科研产出
茶树海藻糖-6-磷酸合成酶(TPS)基因家族鉴定与表达分析
《生物技术通报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】海藻糖-6-磷酸合成酶(trehalose-6-phosphate synthase,TPS)是植物体内海藻糖生物合成通路中的关键酶。对茶树[Camellia sinensis(L.)O.Kuntze]TPS基因家族进行鉴定和分析，并研究其在逆境胁迫下的表达模式，为开展TPS基因功能验证提供基础。【方法】利用生物信息学方法鉴定茶树CsTPS基因家族成员，分析其编码的蛋白理化特性、保守基序与结构域、染色体定位、系统进化关系和启动子顺式作用元件等生物学信息，利用转录组数据结合RT-qPCR技术分析CsTPS家族成员在干旱、盐和低温胁迫下的表达模式。【结果】在茶树基因组中鉴定到16个TPS基因家族成员，系统发育分析将它们划分为Class I和Class II两个亚族。同一亚族成员具有相似的motif组成和基因结构。共线性与进化分析表明，CsTPS基因在茶树基因组内发生了基因复制事件，且它们在进化过程中经历了纯化选择作用。RT-qPCR结果显示，6个候选基因CsTPS3、CsTPS5、CsTPS6、CsTPS9、CsTPS11和CsTPS14均被PEG、NaCl和低温胁迫诱导，且表达模式与转录组结果一致。【结论】从茶树全基因组中系统鉴定出16个TPS家族成员。茶树CsTPS3、CsTPS5、CsTPS6、CsTPS9、CsTPS11和CsTPS14基因对干旱、盐和低温胁迫均有响应，但其敏感性水平各不相同。
关键词： 茶树 海藻糖-6-磷酸合成酶基因 系统进化 表达模式 非生物胁迫
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须鳗虾虎鱼线粒体全基因组测序和系统发育分析
《大连海洋大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了解须鳗虾虎鱼（Taenioides cirratus）线粒体基因组特征和系统发育状况，采用Illumina Hiseq高通量测序技术，测定了从南渡江口、珠江口、太湖、巢湖和南四湖中采集的12尾须鳗虾虎鱼的线粒体全基因组，并下载近缘种线粒体全基因组序列进行系统发育分析。结果表明：须鳗虾虎鱼线粒体全基因组长为16 641～16 978 bp,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop控制区，各样本的编码基因序列长度较一致，线粒体全基因组长度差异主要是由控制区长度（975～1 314 bp）差异造成的；基于13个蛋白编码基因和2个rRNA基因序列构建系统发育树，须鳗虾虎鱼分为3个高支持率进化枝，与红狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）、鲡形鳗虾虎鱼（Taenioides anguillaris）形成并系，太湖、巢湖和南四湖的须鳗虾虎鱼个体聚为1个进化枝，南渡江口和珠江口的须鳗虾虎鱼个体均分属2个进化枝。研究表明，青藏高原隆起和亚洲季风形成带来的中国水系格局变化，可能是须鳗虾虎鱼形成目前系统发育结构的重要原因，本研究结果可为进一步明确须鳗虾虎鱼的分类地位和资源保护提供重要依据。
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安徽省太和县中国南瓜曲叶病毒自然侵染南瓜的检测分析
《植物保护 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：中国南瓜曲叶病毒（squash leaf curl China virus, SLCCNV）是一种植物单链DNA病毒，属于双生病毒科Geminiviridae菜豆金色花叶病毒属Begomovirus。在自然条件下该病毒可以侵染多种葫芦科作物，如南瓜、甜瓜等。该病毒由烟粉虱进行持久性传播，是影响瓜类产量和品质的重要病害。2021年4月-5月，安徽省太和县温室大棚中的南瓜叶片出现斑驳、皱缩、卷曲以及植株矮化等现象，我们采集了具有典型病毒病症状的南瓜病叶样品以及烟粉虱虫体进行RT-PCR鉴定，结合测序结果鉴定危害南瓜的病毒为SLCCNV。为了进一步明确安徽太和地区SLCCNV的系统进化特征，我们测定了SLCCNV的外壳蛋白基因（coat protein,CP）序列并进行系统发育分析，结果表明安徽太和县所检测到的SLCCNV分离物与中国广东和海南地区的分离物亲缘关系较近，并且与越南、菲律宾、柬埔寨、泰国等一些国家的分离物处于同一个大分支，存在较小的地域差异性，而与印度和孟加拉国地区的分离物亲缘关系相对较远，处于不同的大分支。本研究是安徽省SLCCNV侵染南瓜的首次报道，期望为该病害的预警和防控提供理论依据。
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沙门氏菌CRISPR序列的结构功能与应用研究进展
《现代农业科技 》 2017
摘要：规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)是一类存在于古细菌和细菌基因组内的特殊结构,研究发现沙门菌中存在2个CRISPR位点,该结构不仅参与沙门氏菌对质粒和噬菌体等外源DNA的获得性免疫,同时其序列结构的高度可变性,可作目标基因用以沙门氏菌的基因分型和进化研究。本文综述了沙门氏菌基因组中CRISPR位点的基本结构、作用机制和功能及其在沙门氏菌基因分型和进化研究中的应用进展。
关键词： 沙门氏菌 规律成簇的间隔的短回文重复序列 功能 分型 进化
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散养鸡鼠伤寒沙门氏菌的分离·鉴定·耐药性研究
《安徽农业科学 》 2016
摘要：从疑似感染的成年散养鸡蛋壳和发病雏鸡的肝脏、脾脏中分离到2株细菌,通过培养特性、镜检结果、生化鉴定、血清学分型等,2株分离细菌均被鉴定为鼠伤寒沙门氏菌,分别命名为AH-DY01和AH-DY02。药物敏感性检测结果表明,AH-DY01对氟苯尼考、左氧氟沙星和环丙沙星敏感,对其他12种抗生素耐药;AH-DY02对阿米卡星、氟苯尼考、左氧氟沙星、复方新诺明、庆大霉素、链霉素、环丙沙星和大观霉素敏感,对其他7种药物耐药,2株沙门氏菌均表现多重耐药性。动物回归试验结果表明,2株鼠伤寒沙门氏菌均可致死雏鸡。对分离菌的16S r DNA进行测序与遗传进化分析,结果表明AH-DY01与标准菌株ATCC-1592和ATCC13311的同源性最高,而AH-DY02与日本分离株之间的亲缘关系最近。
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强壮粗体虫的线粒体基因组及棘头虫的系统发育研究
《水生生物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：通过长距离PCR方法,克隆了鳜(Siniperca chuatsi Basilewsky)肠道内寄生虫——强壮粗体虫(Hebesoma violentum Van Cleave)线粒体基因组全长序列,共13393 bp(GenBank登录号:KC415004),有36个基因,其中蛋白编码基因12个,核糖体基因2个,tRNA22个。所有基因均由线粒体基因组同一条链按同一个方向转录。利用该线粒体基因组和已经报道的一些轮虫纲种类的线粒体基因组序列,构建了棘头虫和轮虫的系统发育树。系统发育研究表明:包括强壮粗体虫、隐藏新棘虫Pallisentis celatus(Van Cleave)和Paratenuisentis ambiguous(Van Cleave)在内的始新棘头虫纲(Eoacanthocephala)与古棘头虫纲(Palaeacanthocephala)亲缘关系较近,聚为一枝后再与原棘头虫纲(Archiacanthocephala)聚在一起;棘头虫与双巢类轮虫(Bdelloid)亲缘关系最近,聚为一枝,然后再与单巢类轮虫(Monogonont)聚在一起,表明棘头虫和轮虫具有较近的亲缘关系。
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苹果Ty1-copia类逆转座子家族鉴定及特性分析
《西北植物学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：根据逆转座子RT保守序列设计引物,利用PCR方法从苹果‘嘎拉’中克隆了20条RT片段,分析苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子家族特性及进化关系。结果显示,20条逆转录酶保守序列表现出了高度的异质性。结合已报道的37条苹果Ty1-copia类逆转座子RT片段,构建了系统发育树,发现家族1、3和4中具有转座活性的逆转座子的可能性较大;序列分析表明,Ty1-copia类逆转座子是苹果基因组内序列重组的热点。用RT序列为探针进行Southern杂交,发现苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子拷贝数高、分布广泛。研究结果为进一步分离具有转座活性的苹果Ty1-copia类逆转座子及其人工诱导芽变奠定了基础。
关键词： 苹果 Ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 进化
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