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转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因

文献类型： 中文期刊

作者： 王明霞 1 ; 田红梅 1 ; 江海坤 1 ; 贾利 1 ; 王艳 1 ; 方凌 1 ;

作者机构： 1.安徽省农业科学院园艺研究所;园艺作物种质创新与生理生态安徽省重点实验室

关键词： 乌塌菜;普通白菜;转录组测序;差异表达基因

期刊名称： 中国蔬菜

ISSN： 1000-6346

年卷期： 2018 年 12 期

页码： 23-28

收录情况： 北大核心

摘要： 乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。

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[1]转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因. 王明霞,田红梅,江海坤,贾利,王艳,方凌. 2018

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