科研产出
巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交后代ESR基因和FSHβ基因多态性的检测
《中国畜牧杂志 》 2021 北大核心
摘要：本研究采用PCR和酶切方法检测了32头巴克夏猪、48头霍寿黑猪、105头巴克夏猪×霍寿黑猪ESR基因和FSHβ基因多态性,并分析多态位点在3个猪群中的分布特征。结果表明:巴克夏猪ESR基因PvuII酶切位点仅检测到AA型;霍寿黑猪ESR基因呈中度多态,AB和BB型频率高于AA型,等位基因B频率高于A;巴克夏猪×霍寿黑猪ESR基因呈中度多态,AB型频率依次高于AA和BB型,等位基因A频率高于B。巴克夏猪FSHβ基因呈中度多态,BB型频率依次高于AB和AA型,等位基因B频率高于A;霍寿黑猪FSHβ基因呈中度多态,AB型频率高于BB和AA型,等位基因B频率略高于A;巴克夏猪×霍寿黑猪FSHβ基因呈中度多态,AB型频率依次高于BB和AA型,等位基因B频率高于A。本研究结果为开展猪产仔数的标记辅助选择提供了基础。
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一种基于PCR的水稻SNP标记检测方法
《中国农学通报 》 2020
摘要：旨在找到一种简便的SNP检测方法用于水稻种性鉴定及遗传多样性分析,本研究以245份长江中下游主推杂交水稻品种及亲本为研究材料,从1319个SNP位点中筛选出124对多态性高的位点,建立SNP的高效检测体系。选用其中的1个标记sf0141821553和SSR的标记RM7120来检测水稻的纯度,分别利用Caps-AccI标记和SNP-sf0601764762扩增亲本及杂交后代Wx的基因型,两者结果完全一致。用124对位点对245份杂交水稻进行遗传多样性分析,聚类分析显示,245个品种间的遗传相似系数在0.64～0.97之间。以遗传相似系数0.64为阈值,可以将245个水稻品种分为2个类群,这2个类群分别在遗传相似系数为0.712和0.667处又可以分为2个亚群。结果表明材料间存在明显的群体结构,能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳来实现SNP标记的检测,方法简便且不需要大型仪器设备和昂贵的试剂,便于实验室开展水稻品种的鉴定工作。
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绵羊Izumo1基因多态性及其与产羔数关联分析
《中国农业大学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135A>G和g.54412107C>A 2个位点。Izumo1基因g.54412135A>G位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107C>A在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P<0.01);群体遗传学分析得出g.54412135A>G多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC<0.25);g.54412107C>A多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25
关键词： 绵羊 Izumo1基因 克隆 多态性 SNP 产羔数
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水稻功能性插入缺失标记(InDel)的筛选与应用
《作物杂志 》 2019 北大核心
摘要：开展水稻品种纯度和真实性鉴定对水稻遗传育种和种子生产有着重要的意义。以245个长江中下游主推水稻品种为研究材料,从643个插入缺失(InDel)位点中筛选出124个功能性多态性位点,建立了InDel高效检测体系。进一步利用InDel标记vf0121641804和SSR标记RM7120分析水稻样品的纯度,同时选用覆盖12条染色体的24对InDel引物和48对SSR标准引物分析水稻品种真实性,结果表明,采用InDel标记检测水稻品种纯度和真实性的结果与采用SSR标记检测结果一致,说明水稻功能性InDel标记也可用于水稻品种纯度和品种真实性的鉴定。在此基础上,鉴定了245个水稻品种124个InDel标记的基因型遗传多样性并进行了聚类分析,结果表明,水稻材料间存在明显的群体结构,基本反映了不同品种间的亲缘关系。水稻功能性InDel标记的筛选与应用,不仅为品种纯度和真实性鉴定、遗传多样性分析提供了新方法;而且可用于分子辅助育种,提高强优势组合的预见性。
关键词： 水稻 InDel 多态性位点 品种纯度 品种真实性 遗传多样性
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金寨黑鸡BBMMPP6基因多态性及其对生长性能的影响
《中国家禽 》 2019 北大核心
摘要：研究采用DNA检测,研究其对金寨黑鸡0～14周龄生长性能的影响。结果显示:金寨黑鸡BMP6基因外显子1上存在A76150G一个突变位点,并导致了His→Arg的氨基酸改变,该位点PIC值为0.37,属于中度多态,基因型分布处于Hardy-Weinberg多态性有着显著关联(P<0.05),体重差异在各日龄间有着一致性;母鸡各基因型各日龄体重差异均不显著(P>0.05);对金寨黑鸡胫长影响差异不显著(P>0.05)。研究表明:BMP6基因A76150G位点可用于6周龄金寨黑鸡公鸡生长性状选育的参考分子标记。
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定远猪CATSPER1基因多态性及与产仔数的相关分析
《养猪 》 2019
摘要：利用现代分子标记技术探索了影响猪产仔数的候选基因CATSPER1多态性,并分析了多态性与产仔数间的相关性,为建立产仔数分子标记辅助选择方法提供依据.试验采用PCR-RFLP(HhaI限制性内切酶)技术,分析了264头定远猪母猪的CATSPER1基因exon 1的c.A779G多态性,并采用最小二乘法分析了CATSPER1基因多态性对产仔数影响的遗传效应.结果显示,CATSPER1基因c.A779G位点在定远猪中存在多态性,AA、AG和GG型频率分别为0.0303、0.2727和0.6970,野生型等位基因A的基因频率为0.1667,经检验该位点在定远猪群中处于哈德-温伯格平衡状态(P>0.05);AA型个体的总产仔数和产活仔数最高,GG型个体最低,AA型总产仔数均极显著高于AG和GG型(P<0.01),AA型个体的产活仔数均显著高于AG和GG型(P<0.05),而AG和GG型个体间的总产仔数和产活仔数均差异不显著(P>0.05);遗传效应分析表明,等位基因A为定远猪优良等位基因,A等位基因替代G等位基因的效应均为正值,因此选择AA型个体留种有利于提高群体的产仔数.
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猪CD4基因多态性及生物信息学分析
《基因组学与应用生物学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用PCR-RFLP方法检测猪CD4基因部分外显子区的单核苷酸多态性,分析CD4基因SNPs之间的连锁不平衡程度,并采用生物信息学软件预测SNPs对CD4蛋白的潜在影响,为猪的抗病育种研究提供相应的分子标记。研究表明,大白猪CD4基因外显子4、6和7都存在一个突变位点,分别可使CD4蛋白T80S、P290L和M348I发生改变;每个SNP位点都有三种基因型,多态信息含量均处于中等多态(0.25
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淮南麻黄鸡BMPBMP15基因多态性及其与生产性能的相关分析
《中国家禽 》 2017 北大核心
摘要：试验旨在研究BMP15基因多态性及其与淮南麻黄鸡生产性能的相关性,寻找可作为提高淮南麻黄鸡生产性能的分子标记。采用DNA测序和PCR-SSCP技术对419只淮南麻黄鸡BMP15基因多态性进行了检测,分析其多态性与淮南麻黄鸡生产性能的相关性。结果表明:淮南麻黄鸡BMP15基因exon1上存在G397A 1个突变位点,并导致氨基酸Leu转变为Phe,G397A位点PIC值为0.36,处于中度多态,基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。G397A位点与淮南麻黄鸡28日龄体重显著相关,AA基因型是优势基因型。BMP15基因G397A位点可以作为淮南麻黄鸡生长性能的参考分子标记。
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皖南黄兔IGF1基因扩增及其多态性分析
《中国草食动物科学 》 2016
摘要：胰岛素样生长因子1(IGF1)是动物生长发育等生命过程中的重要调节因子,目前关于家兔IGF1基因序列扩增和多态性的研究还很少。该研究以安徽皖南黄兔为试验动物,通过PCR方法扩增其IGF1基因编码区全序列,利用混合DNA池测序和生物信息学方法分析了IGF1基因扩增区域的遗传变异特性。结果获得皖南黄兔IGF1基因包含第1~5外显子的基因组序列5条,长度分别为316、657、691、757和403 bp,与种子序列一致性分别为100%、99.5%、99.9%、99.7%和99.8%;5个外显子组成432 bp的CDS序列,编码143个氨基酸残基组成的蛋白质。测序和生物信息学分析结果则表明,在皖南黄兔IGF1基因内含子1中存在3个多态位点(3056G>A、3107T>C和3164 G>A),3个位点并不位于剪接位点,但分别位于MZF1、ATF4、CEBPA、HLF和NKX2-8顺式作用元件位置,因而可能影响基因表达。该研究成功扩增获得皖南黄兔IGF1基因全部5个外显子序列,拼接获得基因编码区全序列,并利用混合DNA池测序法发现了内含子3个新的SNP位点,研究结果为揭示肉兔IGF1基因功能奠定了基础。
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