科研产出
基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释
《安徽农业科学 》 2024
摘要：[目的]筛选淮猪和大约克猪排卵前卵泡组织差异表达基因。[方法]采集淮猪和大约克猪各3头的排卵前卵泡，提取RNA,个体独立建库。采用RNA测序技术以及GO和pathway方法对所获序列进行显著性富集分析。[结果]测序后，获得的淮猪clean reads数分别为85 958 912、91 701 082、84 448 828,其中有效Reads数分别达到98.39%、98.59%、96.04%;获得的大约克猪clean reads数分别为87 914 166、80 480 542、85 994 612,其中有效reads数分别达到98.61%、96.95%、98.80%,测序饱和度良好（证明测序数据真实可靠）。结果表明，筛选到上调基因67个，下调基因54个。GO和Pathway分析发现，差异表达基因富集在繁殖过程、生长过程和代谢过程及WNT信号通路、卵巢类固醇生成通路和类固醇生物合成通路等。[结论]获得了猪排卵前卵泡基因表达谱，并筛选到与繁殖性状相关的关键候选基因。
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在不同猪群体中检测OVGP1基因的多态性分布
《猪业科学 》 2024
摘要：输卵管特异性糖蛋白（Oviduct-specific glycoprotein,OVGP1）基因,主要在输卵管中表达。OVGP1基因定位于猪4q22-23,并发现存在可控制排卵率的QTL。OVGP1基因是由输卵管上皮细胞合成和分泌,其合成受卵巢类固醇激素的调控,还可以与移动的输卵管中的卵子或受精卵相结合。总之,OVGP1基因在繁殖过程中起着重要作用。
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猪MMP9基因的多态性与产仔数性状的关联分析
《安徽农业科学 》 2023
摘要：通过比较序列测定法，在MMP9基因第10内含子发现C/T突变，建立了PCR-SmaI-RFLP分型技术，并在淮猪新品系Ⅱ猪种中进行多态性分型，分析其基因型频率和等位基因频率，检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析。结果表明，在淮猪新品系Ⅱ猪群中，所有胎次产仔数呈TC＞CC＞TT的趋势，TC型个体的所有胎次产仔数显著高于CC型个体0.776头（P＜0.05）。因此，MMP9基因在淮猪新品系Ⅱ猪群中与产仔数性状显著相关，为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记。
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猪CAST基因多态性与生物信息学分析
《浙江农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在检测巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交F1代CAST基因多态性,并利用生物信息学分析碱基变异对mRNA二级结构以及CASTⅢ型蛋白的影响.结果表明,巴克夏猪、霍寿黑猪、巴克夏猪×霍寿黑猪都存在AA、AC和CC基因型,等位基因A的频率都高于等位基因C.该突变在3个猪群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),呈中度多态(0.25
关键词： 猪;CAST基因;多态性;生物信息学分析
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猪ADAMTS1基因的多态性与产仔数性状的关联分析
《养猪 》 2022
摘要：通过比较序列测定法，在ADAMTS1基因第7外显子发现C/G突变，建立了PCR-PvuⅡ-RFLP分型技术，并在淮猪新品系Ⅱ猪种中进行多态性分型，分析其基因型频率和等位基因频率，检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析。结果表明，在淮猪新品系Ⅱ猪群中，所有胎次产仔数呈现AB>BB>AA的趋势，AB型个体的所有胎次产仔数显著高于BB型个体0.665头（P<0.05）。因此，ADAMTS1基因在淮猪新品系Ⅱ猪群中与产仔数性状显著相关，可能为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记。
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不同浓度猪场沼液对甜高粱产量及重金属沉积的影响
《安徽农业科学 》 2021
摘要：为研究不同猪场沼液浓度对甜高粱鲜草产量、水分、pH及重金属沉积的影响,试验分6组,分别用含沼液0(全水)、20%、40%、60%、80%、100%的溶液对甜高粱进行浇灌,每4 d浇灌1次,连续浇灌12次后,当株高3.5 m左右时进行甜高粱收割测产,并分析甜高粱全株鲜草的水分含量、pH、重金属含量.结果表明,自播种至收割生长期75 d,浇灌量为5994 t/hm2;甜高粱鲜草产量最高的是100%沼液组,为106.54 t/hm2,极显著高于其他组(P<0.01),且产量随着沼液浓度的增加而增加;各组间鲜草水分含量和pH差异均不显著(P>0.05);沼液浇灌增加了甜高粱鲜草中汞的含量,但未增加铅、铬、镉和砷的含量,5种重金属(铅、汞、铬、镉、砷)在鲜草中的沉积量均低于国家标准限量值.因此,猪场沼液可作为甜高粱牧草的液体肥料进行浇灌,试验用沼液的浇灌量应控制在6000 t/hm2左右,甜高粱生长至株高3.5 m时的产量为102.0~106.5 t/hm2,其重金属沉积均低于国标限量值,可作为畜禽饲养的青绿饲料,为甜高粱吸纳沼液能力及鲜草用于青绿饲料的重金属安全性研究提供基础数据.
关键词： 猪;沼液;甜高粱;牧草;重金属
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猪NR4A1基因的多态性与产仔数性状的关联分析
《养猪 》 2021
摘要：通过比较序列测定法,在NR4A1基因第5内含子发现A/G突变,建立了PCR-DdeI-RFLP分型技术,并在3个中外猪种中进行多态性分型,分析其基因型频率和等位基因频率,还在长白猪猪群中检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析.结果表明,在长白猪猪群中,所有胎次产仔数呈现GG>AG>AA的趋势.其中,GG型个体和AG型个体的所有胎次产仔数分别显著高于AA型个体(P<0.05).因此,NR4A1基因在长白猪猪群中与产仔数性状显著性相关,可能为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记.
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猪IGFBP3基因生物信息学分析
《安徽科技学院学报 》 2021
摘要：目的:对猪胰岛素样生长因子结合蛋白（IGFBP3）基因的结构与功能进行生物信息学分析。方法:用分子生物学软件分析猪IGFBP3基因序列和IGFBP3蛋白的理化性质、二级结构、结构域、信号肽、跨膜结构、磷酸化和糖基化位点,以及不同动物IGFBP3氨基酸序列的同源性和遗传进化。结果:猪IGFBP3基因编码区长882个碱基对（bp）,编码293个氨基酸。猪IGFBP3蛋白分子式为C1 359H2 182N418O411S24,相对分子质量为31 722.27,理论等电点为8.97,不稳定系数为48.17,脂肪系数为61.06,平均亲水系数为-0.592。IGFBP3蛋白存在1个长27个氨基酸残基的信号肽,但无跨膜结构,二级结构以无规卷曲（65.87%）和α螺旋（20.82%）为主,含1个胰岛素生长因子结合蛋白同源物（IB）结构域和1个甲状腺球蛋白Ⅰ型重复（TY）结构域,有26个磷酸化位点（包括17个丝氨酸位点、5个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点）和3个N-糖基化位点。序列同源性方面猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、山羊、绵羊、猫、狗、小鼠、大鼠、鸡和鸭的氨基酸序列同源性分别为91.2%、90.8%、87.8%、87.8%、87.2%、86.9%、82.3%、81.2%、73.9%和73.3%。系统进化树构建显示,猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、绵羊和山羊的亲缘关系最近。结论:预测结果为进一步研究猪IGFBP3基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供基础。
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巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交后代ESR基因和FSHβ基因多态性的检测
《中国畜牧杂志 》 2021 北大核心
摘要：本研究采用PCR和酶切方法检测了32头巴克夏猪、48头霍寿黑猪、105头巴克夏猪×霍寿黑猪ESR基因和FSHβ基因多态性,并分析多态位点在3个猪群中的分布特征。结果表明:巴克夏猪ESR基因PvuII酶切位点仅检测到AA型;霍寿黑猪ESR基因呈中度多态,AB和BB型频率高于AA型,等位基因B频率高于A;巴克夏猪×霍寿黑猪ESR基因呈中度多态,AB型频率依次高于AA和BB型,等位基因A频率高于B。巴克夏猪FSHβ基因呈中度多态,BB型频率依次高于AB和AA型,等位基因B频率高于A;霍寿黑猪FSHβ基因呈中度多态,AB型频率高于BB和AA型,等位基因B频率略高于A;巴克夏猪×霍寿黑猪FSHβ基因呈中度多态,AB型频率依次高于BB和AA型,等位基因B频率高于A。本研究结果为开展猪产仔数的标记辅助选择提供了基础。
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猪ALAS1基因的多态性与产仔数性状的关联分析
《养猪 》 2020
摘要：通过比较序列测定法,在ALAS1基因第9内含子发现T/C突变,建立了PCR-MspI-RFLP分型技术,并在3个中外猪种中进行多态性分型,分析其基因型频率和等位基因频率,还在长白猪和淮猪新品系Ⅱ猪群中检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析.结果表明,长白猪和淮猪新品系Ⅱ猪群中,所有胎次产仔数都呈现CC>TC>TT的趋势.其中,CC型个体和TC型个体的所有胎次产仔数分别显著高于TT型个体(P<0.05).因此,ALAS1基因在两个猪群中与产仔数性状显著相关,可能为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记.
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