科研产出
意大利蜜蜂6-丙酮酰四氢蝶呤合酶(PTS)的生物信息学分析
《中国蜂业 》 2019
摘要：四氢生物蝶呤是芳香族氨基酸羟化酶的必需辅酶,其合成不足或代谢缺陷会导致动物罹患多种神经性疾病,6-丙酮酰四氢蝶呤合酶是四氢生物蝶呤合成代谢途径中的关键酶.本研究采用生物信息学方法,对意大利蜜蜂6-丙酮酰四氢蝶呤合酶编码蛋白的氨基酸组成、理化性质、疏水性、跨膜区、结构功能域以及空间二级结构和三级结构等方面进行分析和预测,并构建了系统进化树.分析结果显示,意蜂6-丙酮酰四氢蝶呤合酶基因全长是829bp,含有一个429bp的开放阅读框,编码142个氨基酸,属于亲水性蛋白,即非分泌蛋白,二级结构主要由α-螺旋构成,系统进化树分析结果与传统的生物学分类结果相符.实验结果可为进一步开展意蜂6-丙酮酰四氢蝶呤合酶基因家族的功能研究和应用提供信息参考.
关键词： 意大利蜜蜂 6-丙酮酰四氢蝶呤合酶基因 生物信息学
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小麦Wcor15基因上游调控区克隆及生物信息学分析
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为了克隆小麦Wcor15基因启动子序列和预测可能的表达调控途径,试验设计特异引物采用PCR方法从小麦基因组DNA中直接进行扩增并测序,用Neural Network Promoter Prediction、Promoter SCAN、Promoter 2.0和Meth Primer软件对启动子结构进行分析,PLACE在线分析预测可能的顺式作用元件。结果表明:克隆获得了一段长度为2 046 bp的Wcor15基因上游调控区序列,软件预测显示该区域含有4个可能的启动子,除了具有一般启动子的CAAT-box、TATA-box典型结构外,还含有CBFHV、ACGTATERD1、ABRELATERD1、ARR1AT、CANBNNAPA应答非生物胁迫、激素等重要作用元件。序列比对发现小麦Wcor15启动子与拟南芥cor15a、大麦cor14b的一致性分别为36.92%和40.29%。
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猪CD4基因多态性及生物信息学分析
《基因组学与应用生物学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用PCR-RFLP方法检测猪CD4基因部分外显子区的单核苷酸多态性,分析CD4基因SNPs之间的连锁不平衡程度,并采用生物信息学软件预测SNPs对CD4蛋白的潜在影响,为猪的抗病育种研究提供相应的分子标记。研究表明,大白猪CD4基因外显子4、6和7都存在一个突变位点,分别可使CD4蛋白T80S、P290L和M348I发生改变;每个SNP位点都有三种基因型,多态信息含量均处于中等多态(0.25
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草鱼MyoD基因内含子和启动子的克隆与分析
《基因组学与应用生物学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究采用PCR和染色体步移法克隆了草鱼Myo D基因311 bp的内含子1、125 bp的内含子2及长1 066 bp的部分上游启动子序列。同源性比对分析表明,草鱼Myo D的内含子1与鲤科鱼类的同源性相对较高(87%~97.1%)。生物信息学方法预测草鱼Myo D的启动子序列中发现含有1个核心启动子序列,存在CREB、SP1、ATF等多种与转录诱导调控有关的转录因子结合位点,未发现Cp G岛。草鱼Myo D基因内含子及启动子克隆与特征分析,将为进一步研究鱼类Myo D基因的表达调控及其功能分析提供参考。
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茶树β-葡萄糖苷酶研究进展
《茶叶科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：茶树体内的各种物质代谢、能量传递以及生长发育等都必须有酶的参与,而且酶对茶叶品质的形成具有重要意义。β-葡萄糖苷酶能够催化茶树糖苷类香气前体的水解反应,产生的茶树香气物质不仅参与茶树对病虫害的防御反应,还是茶叶重要的物质基础。茶树β-葡萄糖苷酶基因在表达部位、亚细胞定位、蛋白结构及系统发育进化等生物信息学方面,与拟南芥、水稻、玉米等植物的β-葡萄糖苷酶基因家族都存在相似性。在非生物和生物逆境胁迫下,茶树β-葡萄糖苷酶基因表达在逆境初期均呈现上调。本文将主要围绕茶树β-葡萄糖苷酶基因生物信息学及基因表达等研究现状,结合β-葡萄糖苷酶在茶叶加工中的变化作一概述。
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不同MHC-DRB1单倍型哈萨克绵羊感染包虫病初期小肠组织差异表达基因筛选与分析
《中国畜牧杂志 》 2015 北大核心
摘要：前期研究发现哈萨克绵羊的单倍型MHC-DRB1基因单倍型MvaIbc-SacIIab-Hin1Iab与细粒棘球蚴病(包虫病)抗性密切相关,但具体分子抗病机制尚不明确。本研究旨在筛选和分析不同MHC基因型哈萨克绵羊感染包虫病早期小肠组织差异表达基因。以PCR-RFLP方法根据MHC-DRB1单倍型选择抗病和非抗病哈萨克绵羊,将实验动物分为包虫病抗性组(A)、包虫病非抗性组(B)和健康对照组(C),A、B两组分别于人工感染包虫病后2、3、4 h采集小肠组织,以C组为对照,采用基因芯片的方法分析不同各组间小肠差异表达基因。结果表明:A组与C组相比差异表达的基因共4 712个,其中表达量上调的有1 959个,表达量下调的有2 753个;B组与C组相比差异表达的基因4 944个,其中2 076个表达上调,2 868个表达下调;同C相比,A和B同为上调或下调,且表达量差异显著的基因有141个,其中32个基因表达上调,109个基因表达下调。综上,差异基因主要涵盖了代谢、细胞进程等方面,KEGG分析显示出现频率最高的补体凝集素通路代谢途径值得关注。
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稻纵卷叶螟几丁质合成酶及合成通路相关酶基因的鉴定及表达分析
《应用昆虫学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis(Guenee)是水稻上的四大害虫之一,危害较为严重,近年来以几丁质合成和代谢过程作为害虫防治的标靶研究已成为热点。为阐明几丁质合成酶及合成通路上关键酶的作用,本研究开展了对稻纵卷叶螟几丁质合成酶及合成相关通路上关键酶的克隆及时空表达分析。【方法】本研究基于稻纵卷叶螟转录组,结合PCR及RACE技术,克隆了几丁质合成酶代谢通路上的4条基因的c DNA全长;利用生物信息学软件对序列进行结构预测、序列比对和进化分析;采用实时定量PCR技术研究了4条基因在不同虫态和幼虫的不同组织中的表达情况。【结果】获得了2条几丁质合成酶序列及2条合成通路上的基因序列,包括几丁质合成酶A(Chitin synthase A,CHSA),几丁质合成酶B(Chitin synthase B,CHSB),N-乙酰葡糖胺磷酸变位酶(Phosphoacetylglucosamine mutase,PGM和UDP-N-乙酰葡萄糖焦磷酸化酶(UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase,UAP),并分别命名为Cm CHSA、Cm CHSB、Cm PGM和Cm UAP;序列分析显示Cm CHSA序列全长4 868 bp,编码1 564个氨基酸。Cm CHSB序列全长4 651 bp,编码1 525个氨基酸。Cm PGM全长1 934 bp,编码548个氨基酸。Cm UAP序列全长1 837 bp,编码487个氨基酸。实时定量研究表明,Cm UAP和Cm PGM在血淋巴中表达量最高,Cm CHSA在头部和表皮中表达量较高,而Cm CHSB在中肠中表达量最高。【结论】本研究得到了稻纵卷叶螟几丁质合成路径的4个关键酶基因c DNA全长,它们在稻纵卷叶螟的不同组织和虫态中呈现了差异显著的时空表达,本文为进一步探究稻纵卷叶螟的几丁质合成酶的生理功能和几丁质的合成代谢途径奠定了基础。
关键词： 稻纵卷叶螟 CmCHSA CmCHSB CmUAP CmPGM 鉴定 几丁质合成 生物信息学分析
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砀山酥梨果实COMT基因的克隆和表达分析
《核农学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：梨果实石细胞的发育和木质素的合成、转运及沉积密切相关。咖啡酸氧甲基转移酶(COMT)是木质素合成途径中的1种关键酶,主要参与紫丁香基木质素(syringyl lignin,S-木质素)的生物合成。本研究以砀山酥梨果实为材料,利用RT-PCR技术并结合RACE方法,得到砀山酥梨COMT基因的全长c DNA,命名为Pb COMT(Gen Bank登录号为KC905086)。该基因全长1 371 bp,开放阅读框为1 098 bp,编码365个氨基酸。进化树分析发现砀山酥梨COMT蛋白具有很高同源性,与苹果的相似性达到94%。将该基因重组到表达载体p ET-32a(+)中进行原核表达,电泳检测到1条大约60.0 k D的外源蛋白,与预测的融合蛋白分子量相符。荧光定量表达分析得知,梨果实Pb COMT基因表达量变化与木质素的含量变化趋势基本一致,并且和石细胞发育规律有很大的相关性。本研究为阐明梨石细胞发育分子机理奠定基础,为分子调控石细胞含量、改善梨果实口感提供了科学依据。
关键词： 砀山酥梨 Pb COMT 生物信息学分析 原核表达 荧光定量表达
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砀山酥梨果实F5H表达与石细胞发育的分析
《植物生理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：薄壁细胞次生壁木质化是石细胞形成的关键,石细胞团聚合主要受木质素单体组分及官能团含量的影响。阿魏酸5-羟化酶(F5H)是木质素合成途径中的一种关键酶,主要调控紫丁香基木质素(S木质素)单体的生物合成。本研究以砀山酥梨果实为材料,利用RT-PCR和RACE技术,得到砀山酥梨F5H全长c DNA,命名为Pb F5H(Gen Bank登录号为KC852907)。Pb F5H全长1 978 bp,其开放阅读框为1 551 bp,编码516个氨基酸,推测蛋白分子量是58.4 k Da,等电点为6.49。进化树分析表明,砀山酥梨F5H蛋白与其他物种具有很高同源性,与苹果的相似性达到96%。相关性分析表明,砀山酥梨木质素含量与石细胞含量和Pb F5H表达量高度正相关。且砀山酥梨Pb F5H参与调控梨果实S木质素单体的合成,影响木质素G/S比值。
关键词： 砀山酥梨 PbF5H 生物信息学分析 荧光定量表达 G/S比值
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