科研产出
苏皖地区中华绒螯蟹养殖群体微卫星遗传多样性的评估
《渔业科学进展 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为评估奇数年江苏和安徽中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）养殖群体的遗传背景，进而为后续的遗传改良及新品种培育提供科学依据，本研究利用10对微卫星标记分析了6个中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示，所有群体的遗传多样性水平都较高且相近（等位基因数Na=16.0～18.4，有效等位基因数Ne=10.1～12.4，观测杂合度H_o=0.759～0.836，期望杂合度He=0.897～0.916，多态信息含量PIC=0.870～0.892）。群体间遗传距离D_n（0.154～0.277）、遗传分化系数Fst（0.001～0.011）均较小，分子方差分析（AMOVA）结果中群体间遗传变异仅占0.47%，一致表明群体间不存在显著遗传分化。群体间系统发育树显示，6个养殖群体具有共同的祖先型，高淳群体与其他群体亲缘关系最远，结合其高的遗传多样性水平，高淳群体可作为选育基础群之一。Structure遗传结构分析显示，每个养殖群体的遗传组成多样且比例近似，结合近交系数和瓶颈效应分析表明，中华绒螯蟹养殖群体存在较大程度的外源种质混杂。综上，苏皖地区中华绒螯蟹养殖群体遗传多样性仍然较高，具有潜在的开发与利用价值，但其可能存在种质混杂，在开展后续的良种选育时，需对养殖群体进行进一步的研究，提纯种质，使其种质资源得到合理的可持续性利用。
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瓦氏黄颡鱼养殖群体的微卫星遗传多样性
《安徽农业大学学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了解瓦氏黄颡鱼的种质遗传状况，进而为其良种选育提供科学依据，本研究采集了我国瓦氏黄颡鱼主要养殖区（广东、四川、浙江和安徽）6个养殖群体共168尾个体，利用微卫星标记分析了其遗传多样性与遗传结构。结果显示：所有群体均有较高的遗传多样性水平（Na=6.500～8.250,Ho=0.758～0.869,He=0.729～0.806,PIC=0.672～0.762）且各群体间遗传多样性水平相近。群体间遗传距离（0.057 5～0.650 5）、遗传分化指数（0.011 9～0.152 2）及AMOVA分析（群体间遗传变异比9.93%）结果共同表明瓦氏黄颡鱼群体间存在显著遗传分化；群体间系统进化树显示所有群体具有共同的祖先型，聚为互为姊妹群的两大支，其中安徽的3个群体聚为一支，其余群体聚为另一支；利用Structure 2.3.4软件的遗传聚类分析显示最佳遗传分组数为3，其中广东、四川和浙江3个群体遗传组成相似，聚为一个遗传组，应为长江种质来源；淮南和六安两群体间遗传组成相似，聚为一个遗传组，应为淮河干流种质来源；凤台群体单独为一个遗传组，应为淮河附属阻隔湖泊—城北湖种质来源，故各遗传组间遗传组成差异明显。研究表明，6个瓦氏黄颡鱼养殖群体的遗传多样性高、遗传分化显著，具有很大选育潜力，可为瓦氏黄颡鱼的良种选育提供优良种质资源库。
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安徽省翘嘴鲌野生群体的遗传多样性分析
《生物学杂志 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为探讨安徽省翘嘴鲌(Culter alburnus)野生群体的遗传多样性及亲缘关系,利用10对微卫星标记分析4个翘嘴鲌采样群体(巢湖、武昌湖、新安江和淮河干流)的遗传多样性与遗传结构.结果显示:4个群体的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、预期杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分别为10.4~12.2、5.9~6.9、0.654~0.800、0.739~0.778和0.689~0.738,均显示高度的遗传多样性;分子方差分析(AMOVA)群体内遗传变异占比95.71%,远高于群体间的4.29%;总群体遗传分化系数(Fst)仅为0.043,成对群体间Fst为0.025~0.056,表现为低度分化;群体间基因流值(Nm)为4.21~9.75,表明群体间基因交流频繁;基于群体间遗传距离构建系统进化树显示,新安江群体与巢湖群体亲缘关系最近,与淮河群体最远.使用软件Structure 2.3.4遗传聚类分析结果显示其最佳聚类分组为4,但与各采样群体不相对应,群体间遗传相似个体交叉较多.研究表明:翘嘴鲌4个采样群体的遗传多样性高、遗传分化不显著,群体间可能存在种质混杂.
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中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性与遗传结构分析
《江苏农业科学 》 2022 北大核心
摘要：分析中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构,可为中华绒螯蟹的遗传改良及新品种培育提供科学依据.研究采用微卫星标记对偶数年江苏、安徽4个主要养殖群体的遗传特征进行分析.10个微卫星位点在4个群体中均表现出高度的遗传多样性,有效等位基因数(Ne)为9.810~11.660、预期杂合度(He)为0.904~0.918、多态信息含量(PIC)为0.874~0.891.综合遗传多样性大小为无为群体>张家港群体>高淳群体>宜兴群体;成对群体间的遗传距离较小(<0.3)、遗传分化指数(<0.05)均较低,分子变异分析中高达99.58%遗传变异来自群体内;结构分析显示,所有个体可分为4个遗传组,但每个养殖群体中均包含4个遗传组.群体系统进化树显示,高淳和张家港群体最先聚类为一支,互为姊妹群,然后依次与无为群体、宜兴群体聚类.中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性水平高,群体间无显著遗传分化,群体间可能存在种质混杂.
关键词： 中华绒螯蟹 遗传多样性 微卫星 养殖群体 遗传结构
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长江野鲤(Cyprinus carpio)及两种养殖鲤群体遗传多样性评估
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了给鲤鱼遗传资源保护及利用提供较为准确的基础数据,利用10对微卫星标记分析了黄河鲤(Huanghe Cyprinus carpio,人工养殖群体)、长江野鲤(Changjiang wild Cyprinus carpio,安徽段)、安徽养殖鲤(Anhui cultured Cyprinus carpio,宿州市)群体遗传多样性。遗传多样性分析实验表明:3个群体均具有较高的遗传水平,且长江野鲤群体遗传多样性高于黄河鲤、安徽养殖鲤;卡方检验表明:3个群体在较大程度上受到人类活动及生态环境变化的影响,30个位点中76.67%的位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。遗传距离、遗传相似度、非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类树及贝叶斯聚类分析均显示,长江野鲤与安徽养殖鲤亲缘关系较近,研究情况与实际生产中养殖户从长江里获得鲤鱼亲本用于繁殖苗种的现象相符。突变-漂移平衡分析显示,在TPM模式下,Wilcoxon符号秩次检验中黄河鲤群体显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,黄河鲤、长江野鲤、安徽养殖鲤群体遗传多样性均较高,具有进一步的选育空间。
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安徽两水系黄颡鱼的微卫星遗传多样性分析
《南方水产科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析.共检测到等位基因数(Na)245个,平均有效等位基因数(Ne)9.75个.各群体的平均Na为5.20~14.80,平均Ne为2.64~8.93;平均观测杂合度(Ho)为0.496~0.671,平均期望杂合度(He)为0.557~0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500~0.790.AMOVA分析显示仅8.15% 的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(FST)为0.006~0.236.基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系)3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂.结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应.
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基于微卫星标记的青弋江水系光唇鱼群体遗传变异
《安徽农业大学学报 》 2020 CSCD
摘要：为探讨长江支流青弋江水系光唇鱼的群体遗传变异,基于微卫星标记分析其5个采样点共105个样品的遗传多样性与遗传结构。光唇鱼5个群体均有较高的遗传多样性,其平均等位基因数(Na)为5.250～8.375、平均有效等位基因数(Ne)为3.580～4.415;平均观测杂合度(Ho)为0.618～0.677、平均期望杂合度(He)为0.669～0.774;平均多态信息含量(PIC)为0.629～0.699、平均Shannon多样性指数(I)为1.359～1.566。群体间Nei’s遗传距离(0.116～0.322)较小,群体遗传分化指数(FST)和分子方差分析(AMOVA)结果一致表明群体间无显著遗传分化。基于群体间Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,秧溪河和浦溪河群体、麻川河和泾县群体分别聚为一支,最后与旌德群体聚在一起。这是由于群体间遗传距离与其栖息地之间距离远近显著相关。
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不同体色翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)群体遗传结构研究
《安徽农业大学学报 》 2019 CSCD
摘要：采用微卫星分子标记技术分析黄色(HS)、黑斑色(HB)、红纹色(HW)3个不同体色翘嘴鳜群体的遗传多样性及遗传结构。3个不同体色群体平均观测杂合度在0.540～0.687之间;平均期望杂合度在0.562～0.631之间,各群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离、相似度、遗传分化系数、聚类树分析均显示HB与HW群体间遗传关系较近。STRUCTURE群体结构分析显示,3群体被分为2个亚群,HS群体集中在亚群Ⅰ,HB、HW群体集中在亚群Ⅱ。30个位点中的大多数位点偏离Hardy-Weinberg平衡,应增加选育群体的有效数量,防止种质衰退。符号检验和Wilcoxon符号秩次检验中HW群体显著或极显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,3个不同体色翘嘴鳜群体遗传多样性较高,可作为开发新体色翘嘴鳜品系的基础群体。
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基于微卫星标记的安徽省四个地方鸡种群体遗传多样性及其遗传结构分析
《中国家禽 》 2017 北大核心
摘要：研究对安徽省四个地方鸡种遗传资源淮南麻黄鸡、霍邱鸡(固始鸡)、黄山黑鸡、金寨黑鸡的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。利用基因组扫描技术检测21个微卫星标记在四个群体中的基因型,统计分析各群体的遗传多样性指标。结果显示:21个微卫星标记在四个群体中表现出中高度多态性;观察杂合度最高的是金寨黑鸡,最低的是霍邱鸡,分别为0.621和0.587;Nei′s标准遗传距离最近的是淮南麻黄鸡和霍邱鸡,为0.0212,最远的是淮南麻黄鸡与黄山黑鸡,为0.2187;聚类分析显示淮南麻黄鸡和霍邱鸡聚为一类,黄山黑鸡和金寨黑鸡聚为一类;遗传结构分析表明淮南麻黄鸡和霍邱鸡群体极为相似,黄山黑鸡和金寨黑鸡有较大差异。安徽四个地方鸡种均表现出较高的遗传多样性,黄山黑鸡与金寨黑鸡遗传结构有较大差异,淮南麻黄鸡与霍邱鸡非常相似,在以后的选育开发中应充分利用这些遗传特性。
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北京鸭与樱桃谷鸭的分子遗传关系分析
《中国家禽 》 2011 北大核心
摘要：为了分析北京鸭和樱桃谷鸭的遗传关系,采集包括北京鸭、在英国培育而成的肉鸭品种樱桃谷鸭及其它5个中国地方鸭品种共248个个体,利用11个微卫星标记对这7个鸭品种进行遗传关系分析。 FST分析结果表明北京鸭与樱桃谷鸭的遗传分化程度最低,只有0.0795;遗传距离(DS)分析发现北京鸭与樱桃谷鸭的遗传距离最近,为0.1079;群体分化时间分析表明二者的分化时间为98年,北京鸭与其它地方鸭品种的分化时间在282至694年之间;聚类结果显示北京鸭、樱桃谷鸭和建昌鸭聚为一类;巢湖鸭、高邮鸭、绍兴鸭和金定鸭聚为另一类。这些结果表明了北京鸭与引进品种樱桃谷鸭有非常密切的遗传关系,为樱桃谷鸭培育自北京鸭这一说法提供了分子遗传学的证据,同时本研究还发现北京鸭与樱桃谷鸭在遗传背景上已经发生了一定程度的分化。
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