科研产出
安徽地区主栽粳(糯)稻品种遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《生物学杂志 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：以安徽省近年来主栽的21份粳（糯）稻品种为材料，采用国家标准NY/T 1433—2014中推荐的48对SSR引物进行多态性分析，研究品种间的遗传多样性。48对引物中21个SSR标记在21份材料中存在多态性，共检测到59个等位基因，平均每个标记检测到2.81个。遗传多样性分析显示：Shannon’s多样性指数变幅为0.199～1.163,平均值为0.657;Nei’s指数变幅为0.095～0.620,平均值为0.390。多态信息含量（PIC）处于0.091～0.549,平均值为0.331。21个品种间存在一定遗传差异，但等位基因观测数、Shannon’s指数、Nei’s指数均较低，表明21个品种间遗传背景较为狭窄。UPGMA聚类分析表明：21个粳（糯）稻品种的遗传相似系数为0.426～0.954,遗传相似系数在0.62处可将21个品种分为5个类群。根据标记的PIC值和MI值进一步简化标记的使用量，利用7个核心SSR标记构建了21份粳（糯）稻材料的标准指纹图谱，为品种真实性判别、纯度鉴定以及核心种质提纯奠定基础。
关键词： 粳(糯)稻 遗传多样性 SSR标记 DNA指纹图谱
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分子标记辅助黄淮大豆生育期组归属研究
《中国油料作物学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：以13份美国大豆生育期组(maturity group,MG)标准品种为对照,于2013-2015年对47份黄淮主推品种和新选育大豆品种进行生育期组划分,并用与生育期相关的SSR标记Satt431、Satt215和Satt557进行分子辅助鉴定。结果表明:47份参试品种3年平均生育日数归MGIV的品种数最多,有31份,占参试品种数的65.95%;归到MGIII和MGV的分别有6和10份,占12.77%和21.28%。3年均归在同一生育期组内的品种有蒙1157-1、蒙1158-1和徐9302-204等13份,占27.66%,说明这些品种受环境因子影响较小,生育期比较稳定。用于辅助鉴定大豆生育期组的3个SSR标记对47份平均生育日数归属MGIII和MGV的选择效率分别为83.33%和90.00%,而归属MGIV品种的基因型较为复杂。研究发现,参试品种3年平均生育日数96~104d,株高46.22~85.90cm,主茎节数12.20~19.04节,其中2014年参试品种平均株高和主茎节数的变异系数均最小。归属MGII-MGIV的大豆品种平均株高和主茎节数随生育期组增加而升高,但MGV则反之。本试验结果为利用分子标记辅助大豆生育期组的划分提供依据与方法。
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东南亚62个籼型水稻亲本SSR遗传多样性分析
《核农学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为探讨东南亚水稻亲本间的遗传多样性,以东南亚62份籼型水稻亲本为材料,选择29对水稻功能基因标记以及平均分布于12条染色体、多态性较高和条带清晰的72对SSR引物进行遗传多样性和聚类分析。结果表明,32对多态性引物在62份水稻材料中检测到201个等位基因,每个位点等位基因数(Na)变异范围为2~12,平均为6.281;有效等位基因数(Ne)变异范围为1.067~5.399,平均为2.867;多态信息含量(PIC)变异范围为0.061~0.789,平均为0.515;平均Shannon信息指数(I)为1.176,变幅为0.143~1.908;观察杂合度(Ho)为0.977,范围为0.936~1.000;期望杂合度(He)为0.439,范围为0.179~0.937;固定指数(Fis)的范围为0.882~1.000;基因流(Nm)的范围为0~0.0157。聚类分析表明,在遗传相似系数为0.805处,东南亚水稻亲本被分为6大类,同一国家大多数品种聚为一类。相对于普通分子标记,功能基因标记的平均等位基因数不高,其遗传多样性参数也低于普通分子标记,东南亚各国水稻品种间的亲缘关系较近,遗传多样性程度较低。研究结果为水稻育种亲本选配、新种质资源的创制以及杂种优势利用等提供了科学依据。
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杂交水稻亲本分子身份证及SSR指纹数据库的建立
《核农学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用GB/T20396-2006推荐的48对SSR核心标记,对133份杂交水稻亲本(包括部分常规品种)进行SSR分析,根据引物在133份材料中扩增的片段大小,构建了各品种的分子身份证和指纹图谱,该身份证由48位数字或数字与字母组合组成,代表了48对引物在该品种中的扩增情况。将品种的身份证信息与品种的形态学特征特性等信息相结合,构建了具查询功能的SSR指纹网络数据库。该SSR指纹数据库除具有品种基本信息查询、品种分子身份证查询、品种间相似率查询和身份证核对等基本功能外,还可指导杂交水稻品种真实性和纯度鉴定,分析亲本间遗传相似性,为杂交稻新组合的选育提供亲本选配的参考。该数据库的建立,不仅为检测单位和育种工作者提供了一个便利的网络数据交换和共享平台,也为品种的选育、试验、管理、评价、仲裁提供技术支撑和科学参考。
关键词： 杂交水稻 亲本 SSR标记 分子身份证 指纹数据库
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大豆重组自交系群体NJRIKY遗传图谱的加密及其应用效果
《作物学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：作物基因组研究,包括基因或数量性状位点(QTL)定位、图位克隆以及物理图谱构建等,首先必须建立具有丰富标记信息的高密度遗传连锁图谱。由科丰1号和南农1138-2杂交组合衍生的重组自交系群体NJRIKY已经构建了4张大豆遗传连锁图谱,但由于遗传信息和标记数目不够充分,在基因和QTL作图时仍然存在精确度和准确度问题。为增加NJRIKY图谱密度,本研究在967对SSR引物中获得了401个多态性SSR标记。结合其他分子数据,使用作图软件Mapmaker/Exp3.0b,获得一张含有553个遗传标记,25个连锁群,总长2071.6cM,平均图距3.70cM的新遗传连锁图谱,其中SSR标记316个,RFLP标记197个,EST标记39个,形态标记1个。连锁群上大于20cM的标记间隔由原来42个减少到2个。原图谱的3个SMV抗性基因定位于D1b连锁群末端的开放区间上且仅与一个RFLP标记连锁,利用加密图谱对Rsc-3、Rsc-7、Rsc-9、Rsc-13、Rsa、Rn1和Rn3等7个SMV抗性基因重定位,全部位于D1b连锁群,与相邻分子标记距离均小于6cM,其中Rsc-9、Rn1、Rsa的距离小于1cM,Rsc-13与EST标记GMKF168a共分离。对本群体农艺性状进行QTL重定位,获得8个性状相关的42个主效QTL,其中20个QTL遗传贡献率大于10%,与原图谱比较,新定位的各QTL的标记区间明显缩短,与相邻标记的连锁更加紧密。
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SSR标记鉴定玉米品种真实性及纯度的研究
《安徽农业科学 》 2009 北大核心
摘要：[目的]探讨杂交玉米及其亲本种子真实性和纯度的分子检测判读标准。[方法]以16个玉米杂交种及其双亲和202个骨干自交系为引物筛选材料,分别构建3个杂交种和3个自交系人工群体的验证试验材料,用CTAB法提取幼苗叶片DNA,选137对SSR引物进行SSR扩增及产物检测,用于玉米品种的真实性鉴定和纯度检测,并与同批移栽至大田的种植鉴定结果相比较。[结果]从137对SSR引物中筛选出了多态性信息含量(PIC值)高、扩增条带清晰和重复性好的20对一级和20对二级核心引物,用一级核心引物对杂交种人工群体进行真实性鉴定,根据一级核心引物的扩增结果,从中选取3对(phi080、umc1196、umc2084)表现较好的引物用于杂交种人工群体的纯度检测。SSR分子检测结果与田间种植鉴定结果具有高度一致性。[结论]利用SSR标记技术鉴定玉米品种真实性和纯度的方法是可行的。
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玉米品种真实性鉴定中SSR技术体系的优化
《安徽农业科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：[目的]优化玉米品种真实性鉴定中的SSR技术体系。[方法]以11份玉米骨干自交系为材料,通过对影响SSR扩增质量的Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶的浓度等因素进行优化和比较,建立了适于玉米品种真实性鉴定的SSR标记技术体系,并以5个玉米杂交种为例,验证该体系在玉米杂交种真实性鉴定中的可行性。[结果]Mg2+浓度为2.5 mmol/L时,扩增效果最佳。dNTPs浓度为0.3 mmol/L时,扩增效果最好。引物浓度为0.2μmol/L较为适宜。TaqDNA聚合酶浓度为1.0 U时,扩增效果较好。优化后的PCR反应体系为:1×PCR缓冲液,2.5 mmol/LMg2+,0.3 mmol/L dNTPs,0.2μmol/L正、反向引物,1.0 UTaqDNA聚合酶,40 ng样品DNA,总体积25μl。[结论]该研究优化的SSR技术体系可以有效地对玉米杂交种进行真实性鉴定。
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水稻穗颈维管束及产量相关性状的QTL分析
《中国农业大学学报 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：采用 2个偏粳品种“光三”/C4 18的重组自交系群体 ,构建SSR标记的连锁图谱 ,并以此对水稻穗颈维管束数和产量相关性状进行了QTL(QuantitativeTraitLoci)分析。在第 1,5 ,8和 11染色体上检测到 4个控制穗颈大维管束数的QTL ,在第 5 ,9和 10染色体上检测到 3个控制穗颈小维管束数的QTL ;共检测到产量及 8个与产量相关性状的 30个QTL。通过分析穗颈维管束数与穗一、二次枝梗数 ,穗一、二次枝梗粒数 ,穗粒数 ,结实率 ,单株产量QTL在染色体上的分布及连锁关系 ,表明穗颈维管束是影响产量的重要解剖结构 ;通过增加穗颈大、小维管束数可望增加水稻“库”的容量 ,保证“流”的畅通。
关键词： 水稻 穗颈维管束 产量性状 SSR标记 数量性状位点(QTL)
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