体上均匀分布的标记对90份绿豆资源进行遗传多样性分析,单个位点检测到的等位变异数为2～8个,平均为3.0个,有效等位基因数为1.31～4.21个,平均为2.16。Nei’s基因多样性指数在0.23～0.76之间,平均为0.51。多态性信息含量为0.22～0.72,平均为0.43。聚类分析将90份材料分为2个类群,包含4个组。第I组主要由北方资源组成,第Ⅱ组种质来源较为分散,第Ⅲ组主要由山东的资源构成,第Ⅳ组包含多数河北的种质资源。本研究开发的多态性SSR标记不仅可以用于绿豆种质资源的遗传多样性分析,也将在高密度遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种中发挥重要作用。
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ISTR标记在榧树种质资源遗传多样性分析中的应用
《江苏农业科学 》 2019
摘要：利用反向序列标签重复技术(inverse sequence-tagged repeat,ISTR)对43份安徽省榧树种质资源及3份浙江省榧树资源进行了遗传多样性分析。ISTR能很好地用于榧树种质资源遗传多样性分析,多态性比例为87. 09%,46份榧树种质遗传相似系数为0. 548 4～1. 000 0,表明安徽省榧树种质资源遗传多样性较为丰富。采用UPGMA(非加权组平均算法)对46份种质的ISTR数据进行聚类分析,结果显示可分为3个类群,来自同一地方的种质基本上都独立聚成类群,表明种质间亲缘关系与地理来源关系较为密切;相似的种质类型聚为一类,可能与实生繁殖方式有关。ISTR标记可在榧树种质资源遗传多样性分析中被广泛地应用。
关键词： 香榧 反向序列标签重复技术 遗传多样性
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水稻功能性插入缺失标记(InDel)的筛选与应用
《作物杂志 》 2019 北大核心
摘要：开展水稻品种纯度和真实性鉴定对水稻遗传育种和种子生产有着重要的意义。以245个长江中下游主推水稻品种为研究材料,从643个插入缺失(InDel)位点中筛选出124个功能性多态性位点,建立了InDel高效检测体系。进一步利用InDel标记vf0121641804和SSR标记RM7120分析水稻样品的纯度,同时选用覆盖12条染色体的24对InDel引物和48对SSR标准引物分析水稻品种真实性,结果表明,采用InDel标记检测水稻品种纯度和真实性的结果与采用SSR标记检测结果一致,说明水稻功能性InDel标记也可用于水稻品种纯度和品种真实性的鉴定。在此基础上,鉴定了245个水稻品种124个InDel标记的基因型遗传多样性并进行了聚类分析,结果表明,水稻材料间存在明显的群体结构,基本反映了不同品种间的亲缘关系。水稻功能性InDel标记的筛选与应用,不仅为品种纯度和真实性鉴定、遗传多样性分析提供了新方法;而且可用于分子辅助育种,提高强优势组合的预见性。
关键词： 水稻 InDel 多态性位点 品种纯度 品种真实性 遗传多样性
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5个安徽地方猪种和5个引进猪种微卫星标记遗传多样性分析
《养猪 》 2018
摘要：采用30个微卫星DNA标记检测5个安徽地方猪种(定远猪、圩猪、安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪)和5个引进猪种(巴克夏、杜洛克、皮特兰、大约克夏、长白)的等位基因,并进行了遗传多样性、F统计量、Nei's遗传距离和UPGMA聚类分析。结果表明,30个微卫星座位共检测到380个等位基因,10个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数2.274 2~4.513 1,期望杂合度范围为0.496 3~0.777 7,多态信息含量范围为0.466 8~0.750 4,安徽地方品种的有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量均高于引进品种。5个安徽地方品种和5个引进品种的遗传分化系数变化范围分别为0.059 1~0.239 4和0.113 1~0.407 5。地方品种和引进品种的基因流平均分别为1.418 7和0.887 3。10个品种之间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.341 4~1.628 6和0.196 2~0.710 8。聚类分析显示,5个地方品种和5个引进品种分别聚为一类,地方品种中圩猪和安庆六白猪首先聚为一小类,再与定远猪聚为一小类,皖南黑猪和皖南花猪单独聚为一小类,最后聚为地方品种类中;引进品种中,杜洛克与大约克夏首先聚为一小类,再先后与长白、巴克夏聚为一小类,最后与皮特兰聚在引进品种类中。该研究中30个微卫星座位在10个品种猪中具有丰富的遗传多样性,客观地反映了5个安徽地方品和5个引进品种的遗传关系和遗传分化,为地方品种资源的保护和利用工作提供科学依据,也为研究引进品种的多样性提供基础数据。
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大别山牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究
《中国牛业科学 》 2018
摘要：[目的]从分子水平分析大别山牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物测序及荧光微卫星分型方法。[结果]对49头大别山牛公牛的2个YSNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测,结果表明,2个Y-SNPs标记在大别山牛中均未检测出多态性,2个Y-STRs标记在大别山牛中均表现为单态,即INRA189标记的等位基因大小均为88bp,BM861均为156bp。根据Y-SNPs与Y-STRs标记的结果,发现49头大别山牛全部为Y3-88-156单倍型,频率为1,表明该品种只有Y3瘤牛父系起源,其单倍型多样度为0,显示大别山牛的父系遗传多样性很低。[结论]大别山牛属于南方黄牛类型,其遗传多样性很低,表明其瘤牛种质特性单一、稳定。
关键词： 大别山牛 Y-SNPs Y-STRs 单倍型 遗传多样性 父系起源
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安徽省10个日本沼虾群体遗传多样性微卫星分析
《淡水渔业 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为研究安徽省日本沼虾(Macrobrachium nipponense)群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用10对微卫星引物对安徽省6个野生群体(女山湖NSH、巢湖CH、姑溪河GXH、南漪湖NYH、长江东至段CJ、升金湖SJH)和4个养殖群体(滁州CZ、太湖1号F2TH1H、当涂DT、养贤YX)的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示:所选用的10对微卫星标记均表现为高度多态性(PIC>0.5),各群体均具有较高的遗传多样性水平(期望杂合度He=0.795~0.876)。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异有3.64%来自群体之间,96.36%来自于群体内部。遗传分化和遗传距离分析显示,群体间遗传分化属于中低水平(Fst<0.15),NSH和TH1H之间的遗传分化最小(Fst=0.002 8),遗传距离最近(D=0.039 8),而SJH和CZ之间的遗传分化最大(Fst=0.114 4),遗传距离最远(D=0.226 0)。基于群体间Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,NSH和TH1H遗传关系最近。综上所述,10个群体遗传多样性水平较高,各群体间遗传分化属于中低水平。
关键词： 日本沼虾(Macrobrachium nipponense) 荧光SSR 遗传多样性 遗传分化 聚类分析
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