科研产出
基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析
《江苏农业科学 》 2019
摘要：为了简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)开发等研究,以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础,分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布。结果表明:转录组数据共获得了226 488条contig序列,其中有42 570条unigene在数据库中得到注释。利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool,MISA)进行SSR位点的搜索,共得到18 016个SSR位点,SSR位点的出现频率为0.43个/kb。SSR位点共包含164种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(6 942个,38.44%),其次是AG/CT类型为主的二核苷酸重复(6 113个,33.85%)和以AAG/CTT为主的三核苷酸重复(4 242个,23.49%),四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同。在转录组得到的unigene中共发现SNP位点163 360个,发生频率为1/254 bp,6种单核普酸变异中以Transition类型的A/G和C/T发生频率最高,分别为总数的30.80%和30.49%;其他4种Transversion类型的SNP为C/G、G/T、A/C和A/T,分别占到总数的9.83%、9.78%、9.78%和9.32%。其中Transition类型显著高于Transversion类型,在转换类型中A/G和C/T发生频率基本一致,但以A/G发生频率略高。
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冷空气影响期间海水水温和溶解氧特征分析及预报
《现代农业科技 》 2017
摘要：研究旨在建立冷空气影响期间海水水温和溶解氧的预报方程,以期为海水养殖户做好防灾减灾气象服务。通过分析近5年宁波西沪港0.5、2.5 m深海水水温、溶解氧在11月至翌年3月的日逐时平均变化特征以及较强冷空气影响期间的变化特征,采用数理统计方法建立相应的预报方程。结果表明,溶解氧、水温的日均变化与气温的变化具有较好的相似性,前两者的变化幅度较气温平缓,日极值出现时间较气温平均滞后1~3 h。较强冷空气影响期间,水温的降温时间和最低值出现时间较气温有1~3 d的滞后性,其降幅与相对湿度、冷空气强度和过程极大风速有关,而最低值滞后时间与相对湿度和冷空气强度有关。水温与气温、相对湿度成正相关,与极大风速成负相关。伴有低温阴雨的冷空气过程易导致2.5 m溶解氧的下降,其降幅与同期气温的降幅、水汽压的增幅及前期气压的降幅有关。溶解氧与气温及本站气压成线性相关,与水汽压呈二次多项式相关。建立0.5、2.5 m深平均、最低水温预报方程以及2.5 m深平均、最低溶解氧浓度的预报方程,方程均通过α=0.01的显著性检验。0.5、2.5 m水温预报最大误差在1℃以内,平均误差在0.3℃以内。2.5 m的平均、最低溶解氧最大误差分别为0.40、0.97 mg/kg,平均误差分别为0.10、0.25 mg/kg。
关键词： 冷空气 海水养殖 水温 溶解氧 特征分析 预报方程
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