科研产出
绿豆SSR标记的开发及遗传多样性分析
《作物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：SSR标记以其数量丰富、多态性好、共显性遗传等优点在基础研究和育种工作中发挥了重要作用,但目前绿豆基因组中的SSR标记依然较少。本研究将磁珠富集法和测序技术相结合高通量检测绿豆基因组SSR位点,鉴定出3,275,355个SSR位点,开发了2742个SSR标记。选取其中157个SSR进行PCR验证,发现有90个(57.33%)标记在10份材料中表现出多态性。挑选40个条带清晰、多态性高、染色体上均匀分布的标记对90份绿豆资源进行遗传多样性分析,单个位点检测到的等位变异数为2～8个,平均为3.0个,有效等位基因数为1.31～4.21个,平均为2.16。Nei’s基因多样性指数在0.23～0.76之间,平均为0.51。多态性信息含量为0.22～0.72,平均为0.43。聚类分析将90份材料分为2个类群,包含4个组。第I组主要由北方资源组成,第Ⅱ组种质来源较为分散,第Ⅲ组主要由山东的资源构成,第Ⅳ组包含多数河北的种质资源。本研究开发的多态性SSR标记不仅可以用于绿豆种质资源的遗传多样性分析,也将在高密度遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种中发挥重要作用。
全文链接
请求原文
基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析
《江苏农业科学 》 2019
摘要：为了简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)开发等研究,以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础,分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布。结果表明:转录组数据共获得了226 488条contig序列,其中有42 570条unigene在数据库中得到注释。利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool,MISA)进行SSR位点的搜索,共得到18 016个SSR位点,SSR位点的出现频率为0.43个/kb。SSR位点共包含164种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(6 942个,38.44%),其次是AG/CT类型为主的二核苷酸重复(6 113个,33.85%)和以AAG/CTT为主的三核苷酸重复(4 242个,23.49%),四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同。在转录组得到的unigene中共发现SNP位点163 360个,发生频率为1/254 bp,6种单核普酸变异中以Transition类型的A/G和C/T发生频率最高,分别为总数的30.80%和30.49%;其他4种Transversion类型的SNP为C/G、G/T、A/C和A/T,分别占到总数的9.83%、9.78%、9.78%和9.32%。其中Transition类型显著高于Transversion类型,在转换类型中A/G和C/T发生频率基本一致,但以A/G发生频率略高。
全文链接
请求原文
棉花分子标记冗余性检测与评价的方法
《江苏农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：网上数据库公布的棉花分子标记引物序列存在冗余性,至今也鲜见合适的软件同时分析一对引物的冗余性。为减少不同研究者的重复开发,节约时间和成本,提高对网上序列信息的利用率,借助自主开发的能同时分析一对引物和已释放的引物间是否存在冗余性的软件SSRD1.0,利用90对前人已开发的并用该软件预测过相互间存在冗余性的SSR引物,以TM-1、海7124基因组为模板分别进行扩增、电泳、测序。结果表明软件预测和基因型水平检测有88.8%的吻合度;在Identity阈值设为50%、70%时,测序结果表明序列水平和软件预测分别有75.0%、53.8%的吻合度。分别从软件预测、基因型、序列3个水平进行检测、验证,结果表明这一冗余软件和冗余性预测方法是较为有效、可行的。
130份甘蓝型油菜种质分子身份证的构建
《中国油料作物学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为准确区别油菜种质,从分布于油菜19个连锁群上的463对SSR引物中,筛选出33对扩增清晰、稳定的多态性引物,并用其分析国内外130份甘蓝型油菜材料,共检测到191个等位变异,每对引物的等位变异数变幅为3~9个,平均为5.787 9;有效等位变异数(Ne)变幅为1.906 8~7.479 0,平均为4.730 7;多样性指数(He)变幅为0.773 8~2.045 1,平均为1.551 5;引物个体识别能力(DP值)变幅为0.389 2~0.862 9,平均为0.742 8;多态信息含量(PIC值)变幅为0.475 6~0.866 3,平均为0.764 0.主坐标分析表明:33对核心引物可以将供试材料明确区分,并按照遗传相似性归为3类.通过逐级筛选,最终确定7对引物(BrGMS075、Na14E08、BrAS084、CB10545、Na14G10、CN57和Ra2E04),将每对引物的扩增产物进行数字标识,构建了130份甘蓝型油菜的品种分子身份证,达到用最少的引物组合区分不同品种的目的.
关键词： 甘蓝型油菜 种质资源 SSR 核心引物 分子身份证
全文链接
请求原文
陆地棉SSR核心引物筛选及95份骨干种质的遗传多样性分析
《棉花学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：从391对棉花SSR引物中筛选出均匀分布于棉花26条染色体的52对核心引物,对92份陆地棉和3份亚洲棉骨干种质进行多样性分析,结果表明,52对引物的等位基因数范围为2～13,平均5.7692个,多态信息含量(Polymorphism Information Contents,PIC)在0.3457～0.8800间,均值为0.7100,显示在这些位点上,供试材料的遗传变异比较丰富;聚类分析显示,在相似系数为0.73处,3份亚洲棉种质单独聚为一类,92份陆地棉种质被分为4大类群,与系谱分析结果较为吻合;在陆地棉种内,92份种质资源的相似系数在0.71～0.97之间,平均为0.84,表明陆地棉种内的遗传相似性较高,遗传基础狭窄;而广泛的亲本选配与频繁的引种,以及选育过程中未知血缘的渗入,又致使陆地棉遗传背景丰富。
全文链接
请求原文
利用SSR标记分析部分粳稻品种的遗传多样性
《核农学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：以我国16个粳稻品种为材料,包括水稻雄性不育系、恢复系、杂交种以及少量常规稻,从分布在水稻基因组的12条染色体上300对SSR引物中筛选出14对多态性丰富、重复性高的引物,这些引物在16份材料间共扩增出61个多态性片段,平均每对SSR引物可检测到4.36个等位基因。聚类分析表明:品种间遗传相似系数在0.57~0.97之间。生产中应用的BT型水稻雄性不育系与恢复系分别聚类于不同的类群,遗传关系较远。
全文链接
请求原文
用SSR标记比较亚洲栽培稻与普通野生稻的遗传多样性
《中国农业科学 》 2002 北大核心 CSCD
摘要：用 30对SSR引物比较了 5 2份不同生态型的栽培稻和 34份不同省 (区 )的普通野生稻 (简称CWR)的遗传多样性 ,发现在 2 84条多态性带中 ,有栽培稻特异带 15条 (5 .2 % ) ,普通野生稻特异带 117条 (41.2 % ) ,栽培稻与普通野生稻的差异主要来自野生稻。栽培稻和普通野生稻的平均基因多样性分别为 0 .6 7和 0 .9,每一位点在栽培稻中的等位基因平均为 5 .3,而在野生稻中平均为 9.6 ,栽培稻中的等位基因数仅为野生稻的 6 2 % ;野生稻材料间的平均遗传距离为 0 .80 11,远大于栽培稻品种之间的 0 .6 6 0 3,说明野生稻的遗传多样性大于栽培稻。此外 ,籼稻品种与粳稻品种之间的平均遗传距离也明显大于籼、粳亚种内品种间的遗传距离 ,表明籼粳分化是亚洲栽培稻遗传分化的主流。聚类分析结果表明 ,SSR标记既能较好地将栽培稻与野生稻分开 ,又能较好地进行籼粳稻的分类。
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
