科研产出
长毛兔粗、细毛毛囊转录组比较分析
《中国农业大学学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为筛选出影响兔毛纤维直径的相关基因及调控通路，本研究采用RNA测序（RNA-seq）鉴定长毛兔粗、细毛毛囊中差异表达的基因，并进行差异基因（DEGs）功能富集分析。通过Cytoscape构建蛋白互作网络，筛选出核心基因，最后采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对差异表达基因进行验证。结果表明：1)RNA-seq共鉴定了412个DEGs，相比粗毛毛囊，160个DEGs在细毛毛囊上调表达，252个DEGs下调表达。2)GO功能富集分析显示，差异基因显著富集到330个条目中，包括蜕皮周期、发周期、毛发周期的调节、超分子纤维等与粗、细毛生长相关的条目；KEGG富集分析表明差异表达基因显著富集在雌激素信号通路、蛋白质消化和吸收、内质网中的蛋白质加工途径、PPAR信号通路、FoxO信号通路和基底细胞癌等与长毛兔粗、细毛生长分化有关的信号通路中。3）蛋白互作网络分析表明SHH、LGR5、CTSB、ACTA2和CRNN等是调控毛纤维结构的重要功能基因。综上，本研究鉴定了调控兔毛直径的差异表达基因，挖掘出5个与长毛兔粗、细毛分化相关的候选基因，为细毛型长毛兔的选育提供理论依据和数据支撑。
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禽腺病毒血清4型感染LMH细胞的环状RNA表达分析
《华北农学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为分析禽腺病毒血清4 型(FAdV-4)感染鸡肝癌细胞(LMH)后环状RNA(circRNA)的表达谱变化,进一步研究circRNA在FAdV-4 感染过程中的调控作用,以FAdV-4 感染的LMH和未感染细胞为对象进行转录组测序,对差异表达circRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,通过实时荧光定量 PCR(qRT-PCR)对随机挑选的5 个circRNA进行验证.结果表明,感染组和未感染组的circRNA分布于绝大多数染色体上,且长度主要集中在300~1 000 bp.差异表达分析筛选出72 个circRNA,32 个circRNA表达水平显著上调,40 个circRNA表达水平下调.GO功能分析,差异circRNA来源基因主要富集在细胞过程、代谢过程、催化活性和核酸结合转录因子活性等进程.KEGG通路分析显示,差异表达circRNA主要富集在Notch信号通路、RNA降解和MAPK信号通路.qRT-PCR结果表明,被验证的 5 个circRNA表达水平与测序结果趋势一致,进一步验证了测序结果的可靠性.本研究对FAdV-4 感染LMH细胞的cir-cRNA表达谱进行分析,并筛选出差异表达的circRNA,为探究circRNA在FAdV-4 感染过程中的功能及宿主与FAdV-4 互作机制提供数据支持.
关键词： 禽腺病毒血清4型 LMH细胞 转录组测序 环状RNA 差异表达
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基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释
《安徽农业科学 》 2024
摘要：[目的]筛选淮猪和大约克猪排卵前卵泡组织差异表达基因。[方法]采集淮猪和大约克猪各3头的排卵前卵泡，提取RNA,个体独立建库。采用RNA测序技术以及GO和pathway方法对所获序列进行显著性富集分析。[结果]测序后，获得的淮猪clean reads数分别为85 958 912、91 701 082、84 448 828,其中有效Reads数分别达到98.39%、98.59%、96.04%;获得的大约克猪clean reads数分别为87 914 166、80 480 542、85 994 612,其中有效reads数分别达到98.61%、96.95%、98.80%,测序饱和度良好（证明测序数据真实可靠）。结果表明，筛选到上调基因67个，下调基因54个。GO和Pathway分析发现，差异表达基因富集在繁殖过程、生长过程和代谢过程及WNT信号通路、卵巢类固醇生成通路和类固醇生物合成通路等。[结论]获得了猪排卵前卵泡基因表达谱，并筛选到与繁殖性状相关的关键候选基因。
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转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
《中国蔬菜 》 2018 北大核心
摘要：乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。
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转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
《中国蔬菜 》 2018 北大核心
摘要：乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征.采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上.将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp.以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因.对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路.
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基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和59 244 502,其中有效序列达到94.4%,94.3%和94.2%;大约克猪3个样本得到的总序列数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中有效序列达到93.8%,93.7%和93.8%。测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。差异表达分析结果显示,共筛选到347个差异表达基因,其中包含94个上调基因,253个下调基因。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在与糖酵解代谢和肌肉发育相关的生物学过程中以及与脂肪酸代谢和生长性状、胴体性状相关的信号通路上。【结论】获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因。
关键词： RNA-seq 皖南花猪 大约克猪 差异表达基因 背最长肌
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转录组测序(RNA-seq)技术及其应用
《农技服务 》 2015
摘要：转录组的研究可以更好的研究生物体的基因功能、研究结构变异及发现新的基因。RNA-Seq技术作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段能够更为快速、准确地为人们提供更多的生物体转录信息。本文主要是介绍几种高通量测序技术的研究平台及其原理、步骤和技术特点等,为以后的相关研究和应用提供参考。
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