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基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释

文献类型： 中文期刊

作者： 刘林清 1 ; 李庆岗 1 ; 苏世广 1 ; 周梅 1 ; 张威 1 ; 王重龙 1 ;

作者机构： 1.安徽省农业科学院畜牧兽医研究所/畜禽产品安全工程安徽省重点实验室

关键词： 淮猪;大约克猪;RNA-Seq;差异表达基因

期刊名称： 安徽农业科学

ISSN： 0517-6611

年卷期： 2024 年 011 期

页码： 76-79

摘要： [目的]筛选淮猪和大约克猪排卵前卵泡组织差异表达基因。[方法]采集淮猪和大约克猪各3头的排卵前卵泡，提取RNA,个体独立建库。采用RNA测序技术以及GO和pathway方法对所获序列进行显著性富集分析。[结果]测序后，获得的淮猪clean reads数分别为85 958 912、91 701 082、84 448 828,其中有效Reads数分别达到98.39%、98.59%、96.04%;获得的大约克猪clean reads数分别为87 914 166、80 480 542、85 994 612,其中有效reads数分别达到98.61%、96.95%、98.80%,测序饱和度良好（证明测序数据真实可靠）。结果表明，筛选到上调基因67个，下调基因54个。GO和Pathway分析发现，差异表达基因富集在繁殖过程、生长过程和代谢过程及WNT信号通路、卵巢类固醇生成通路和类固醇生物合成通路等。[结论]获得了猪排卵前卵泡基因表达谱，并筛选到与繁殖性状相关的关键候选基因。

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