科研产出
基于55K SNP芯片揭示小麦育种亲本遗传多样性
《作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了解不同省份小麦亲本材料间的遗传多样性,以150份分布于安徽、江苏、河南、四川及山东等省份小麦种质资源为试验材料,利用小麦55K SNP芯片对其进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,在150份小麦材料中共检测到52,537个SNP位点,质控后共获得39,422个有效标记,其中多态性标记为38,135个,占有效标记数96.74%。多态性标记在亚基因组间分布呈现D （10,450）＜A （12,365）＜B （15,290）;平均多态信息含量（PIC）为0.315,变幅为0.068～0.375。各省供试材料平均遗传距离呈现:河南省＞四川省＞山东省＞江苏省＞安徽省;聚类分析、主成分分析和群体结构分析结果高度一致,分群结果与血缘关系、区域来源及育成单位均较为吻合。本研究表明各省份平均多态性信息含量处于中度多态水平,但材料平均遗传距离较为接近,仍需引入优质种质资源,缓解材料同质化情况,增加小麦应对逆境胁迫能力,减轻小麦实际生产中的脆弱性及风险性。
关键词： 小麦 55K SNP芯片 育种亲本 遗传多样性 群体结构分析
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安徽地区主栽粳(糯)稻品种遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《生物学杂志 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：以安徽省近年来主栽的21份粳（糯）稻品种为材料，采用国家标准NY/T 1433—2014中推荐的48对SSR引物进行多态性分析，研究品种间的遗传多样性。48对引物中21个SSR标记在21份材料中存在多态性，共检测到59个等位基因，平均每个标记检测到2.81个。遗传多样性分析显示：Shannon’s多样性指数变幅为0.199～1.163,平均值为0.657;Nei’s指数变幅为0.095～0.620,平均值为0.390。多态信息含量（PIC）处于0.091～0.549,平均值为0.331。21个品种间存在一定遗传差异，但等位基因观测数、Shannon’s指数、Nei’s指数均较低，表明21个品种间遗传背景较为狭窄。UPGMA聚类分析表明：21个粳（糯）稻品种的遗传相似系数为0.426～0.954,遗传相似系数在0.62处可将21个品种分为5个类群。根据标记的PIC值和MI值进一步简化标记的使用量，利用7个核心SSR标记构建了21份粳（糯）稻材料的标准指纹图谱，为品种真实性判别、纯度鉴定以及核心种质提纯奠定基础。
关键词： 粳(糯)稻 遗传多样性 SSR标记 DNA指纹图谱
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中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性与遗传结构分析
《江苏农业科学 》 2022 北大核心
摘要：分析中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构,可为中华绒螯蟹的遗传改良及新品种培育提供科学依据.研究采用微卫星标记对偶数年江苏、安徽4个主要养殖群体的遗传特征进行分析.10个微卫星位点在4个群体中均表现出高度的遗传多样性,有效等位基因数(Ne)为9.810~11.660、预期杂合度(He)为0.904~0.918、多态信息含量(PIC)为0.874~0.891.综合遗传多样性大小为无为群体>张家港群体>高淳群体>宜兴群体;成对群体间的遗传距离较小(<0.3)、遗传分化指数(<0.05)均较低,分子变异分析中高达99.58%遗传变异来自群体内;结构分析显示,所有个体可分为4个遗传组,但每个养殖群体中均包含4个遗传组.群体系统进化树显示,高淳和张家港群体最先聚类为一支,互为姊妹群,然后依次与无为群体、宜兴群体聚类.中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性水平高,群体间无显著遗传分化,群体间可能存在种质混杂.
关键词： 中华绒螯蟹 遗传多样性 微卫星 养殖群体 遗传结构
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安徽省翘嘴鲌野生群体的遗传多样性分析
《生物学杂志 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为探讨安徽省翘嘴鲌(Culter alburnus)野生群体的遗传多样性及亲缘关系,利用10对微卫星标记分析4个翘嘴鲌采样群体(巢湖、武昌湖、新安江和淮河干流)的遗传多样性与遗传结构.结果显示:4个群体的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、预期杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分别为10.4~12.2、5.9~6.9、0.654~0.800、0.739~0.778和0.689~0.738,均显示高度的遗传多样性;分子方差分析(AMOVA)群体内遗传变异占比95.71%,远高于群体间的4.29%;总群体遗传分化系数(Fst)仅为0.043,成对群体间Fst为0.025~0.056,表现为低度分化;群体间基因流值(Nm)为4.21~9.75,表明群体间基因交流频繁;基于群体间遗传距离构建系统进化树显示,新安江群体与巢湖群体亲缘关系最近,与淮河群体最远.使用软件Structure 2.3.4遗传聚类分析结果显示其最佳聚类分组为4,但与各采样群体不相对应,群体间遗传相似个体交叉较多.研究表明:翘嘴鲌4个采样群体的遗传多样性高、遗传分化不显著,群体间可能存在种质混杂.
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石榴籽粒大小遗传多样性及遗传倾向研究
《中国果树 》 2021 北大核心
摘要：籽粒大小是石榴果实重要的商品性状,但关于石榴籽粒大小遗传多样性及相关遗传规律的研究还很少。以150份石榴种质资源和3个F1代杂交后代为材料,研究了石榴籽粒大小遗传多样性及遗传倾向。结果表明:石榴的籽粒大小具有丰富的遗传多样性,变异幅度为27.33～65.03 g,遗传多样性指数为2.91;同一种质的籽粒大小相对于单果重和籽粒数目,表现更稳定。通过对3个杂交组合的籽粒大小的遗传倾向研究发现,百粒重的平均组合传递力为87.73%,杂交后代的平均百粒重都小于中亲值,超高亲值为负值,籽粒大小可能存在衰退变异。
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安徽省草鱼养殖群体遗传多样性及遗传结构分析
《安徽农业大学学报 》 2020 CSCD
摘要：通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst<0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。
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基于微卫星标记的大口黑鲈(Micropterus salmoides)原种和养殖群体遗传多样性和结构分析
《浙江大学学报(农业与生命科学版) 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解大口黑鲈(Micropterus salmoides)的种质资源遗传背景,采用11个微卫星位点研究了大口黑鲈原种(加州原种)、从台湾省引进的台湾选育种(台湾加州鲈)和大陆本土化的养殖种(优鲈1号)的遗传多样性及遗传结构.结果显示:加州原种的等位基因数和有效等位基因数显著高于优鲈1号和台湾加州鲈;其中,加州原种的5个位点的观察杂合度和期望杂合度显著高于优鲈1号和台湾加州鲈,而后两者类似.从多态信息含量来看,加州原种群体中有11个位点处于高度多态水平,优鲈1号群体和台湾加州鲈群体分别有6和4个位点处于高度多态水平.在遗传平衡检验中发现:台湾加州鲈群体中偏离哈代-温伯格平衡的位点较多(P<0.05),而加州原种存在3个连锁座位对的连锁不平衡状态(P<0.05).在双相突变模型中,无论是WILCOXON检验还是符号检验,加州原种群体均处于突变-漂移不平衡状态.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)发现:大口黑鲈群体中15.57%的遗传变异来自群体间,25.05%的遗传变异来自群体内个体间,59.38%的遗传变异来自个体间(P<0.01).聚类分析发现:加州原种和优鲈1号之间的遗传距离最大,其次为加州原种和台湾加州鲈之间的遗传距离.当K为2时,加州原种与优鲈1号、台湾加州鲈的遗传结构有明显的差异.对个体的种群鉴定发现:加州原种群体被误判的比例最低,其次是优鲈1号,最后是台湾加州鲈.在判别准确率为85.00%的水平上,加州原种被判别正确的概率是67.70%,优鲈1号是53.30%,台湾加州鲈是20.00%.从遗传多样性、遗传距离、平衡分析均发现,加州原种多态性高,遗传距离较另外2个群体较远,并可能存在过遗传瓶颈,聚类和个体的种群鉴定进一步证明了此观点.这提示从美国引进的大口黑鲈原种应该扩群保种并系统地进行育种开发工作.
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基于InDel标记的茄子种质资源遗传多样性分析
《中国蔬菜 》 2020 北大核心
摘要：用19对InDel标记对来自国内外的46份茄子种质资源进行遗传多样性分析.结果 表明:19对InDel标记的多态性信息含量(PIC)范围在0.48~0.66之间,均值为0.59.46份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32~1.00之间,均值为0.70,说明46份茄子种质资源之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄.利用UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.66处,将46份茄子种质资源划分为4大类群.聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性,而与来源地的关联性并不大.
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安徽省各茶区茶树品系遗传多样性分析及指纹图谱构建
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽省参加品比试验的各茶区茶树品系的遗传多样性,选取50对SSR引物对安徽省各茶区68份茶树品系进行分析,共检测出650个等位基因,平均每对引物的等位基因数为13个,50对引物扩增的片段长度在95~370 bp,有效等位基因(Ne)值为1.05~17.22,平均为6.10;观测杂合度(Ho)值为0.00~0.99,平均为0.38;期望杂合度(He)值为0~1,平均为0.62;各引物的Shannon信息指数(I)值为0.12~3.06,平均为1.86;多态信息含量(PIC)值变化范围在0.04~0.94,平均为0.72;基因流(Nm)值为0.11~4.45,平均为1.03.选出8对核心引物组合,构建DNA指纹图谱.聚类结果表明,68份茶树品系的居群可聚成3类,与居群的地理分布有一定的相似性,地理距离越近的品系,遗传一致度越大.利用SSR分子标记技术可以为安徽省茶树良种的改良和保护提供参考.
关键词： 茶树品系 SSR分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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111份多棱大麦种质主要农艺性状的遗传多样性
《大麦与谷类科学 》 2020
摘要：为客观评价多棱大麦种质资源主要农艺性状的遗传多样性,指导大麦亲本选配,以取自国内外不同生态区的111份多棱大麦种质为材料,考察7个主要农艺性状,通过变异系数、遗传多样性指数、主成分分析和聚类分析对供试材料的遗传多样性进行综合评价.结果显示:1)各性状的变异系数差别明显,变幅为13.7%~37.8%,其中单株粒质量(变幅37.8%)、单株粒数(变幅35.2%)和单株穗数(变幅33.0%)变异较大.2)各性状的遗传多样性指数相近,其中单株穗数最小(指数1.994),穗下节间长最大(指数2.085).3)主成分分析结果显示,前3个主成分对变异的累计贡献率达80.000%,反映了多棱大麦的单株粒质量、株高和千粒质量特性.4)聚类分析将供试材料分为3大类群,类群Ⅰ高秆大穗,千粒质量高,单株穗数和单株粒数低,以地方品种居多;类群Ⅱ矮秆穗小,千粒质量低,国外品种占半数以上;类群Ⅲ株高适中,单株穗数、单株粒数和千粒质量高,以育成品种为主.说明基于农艺性状对大麦种质遗传多样性评价简单可行.结合主成分和聚类分析指导亲本选配,有助于更快培育出符合育种目标的大麦新品种.
关键词： 多棱大麦 农艺性状 遗传多样性 主成分分析 聚类分析
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