科研产出
重组酶辅助扩增结合CRISPR/Cas13a检测禽腺病毒4型方法的建立
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立高效、灵敏、特异的禽腺病毒4型（fowl adenovirus serotype 4,FAdV-4）检测方法。【方法】将重组酶辅助扩增技术（recombinase aided amplification,RAA）与规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白（clustered regularly interspaced short palindromic repeats associated protein 13a,CRISPR-Cas13a）技术相结合，针对FAdV-4 Hexon基因保守区设计RAA引物及CRISPR RNA （crRNA），利用RAA技术扩增样本核酸，并进行CRISPR-Cas13a荧光检测，以qPCR为对照方法，评价所建立方法的灵敏度、特异性以及与qPCR法的一致性。【结果】本研究所建立的方法反应过程均在37℃恒温条件下完成，反应体系可检测的最低扩增拷贝数为10~1 copies/μL，灵敏度高，且与FAdV-1、FAdV-7、FAdV-8b、FAdV-9、FAdV-10、鸡传染性喉气管炎病毒、传染性法氏囊病毒、传染性支气管炎病毒、禽流感H9亚型疫苗和新城疫病毒等禽病原核酸检测无交叉反应。该方法检测30份临床样本与qPCR检测的阳性检出率一致。【结论】建立的RAA-Cas13a方法检测FAdV-4具有简便、灵敏、特异等特点，可用于FAdV-4的快速检测和流行病学监测。
关键词： 禽腺病毒4型 CRISPR/Cas13a 重组酶辅助扩增 检测
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猪流行性腹泻病毒RAA-CRISPR/Cas13a检测方法的建立与初步应用
《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：将重组酶辅助扩增技术(recombinase aided amplification,RAA)与规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白(CRISPR-Cas13a)技术相结合,即RAA-Cas13a,建议建立高效、灵敏、特异的猪流行性腹泻病毒(por-cine epidemic diarrhea virus,PEDV)检测方法.针对PEDV N基因保守区设计RAA特异性引物和CRISPR RNA(crRNA),利用RAA技术扩增样本核酸,并进行CRISPR-Cas13a荧光检测,以RT-qPCR为对照方法,评价该方法的灵敏度、特异性及与RT-qPCR法的一致性.结果表明,该方法最低可检测至101 copies·μL-1,且与猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒及猪伪狂犬病病毒等常见猪源病原核酸检测无交叉反应.采用RAA-Cas13a检测40份临床样本与RT-qPCR方法阳性符合率为100%,阴性符合率为84.6%,总符合率为95%,Kappa值为0.881.本研究建立的RAA-Cas13a方法灵敏度高、特异性强,为PEDV的临床诊断和流行病学监测提供了可靠的技术手段.
关键词： 猪流行性腹泻病毒 CRISPR/Cas13a 重组酶辅助扩增 N基因 检测
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基于深度学习的病虫害智能化识别系统
《中国植保导刊 》 2019 北大核心
摘要：我国农作物种植覆盖面广、分散度高,病虫害发生种类多、区域性发生规律复杂,传统的人工鉴定技术从效率、能力与精度方面均难以满足新形势下重大病虫测报要求。针对这一实践需求,以测报灯下害虫图像数据库(约18万张)、田间病虫害图像数据库(约32万张)为基础,构建了基于深度学习方法的病虫害种类特征自动学习、特征融合、识别和位置回归计算框架,并研发了移动式病虫害智能化感知设备和自动识别系统。通过近2年的精确度和实操运行效率检验,该系统在自然状态下对16种灯下常见害虫的识别率为66%～90%,对38种田间常见病虫害(症状)的识别率为50%～90%。随基础数据库的不断丰富、神经网络深层特征提取的不断完善,该系统有望进一步提高识别准确率,从而真正实现田间病虫害识别自动化、智能化和高效率。
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杂交水稻种子纯度检测方法综述
《江苏农业科学 》 2016 北大核心
摘要：建立准确、快速、经济的检测方法监控杂交水稻纯度对于保障我国水稻安全生产具有至关重要的作用。本文综述了用于杂交水稻纯度检测的各种方法,并对各种方法的优缺点进行了评述,总体来讲,我国杂交水稻纯度鉴定方法的发展趋势是由鉴定周期长向鉴定周期短,由鉴定程序复杂向简单,由成本高向成本低的方向发展。根据各种检测方法的特点,认为DNA分子标记技术和设计育种鉴定方法有较大发展空间,能满足准确、快速、经济的要求;实时荧光PCR技术具有美好的前景。
关键词： 杂交水稻 种子纯度 检测 实时荧光PCR DNA分子标计 设计育种
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棉花分子标记冗余性检测与评价的方法
《江苏农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：网上数据库公布的棉花分子标记引物序列存在冗余性,至今也鲜见合适的软件同时分析一对引物的冗余性。为减少不同研究者的重复开发,节约时间和成本,提高对网上序列信息的利用率,借助自主开发的能同时分析一对引物和已释放的引物间是否存在冗余性的软件SSRD1.0,利用90对前人已开发的并用该软件预测过相互间存在冗余性的SSR引物,以TM-1、海7124基因组为模板分别进行扩增、电泳、测序。结果表明软件预测和基因型水平检测有88.8%的吻合度;在Identity阈值设为50%、70%时,测序结果表明序列水平和软件预测分别有75.0%、53.8%的吻合度。分别从软件预测、基因型、序列3个水平进行检测、验证,结果表明这一冗余软件和冗余性预测方法是较为有效、可行的。
PCR法检测活毒疫苗中禽白血病病毒污染
《中国兽医杂志 》 2014 北大核心
摘要：为调查活毒疫苗中禽白血病病毒(ALV)污染情况,随机抽取安徽省鸡群使用的国内外公司(国内7家、国外1家)活毒疫苗(5个品种),先针对ALV各亚群保守的pol基因设计一对引物进行PCR检测,进一步针对env基因设计2对特异性引物,进行ALV J亚型和A~E亚型PCR检测。pol基因结果为鸡传染性囊病病毒(IBDV)B87株国内7个公司为阳性,鸡痘(AP)、鸡传染性喉气管炎(ILT)某国外公司为阳性,鸡新城疫(ND)LaSota株国内某公司为阳性。env基因结果为IBDV-B87株(国内某公司)和AP为J亚型阳性,ILT、ND-LaSota株和IBDV-B87株(国内另6个公司)为A~E亚型阳性。本研究共检测疫苗120份,ALV检出率达28.57%。因此,使用PCR法可作为活毒疫苗中ALV污染检测的有效方法,同时可以进一步鉴定污染的ALV是J亚型或A~E亚型。
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活毒疫苗中禽白血病病毒污染的检测方法探讨
《安徽农业科学 》 2013 北大核心
摘要：[目的]探讨活毒疫苗中禽白血病病毒污染的检测方法。[方法]随机抽取安徽省鸡群使用的国内外活毒疫苗,使用对禽白血病病毒(ALV)群特异性p27抗原ELISA检测试剂盒进行检测,同时根据禽白血病病毒各亚群保守的pol基因设计引物,进行PCR检测。[结果]7个国内公司鸡传染性法氏囊B87株检测结果均为阳性,某国外公司鸡痘、鸡传染性喉气管炎检测结果呈阳性,某国内公司为阳性。鸡新城疫lasota株共检测疫苗35份,检出率达28.57%。ELISA检测结果与PCR结果相一致。[结论]使用p27抗原ELISA检测试剂盒和PCR法均可作为活毒疫苗中ALV污染检测的有效方法,说明活毒疫苗中ALV污染是ALV传播的重要因素。
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