您好,欢迎访问安徽省农业科学院 机构知识库!

转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因

文献类型: 中文期刊

作者: 王明霞 1 ; 田红梅 1 ; 江海坤 1 ; 贾利 1 ; 王艳 1 ; 方凌 1 ;

作者机构: 1.安徽省农业科学院园艺研究所;园艺作物种质创新与生理生态安徽省重点实验室

关键词: 乌塌菜;普通白菜;转录组测序;差异表达基因

期刊名称: 中国蔬菜

ISSN: 1000-6346

年卷期: 2018 年 12 期

页码: 23-28

收录情况: 北大核心

摘要: 乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。

  • 相关文献

[1]转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因. 王明霞,田红梅,江海坤,贾利,王艳,方凌. 2018

[2]优质乌塌菜新品种'皖乌204'. 王明霞,严从生,江海坤,王艳,贾利,俞飞飞,张其安,方凌. 2023

[3]紫色乌塌菜新品种‘丽紫1号’. 王明霞,严从生,江海坤,马绍鋆,王艳,田红梅,方凌,张其安. 2015

[4]乌塌菜主要农艺性状相关及通径分析. 袁华玲,孙玉文. 2001

[5]安徽乌塌菜SRAP反应体系的建立与优化. 王明霞,严从生,江海坤,董言香,方凌,张其安. 2009

[6]转录组测序及其在野生大豆基因资源发掘中的应用. 吴倩,张磊,黄志平,王大刚,胡国玉. 2013

[7]2014年国内外家兔遗传育种研究进展. HUANG Dong-wei,黄冬维,ZHAO Hui-ling,赵辉玲. 2015

[8]基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释. 刘林清,李庆岗,苏世广,周梅,张威,王重龙. 2024

[9]基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释. 李小金,钱坤,刘林清,王重龙,周杰. 2016

作者其他论文 更多>>