科研产出
基于SNP芯片检测皖南花猪保种群遗传结构
《农业生物技术学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：皖南花猪(Sus scrofa domesticus)是安徽省乃至中国不可或缺的宝贵猪种资源，研究皖南花猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，对揭示皖南花猪目前的群体状况至关重要。本研究基于“中芯一号”芯片(Chinese Chip-1 BeadChip)检测32头皖南花猪的全基因组SNP位点，利用PLINK软件进行观察杂合度(observed heterozygosity, Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity, He)和多态信息含量(polymorphic information content, PIC)的计算及连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)的检测，分析皖南花猪群体的遗传多样性。通过GCTA软件构建G矩阵，解析皖南花猪群体的亲缘关系；MEGA X软件构建群体进化树，分析皖南花猪群体的家系结构。结果显示，32头皖南花猪共检测到42 662个SNPs位点，满足质控条件的SNP位点有21 317个；群体多态性标记比例(polymorphism marker ratio, PN)为0.500，有效群体含量(effective population size, Ne)为3，群体He为0.348,Ho为0.372，平均亲缘系数为0.11。G矩阵的结果显示，大多数皖南花猪之间存在中等程度的亲缘关系。ROH片段共有884个，ROH平均长度为(12.35±2.17) Mb，个体ROH平均长度为(341.19±139.58) Mb；基于ROH的平均近交系数为0.139±0.056，保种群的近交程度较低；聚类分析结果表明，皖南花猪公猪来源于5个血统。综上所述，皖南花猪保种群群体有效含量偏低，遗传多样性中等，近交程度中等，可能含有少量外来血缘。本研究为皖南花猪遗传资源的保护及利用提供科学依据。
关键词： 皖南花猪 SNP芯片 遗传结构 亲缘关系 家系结构
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中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性与遗传结构分析
《江苏农业科学 》 2022 北大核心
摘要：分析中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构,可为中华绒螯蟹的遗传改良及新品种培育提供科学依据.研究采用微卫星标记对偶数年江苏、安徽4个主要养殖群体的遗传特征进行分析.10个微卫星位点在4个群体中均表现出高度的遗传多样性,有效等位基因数(Ne)为9.810~11.660、预期杂合度(He)为0.904~0.918、多态信息含量(PIC)为0.874~0.891.综合遗传多样性大小为无为群体>张家港群体>高淳群体>宜兴群体;成对群体间的遗传距离较小(<0.3)、遗传分化指数(<0.05)均较低,分子变异分析中高达99.58%遗传变异来自群体内;结构分析显示,所有个体可分为4个遗传组,但每个养殖群体中均包含4个遗传组.群体系统进化树显示,高淳和张家港群体最先聚类为一支,互为姊妹群,然后依次与无为群体、宜兴群体聚类.中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性水平高,群体间无显著遗传分化,群体间可能存在种质混杂.
关键词： 中华绒螯蟹 遗传多样性 微卫星 养殖群体 遗传结构
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长江、淮河水系安徽区段黄颡鱼的群体遗传结构研究
《水产科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：2018—2019年在安徽长江和淮河水系8个地点采集212尾黄颡鱼样品,采用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列为分子标记,研究长江、淮河两水系安徽区段8个黄颡鱼地理群体的遗传多样性与遗传结构.研究结果显示,黄颡鱼Cyt b同源序列片段长度为1122 bp;共检测到变异位点48个、单倍型49个,碱基组成呈强的A/T偏倚和反G偏倚.黄颡鱼各地理群体具有中高度的单倍型多样性(0.554~0.949)、低的核苷酸多样性(0.00105~0.00221).所有群体的群体分化指数(0.2590)、基因流(1.4305)和分层的分子变异分析结果一致表明,长江、淮河水系安徽区段黄颡鱼群体间存在显著的遗传分化.单倍型进化网络图和群体间系统进化树表明,8个地理群体分为长江、淮河水系两大进化枝.研究结果表明,长江、淮河水系安徽区段的黄颡鱼具有明显的地理遗传结构,不同水系间的地理阻隔可能是导致黄颡鱼群体遗传分化的主要原因.研究结果还为黄颡鱼的遗传管理和资源保护提供重要的基础信息.
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基于微卫星标记的大口黑鲈(Micropterus salmoides)原种和养殖群体遗传多样性和结构分析
《浙江大学学报(农业与生命科学版) 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解大口黑鲈(Micropterus salmoides)的种质资源遗传背景,采用11个微卫星位点研究了大口黑鲈原种(加州原种)、从台湾省引进的台湾选育种(台湾加州鲈)和大陆本土化的养殖种(优鲈1号)的遗传多样性及遗传结构.结果显示:加州原种的等位基因数和有效等位基因数显著高于优鲈1号和台湾加州鲈;其中,加州原种的5个位点的观察杂合度和期望杂合度显著高于优鲈1号和台湾加州鲈,而后两者类似.从多态信息含量来看,加州原种群体中有11个位点处于高度多态水平,优鲈1号群体和台湾加州鲈群体分别有6和4个位点处于高度多态水平.在遗传平衡检验中发现:台湾加州鲈群体中偏离哈代-温伯格平衡的位点较多(P<0.05),而加州原种存在3个连锁座位对的连锁不平衡状态(P<0.05).在双相突变模型中,无论是WILCOXON检验还是符号检验,加州原种群体均处于突变-漂移不平衡状态.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)发现:大口黑鲈群体中15.57%的遗传变异来自群体间,25.05%的遗传变异来自群体内个体间,59.38%的遗传变异来自个体间(P<0.01).聚类分析发现:加州原种和优鲈1号之间的遗传距离最大,其次为加州原种和台湾加州鲈之间的遗传距离.当K为2时,加州原种与优鲈1号、台湾加州鲈的遗传结构有明显的差异.对个体的种群鉴定发现:加州原种群体被误判的比例最低,其次是优鲈1号,最后是台湾加州鲈.在判别准确率为85.00%的水平上,加州原种被判别正确的概率是67.70%,优鲈1号是53.30%,台湾加州鲈是20.00%.从遗传多样性、遗传距离、平衡分析均发现,加州原种多态性高,遗传距离较另外2个群体较远,并可能存在过遗传瓶颈,聚类和个体的种群鉴定进一步证明了此观点.这提示从美国引进的大口黑鲈原种应该扩群保种并系统地进行育种开发工作.
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安徽两水系黄颡鱼的微卫星遗传多样性分析
《南方水产科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析.共检测到等位基因数(Na)245个,平均有效等位基因数(Ne)9.75个.各群体的平均Na为5.20~14.80,平均Ne为2.64~8.93;平均观测杂合度(Ho)为0.496~0.671,平均期望杂合度(He)为0.557~0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500~0.790.AMOVA分析显示仅8.15% 的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(FST)为0.006~0.236.基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系)3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂.结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应.
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安徽省淮河水系短颌鲚群体遗传多样性
《动物学杂志 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：短颌鲚(Coilia brachygnathus)是一种小型经济鱼类,同时也是大型肉食性鱼类和江豚(Neophocaena phocaenoides)的饵料,在食物链中占据重要地位,受过度捕捞、环境污染以及栖息地破坏等多种因素的影响,短颌鲚野生资源面临严重威胁.目前有关淮河短颌鲚遗传资源的数据仍然缺乏.本研究采用微卫星分子标记对安徽省淮河水系短颌鲚5个群体进行遗传多样性分析.结果 显示,10个微卫星位点在所有短颌鲚样本中均具有高度多态性,多态信息含量(PIC) 0.852~0.942;5个短颌鲚群体均显示出较高的遗传多样性水平,期望杂合度He为0.879~ 0.903,多态信息含量(PIC) 0.851~0.881.分子方差分析(AMOVA)显示,大多数遗传变异存在于群体内(97.88%),群体间的遗传变异仅为2.12%.5个群体遗传分化水平较低(Fst< 0.05),其中,遗传分化系数最小的是浍河和颍河群体(Fst=0.004)且二者间遗传距离最近(Da=0.161);遗传分化系数最大的是凤台和王家坝群体(Fst=0.041)且其间遗传距离最远(Da=0.560).群体遗传结构分析表明,5个短颌鲚群体可划分为3个组群.5个群体都可能经历过瓶颈效应,尤其是怀远和凤台群体.但安徽省淮河水系短颌鲚仍具有较高的遗传多样性,具有潜在的开发与利用价值,建议将其作为一个保护单元进行保护和管理.
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不同体色翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)群体遗传结构研究
《安徽农业大学学报 》 2019 CSCD
摘要：采用微卫星分子标记技术分析黄色(HS)、黑斑色(HB)、红纹色(HW)3个不同体色翘嘴鳜群体的遗传多样性及遗传结构。3个不同体色群体平均观测杂合度在0.540～0.687之间;平均期望杂合度在0.562～0.631之间,各群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离、相似度、遗传分化系数、聚类树分析均显示HB与HW群体间遗传关系较近。STRUCTURE群体结构分析显示,3群体被分为2个亚群,HS群体集中在亚群Ⅰ,HB、HW群体集中在亚群Ⅱ。30个位点中的大多数位点偏离Hardy-Weinberg平衡,应增加选育群体的有效数量,防止种质衰退。符号检验和Wilcoxon符号秩次检验中HW群体显著或极显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,3个不同体色翘嘴鳜群体遗传多样性较高,可作为开发新体色翘嘴鳜品系的基础群体。
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群体构成方式对大豆百粒重全基因组选择预测准确度的影响
《作物学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：百粒重是大豆产量的重要构成因子,在一定条件下与产量呈显著正相关。百粒重是一个复杂的数量性状,用传统的育种方法其遗传增益不明显。本研究对280份大豆品种进行了多年多点田间鉴定,通过混合线性模型预测获得品种百粒重的最佳线性无偏预测值。同时利用分布在大豆全基因组的5361个SNP标记鉴定参试品种基因型,结合随机回归最佳线性无偏预测模型和交互验证方法,探讨了群体构成方式对大豆百粒重的全基因组选择预测准确度的影响。结果表明,大豆百粒重的全基因组选择预测准确度变化范围为–0.15~+0.75;群体构成方式对百粒重的预测准确度影响明显;亚群内的预测准确度(+0.24~+0.75)高于亚群间(-0.15~+0.29);当群体间遗传距离由0.1566增加到0.2201时,预测准确度下降27.87%;相比随机构建的训练群体,基于群体遗传结构构建的训练群体能将百粒重的预测准确度提高2.34%。本研究明确了大豆百粒重的全基因组选择预测准确度,阐明了群体结构对大豆百粒重的全基因组选择预测准确度的影响,为大豆分子育种提供了新的思路和方法。
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基于微卫星标记的安徽省四个地方鸡种群体遗传多样性及其遗传结构分析
《中国家禽 》 2017 北大核心
摘要：研究对安徽省四个地方鸡种遗传资源淮南麻黄鸡、霍邱鸡(固始鸡)、黄山黑鸡、金寨黑鸡的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。利用基因组扫描技术检测21个微卫星标记在四个群体中的基因型,统计分析各群体的遗传多样性指标。结果显示:21个微卫星标记在四个群体中表现出中高度多态性;观察杂合度最高的是金寨黑鸡,最低的是霍邱鸡,分别为0.621和0.587;Nei′s标准遗传距离最近的是淮南麻黄鸡和霍邱鸡,为0.0212,最远的是淮南麻黄鸡与黄山黑鸡,为0.2187;聚类分析显示淮南麻黄鸡和霍邱鸡聚为一类,黄山黑鸡和金寨黑鸡聚为一类;遗传结构分析表明淮南麻黄鸡和霍邱鸡群体极为相似,黄山黑鸡和金寨黑鸡有较大差异。安徽四个地方鸡种均表现出较高的遗传多样性,黄山黑鸡与金寨黑鸡遗传结构有较大差异,淮南麻黄鸡与霍邱鸡非常相似,在以后的选育开发中应充分利用这些遗传特性。
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安徽水稻稻曲病群体菌遗传结构及致病力研究（英文）
《Agricultural Science & Technology 》 2016
摘要：为明确安徽水稻主栽区稻曲病菌群体遗传结构、致病力及相互对应关系,从安徽28个水稻种植县(市)采集并分离稻曲病菌92株,利用REP-PCR(repetitive extragenic palindromic sequence PCR)进行菌株遗传多样性分析并采用人工注射接种测定致病力。结果表明,安徽稻区稻曲病菌群体遗传多样性丰富,在0.76相似性水平上可分为7个族,分属于不同族的24个菌株致病力差异显著,但与地域来源与该试验采用相关方法进行的归类或分簇无对应关系,菌株致病力与水稻品种表现出明显的特异性。
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