科研产出
黟县黑猪微卫星遗传多样性分析
《上海农业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：选择55头黟县黑猪的血液样品,采用PCR(聚合酶链式反应)和PAGE(聚丙烯酰胺凝胶电泳)法对14个微卫星标记进行分型,分析黟县黑猪群体的遗传多样性。结果表明:在黟县黑猪群体中,14个微卫星位点共检测出171个等位基因,平均每个位点约12个,有效等位基因数为3.11—12.37,观测杂合度范围为0.31—1;14个微卫星位点多态性含量为0.65—0.91,均具有高度多态性,累积排除概率达99.9%,说明选择的14个微卫星标记能够对黟县黑猪的亲缘关系进行鉴定。
关键词： 黟县黑猪 微卫星标记 遗传多样性 聚丙烯酰胺凝胶电泳
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安徽新安江水牛mtDNA D-Loop区遗传多样性与系统进化研究
《中国草食动物科学 》 2024
摘要：试验旨在分析安徽省黄山市新安江流域上游地区新安江水牛群体的分子遗传特性,探究其母系起源与遗传多样性.利用PCR扩增和测序技术测定28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列,下载GenBank数据库中24个中国水牛群体的693条D-Loop序列,利用生物信息学分析其遗传多样性,构建Neighbor-joining系统发生树和Media-joining网络,探索不同水牛群体的遗传距离.结果显示,28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列共有117个变异位点,构成25种单倍型,其核苷酸多样性为0.026 02±0.003 03,单倍型多样性为0.989±0.014.新安江水牛群体的变异性水平与中国其他水牛群体接近.N-J系统进化树显示,新安江水牛25个单倍型分为A、B两个支系,具有A支系和B支系2个母系来源,其中A支系占据主导地位.Media-joining进化网络显示,中国水牛主要为沼泽型水牛,分为沼泽型水牛A支系和B支系,B支系又分为b1亚支系和b2亚支系.综上,新安江水牛群体变异水平与中国其他地方水牛群体接近,群体遗传多样性丰富;且新安江水牛属于沼泽型水牛,具有2个线粒体母系来源,与我国其他地方水牛群体具有一定的遗传距离.
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基于55K SNP芯片揭示小麦育种亲本遗传多样性
《作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了解不同省份小麦亲本材料间的遗传多样性,以150份分布于安徽、江苏、河南、四川及山东等省份小麦种质资源为试验材料,利用小麦55K SNP芯片对其进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,在150份小麦材料中共检测到52,537个SNP位点,质控后共获得39,422个有效标记,其中多态性标记为38,135个,占有效标记数96.74%。多态性标记在亚基因组间分布呈现D （10,450）＜A （12,365）＜B （15,290）;平均多态信息含量（PIC）为0.315,变幅为0.068～0.375。各省供试材料平均遗传距离呈现:河南省＞四川省＞山东省＞江苏省＞安徽省;聚类分析、主成分分析和群体结构分析结果高度一致,分群结果与血缘关系、区域来源及育成单位均较为吻合。本研究表明各省份平均多态性信息含量处于中度多态水平,但材料平均遗传距离较为接近,仍需引入优质种质资源,缓解材料同质化情况,增加小麦应对逆境胁迫能力,减轻小麦实际生产中的脆弱性及风险性。
关键词： 小麦 55K SNP芯片 育种亲本 遗传多样性 群体结构分析
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安徽地区主栽粳(糯)稻品种遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《生物学杂志 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：以安徽省近年来主栽的21份粳（糯）稻品种为材料，采用国家标准NY/T 1433—2014中推荐的48对SSR引物进行多态性分析，研究品种间的遗传多样性。48对引物中21个SSR标记在21份材料中存在多态性，共检测到59个等位基因，平均每个标记检测到2.81个。遗传多样性分析显示：Shannon’s多样性指数变幅为0.199～1.163,平均值为0.657;Nei’s指数变幅为0.095～0.620,平均值为0.390。多态信息含量（PIC）处于0.091～0.549,平均值为0.331。21个品种间存在一定遗传差异，但等位基因观测数、Shannon’s指数、Nei’s指数均较低，表明21个品种间遗传背景较为狭窄。UPGMA聚类分析表明：21个粳（糯）稻品种的遗传相似系数为0.426～0.954,遗传相似系数在0.62处可将21个品种分为5个类群。根据标记的PIC值和MI值进一步简化标记的使用量，利用7个核心SSR标记构建了21份粳（糯）稻材料的标准指纹图谱，为品种真实性判别、纯度鉴定以及核心种质提纯奠定基础。
关键词： 粳(糯)稻 遗传多样性 SSR标记 DNA指纹图谱
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安徽省翘嘴鲌野生群体的遗传多样性分析
《生物学杂志 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为探讨安徽省翘嘴鲌(Culter alburnus)野生群体的遗传多样性及亲缘关系,利用10对微卫星标记分析4个翘嘴鲌采样群体(巢湖、武昌湖、新安江和淮河干流)的遗传多样性与遗传结构.结果显示:4个群体的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、预期杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分别为10.4~12.2、5.9~6.9、0.654~0.800、0.739~0.778和0.689~0.738,均显示高度的遗传多样性;分子方差分析(AMOVA)群体内遗传变异占比95.71%,远高于群体间的4.29%;总群体遗传分化系数(Fst)仅为0.043,成对群体间Fst为0.025~0.056,表现为低度分化;群体间基因流值(Nm)为4.21~9.75,表明群体间基因交流频繁;基于群体间遗传距离构建系统进化树显示,新安江群体与巢湖群体亲缘关系最近,与淮河群体最远.使用软件Structure 2.3.4遗传聚类分析结果显示其最佳聚类分组为4,但与各采样群体不相对应,群体间遗传相似个体交叉较多.研究表明:翘嘴鲌4个采样群体的遗传多样性高、遗传分化不显著,群体间可能存在种质混杂.
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中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性与遗传结构分析
《江苏农业科学 》 2022 北大核心
摘要：分析中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构,可为中华绒螯蟹的遗传改良及新品种培育提供科学依据.研究采用微卫星标记对偶数年江苏、安徽4个主要养殖群体的遗传特征进行分析.10个微卫星位点在4个群体中均表现出高度的遗传多样性,有效等位基因数(Ne)为9.810~11.660、预期杂合度(He)为0.904~0.918、多态信息含量(PIC)为0.874~0.891.综合遗传多样性大小为无为群体>张家港群体>高淳群体>宜兴群体;成对群体间的遗传距离较小(<0.3)、遗传分化指数(<0.05)均较低,分子变异分析中高达99.58%遗传变异来自群体内;结构分析显示,所有个体可分为4个遗传组,但每个养殖群体中均包含4个遗传组.群体系统进化树显示,高淳和张家港群体最先聚类为一支,互为姊妹群,然后依次与无为群体、宜兴群体聚类.中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性水平高,群体间无显著遗传分化,群体间可能存在种质混杂.
关键词： 中华绒螯蟹 遗传多样性 微卫星 养殖群体 遗传结构
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石榴籽粒大小遗传多样性及遗传倾向研究
《中国果树 》 2021 北大核心
摘要：籽粒大小是石榴果实重要的商品性状,但关于石榴籽粒大小遗传多样性及相关遗传规律的研究还很少。以150份石榴种质资源和3个F1代杂交后代为材料,研究了石榴籽粒大小遗传多样性及遗传倾向。结果表明:石榴的籽粒大小具有丰富的遗传多样性,变异幅度为27.33～65.03 g,遗传多样性指数为2.91;同一种质的籽粒大小相对于单果重和籽粒数目,表现更稳定。通过对3个杂交组合的籽粒大小的遗传倾向研究发现,百粒重的平均组合传递力为87.73%,杂交后代的平均百粒重都小于中亲值,超高亲值为负值,籽粒大小可能存在衰退变异。
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基于InDel标记的茄子种质资源遗传多样性分析
《中国蔬菜 》 2020 北大核心
摘要：用19对InDel标记对来自国内外的46份茄子种质资源进行遗传多样性分析.结果 表明:19对InDel标记的多态性信息含量(PIC)范围在0.48~0.66之间,均值为0.59.46份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32~1.00之间,均值为0.70,说明46份茄子种质资源之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄.利用UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.66处,将46份茄子种质资源划分为4大类群.聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性,而与来源地的关联性并不大.
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安徽省草鱼养殖群体遗传多样性及遗传结构分析
《安徽农业大学学报 》 2020 CSCD
摘要：通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst<0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。
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长江野鲤(Cyprinus carpio)及两种养殖鲤群体遗传多样性评估
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了给鲤鱼遗传资源保护及利用提供较为准确的基础数据,利用10对微卫星标记分析了黄河鲤(Huanghe Cyprinus carpio,人工养殖群体)、长江野鲤(Changjiang wild Cyprinus carpio,安徽段)、安徽养殖鲤(Anhui cultured Cyprinus carpio,宿州市)群体遗传多样性。遗传多样性分析实验表明:3个群体均具有较高的遗传水平,且长江野鲤群体遗传多样性高于黄河鲤、安徽养殖鲤;卡方检验表明:3个群体在较大程度上受到人类活动及生态环境变化的影响,30个位点中76.67%的位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。遗传距离、遗传相似度、非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类树及贝叶斯聚类分析均显示,长江野鲤与安徽养殖鲤亲缘关系较近,研究情况与实际生产中养殖户从长江里获得鲤鱼亲本用于繁殖苗种的现象相符。突变-漂移平衡分析显示,在TPM模式下,Wilcoxon符号秩次检验中黄河鲤群体显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,黄河鲤、长江野鲤、安徽养殖鲤群体遗传多样性均较高,具有进一步的选育空间。
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