科研产出
黄瓜DIR家族基因的全基因组鉴定及其表达分析
《中国农业科学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】基于黄瓜基因组信息和转录组测序大数据，利用生物信息学手段，对黄瓜中DIR基因家族进行鉴定，并分析其在不同组织器官和胁迫响应过程中的表达模式，为后续深入研究黄瓜DIR基因的生物学功能奠定重要基础。【方法】基于已报道的DIR基因HMM模型文件，利用HMMER软件包的hmmsearch程序从黄瓜蛋白数据库中筛选出可能的DIR基因ID，并利用在线工具Pfam和SMART进行验证，最终确定黄瓜DIR家族基因。利用ExPASy、TBtools、GSDS、MEME、MEGA、MCScanX和Circos等工具分析黄瓜DIR基因家族成员的理化特征、染色体定位、基因结构、系统进化树和共线性。基于黄瓜在不同组织和胁迫响应下的转录组测序大数据，利用黄瓜V3版本基因组信息进行转录组分析，检索黄瓜DIR基因在不同转录组测序分析中的表达情况，利用TBtools软件绘制表达热图，分析黄瓜DIR基因在不同组织和胁迫响应过程中的表达模式。【结果】在黄瓜中鉴定到23个DIR家族基因，分布于7条染色体上，编码氨基酸个数在78—684，分子量8.70—73.82 kD；系统进化分析将黄瓜DIR基因家族划分为3个亚族，每个亚族中的基因结构和motif基本一致；共线性分析发现黄瓜中有12个DIR基因与拟南芥中的19个DIR基因存在27种线性关系，黄瓜中有12个DIR基因与水稻中的11个DIR基因存在19种线性关系，而黄瓜中另外8个DIR基因比较保守，既不与拟南芥中的DIR基因存在共线性，也不与水稻中的DIR基因存在共线性；组织特异性表达分析发现有些黄瓜DIR基因在根、茎、花、果实、叶片等所有组织器官中的表达量均较低或不表达，有些黄瓜DIR基因在所有组织器官中的表达量均较高，而有些黄瓜DIR基因只在特定组织中表达，但在其他组织中不表达或低表达，表明不同的黄瓜DIR基因具有组织特异性表达模式；黄瓜DIR家族基因在胁迫响应过程中的表达模式分析发现CsaV3＿4G023490在黄瓜非生物胁迫和生物胁迫响应过程中均发生上调表达，表明该基因在黄瓜生长发育过程中发挥着重要作用。【结论】在黄瓜中共鉴定到23个DIR家族基因，分为3个亚族，每个亚族内的基因成员保守性高，不同亚族间的基因结构和蛋白保守结构域有所不同。黄瓜DIR基因在不同组织器官和胁迫响应下的表达模式具有差异性，协同调控了黄瓜的生长发育。
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猪流行性腹泻病毒N-E.coli OmpA融合基因构建、表达及其免疫原性评价
《养猪 》 2022
摘要：为获得免疫原性更强的猪流行性腹泻病毒（PEDV）结构蛋白，试验将PEDV N蛋白基因和大肠杆菌（E.coli）OmpA蛋白基因进行融合，采用柔性linker联接，得到OmpA-linkerPEDV N融合基因，并克隆至pCold I质粒，构建重组质粒p Cold I-OmpA-linker-PEDV N。重组质粒转入BL21感受态细胞，SDS-PAGE分析重组质粒的表达，并对其编码的融合蛋白进行二级和三级结构预测。Western-blot和ELISA分析融合蛋白的免疫原性。结果表明：构建了融合基因表达质粒pCold I-OmpA-linker-PEDV N，表达了约88 ku的融合蛋白；融合蛋白的二级结构未发生明显变化，三级结构预测可折叠为正确的空间构像。该融合蛋白同时具有PEDV N蛋白和OmpA蛋白的免疫原性，并且其免疫原性显著高于单一PEDV N蛋白。说明试验获得了免疫原性较好的融合基因表达蛋白，可以为PEDV N蛋白功能研究、特异性抗体制备以及PEDV亚单位疫苗的研制提供材料和研究基础。
关键词： PEDV N基因 E.coli OmpA基因 基因融合 基因表达 免疫原性
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酸枣愈伤组织转化体系构建及在ZjBRC1调控ZjYUCCA表达中的应用
《园艺学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：以来源于同一株酸枣实生苗的茎段、叶片、子叶和胚轴等组织为外植体试材,筛选到适合子叶、胚轴和叶片诱导愈伤组织的培养基为MS+1.0 mg·L-12,4-D+0.4 mg.L-1 TDZ;利用农杆菌介导法,当浸染液浓度OD600为0.6~0.8、浸染时间为30 min时,酸枣叶片、子叶、胚轴和茎段愈伤组织遗传转化率分别为31.8%、25.6%、24.5%和23.8%.利用叶片诱导的愈伤组织转化体系,获得了调控分枝发育关键因子ZjBRC1融合表达嵌合抑制子SRDX和35S∶∶GFP空载体对照的转基因愈伤组织.荧光定量qRT-PCR分析显示,与35S∶∶GFP转基因愈伤组织相比,ZjBRC1-SRDX下调生长素合成基因ZjYUCCA7/10-3/10-4的表达,而上调ZjYUCCA2/4/6表达.综上,本研究中建立和优化了枣愈伤组织诱导和转化体系.
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GLIS1基因表达与绵羊产羔数之间关系的研究
《中国草食动物科学 》 2020
摘要：为探究GLIS1基因表达水平与绵羊产羔数之间的关系,利用半定量RT-PCR(Semi-quantitative RT-PCR,sqRT-PCR)和实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)技术检测了绵羊GLIS1基因在不同产羔能力绵羊各组织中的表达情况.结果表明:GLIS1基因在多羔小尾寒羊输卵管高表达,在单羔苏尼特羊卵巢、输卵管、子宫体以及子宫角中的表达量均高于多羔小尾寒羊(P>0.05);GLIS1基因B+基因型在各组织中的表达量均极显著高于BB基因型和++基因型(P<0.01).综上得出,GLIS1基因可能通过调控其mRNA表达水平对绵羊产羔数发挥负调控作用.
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桑树miR166f的表达分析及双元超表达载体的构建
《蚕业科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：MicroRNA(miRNA)在生物生理生化进程、信号传导、细胞调亡、响应生物和非生物胁迫等方面发挥重要功能,本试验克隆桑树miR166f及其前体序列,分析其时空表达特性,并构建用于瞬时表达的miR166f双元超表达载体,为桑树miR166f抗旱功能机制的进一步探究奠定基础.克隆获得了桑树miR166f及其前体序列,pre-miR166f长91 nt,miR166f长21 nt,miR166f在前体的3′臂上,pre-miR166f最小折叠自由能(MEF)为-217.14 kJ/mol,具有典型的植物miRNA前体二级结构特征;miR166f的5′端上游除了包含典型的具有转录起始功能的TATA-box和CAAT-box外,还含有多个胁迫响应顺式作用元件和一些激素响应元件;qRT-PCR分析表明miR166f在桑树不同组织中的相对表达量有较大差异,其中在茎中表达量最高,在木质部中表达量最低;miR166f在高盐和干旱胁迫处理条件下均上调表达,表明该基因参与了桑树的抗逆响应过程;成功构建了用于瞬时转化表达的miR166f的双元超表达载体pCAMBIA-35S-GUS-miR166f,为桑树miR166f抗逆功能机制的进一步探究奠定基础.
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猪流行性腹泻病毒安徽分离株N基因的克隆与表达
《安徽农业科学 》 2019
摘要：[目的]克隆和表达猪流行性腹泻病毒(PEDV)的N基因.[方法]采用RT-PCR方法对PEDV FD株的N基因进行扩增,将扩增产物连接pET-28B载体,阳性质粒转入大肠杆菌BL21感受态细胞,诱导表达目的蛋白.[结果]PEDV FD株N基因序列全长为1326个核苷酸,编码441个氨基酸;重组N蛋白为可溶性表达,大小约58 ku;Western blot检测结果表明,重组N蛋白与PEDV抗体阳性血清发生特异性反应.[结论]该试验制备的PEDV重组N蛋白具有较好的免疫原性,可用于PEDV诊断方法的开发及相关研究.
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水稻富亮氨酸重复类受体蛋白激酶OsRPK1响应外源生长素的作用研究
《江苏农业科学 》 2019 北大核心
摘要：为明确水稻富亮氨酸重复类受体蛋白激酶OsRPK1响应外源生长素的作用机制,首先分析外源生长素2,4-D对OsRPK1转基因水稻根部表型的影响;其次,异源表达OsRPK1胞外富亮氨酸重复LRRs,检测H~3-IAA竞争结合融合蛋白GST-LRRs后的放射性活度以及利用等温滴定量热(ITC)法分析IAA与融合蛋白GST-LRRs相互作用的微热量变化.结果表明,在正常生长条件下,OsRPK1过表达能够抑制水稻侧根的生长;0.01μmol/L 2,4-D处理4 d后发现,OsRPK1抑制表达植株侧根的数量比野生型多112%(P<0.01),而OsRPK1过表达植株侧根生长受到极显著抑制(P<0.001);0.1μmol/L 2,4-D处理10 d后,抑制表达植株不定根的数量相对于野生型多18.2%(P<0.05),而过表达植株不定根的生长受到显著抑制(P<0.01);大肠杆菌BL21(DE3)诱导表达获得了包涵体形式的GST-LRRs融合蛋白,通过复性、纯化获得可溶性融合蛋白;H~3-IAA竞争结合融合蛋白GST-LRRs以及IAA溶液滴定融合蛋白的微热量分析都表明OsRPK1与外源生长素未发生直接作用.
关键词： 水稻富亮氨酸重复类受体蛋白激酶OsRPK1 原核表达 外源生长素 融合蛋白GST-LRRs
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陆地棉ADH基因家族的全基因组鉴定及表达分析
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用生物信息学方法对陆地棉ADH家族基因进行全基因组挖掘和分析,系统地解析Gh ADHs的序列特征、基因结构、染色体分布、非生物胁迫下基因表达模式以及蛋白进化关系、结构域特征与亚细胞定位等。结果表明:陆地棉基因组中共鉴定得到28个ADH,分布在16条染色体上;对应氨基酸可分为ADH1、FDH1、ADH0和BAD1等4个亚家族,长度从292~440个不等。均含有两个主要的结构域:催化结构域及辅酶结合结构域,且具有相同的亚细胞定位;表达分析显示大部分Gh ADHs对ABA、干旱、盐、碱、淹水、低温和高温等1种或多种胁迫表现出显著应答,暗示Gh ADHs在抵抗非生物胁迫中可能发挥重要作用。陆地棉ADH家族基因的鉴定与表达分析,为深入解析ADH响应棉花非生物胁迫中的功能及分子机制奠定了理论基础,进一步为棉花抗逆育种提供更多基因资源。
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草鱼(Ctenopharyngodon idellus)FGF21基因克隆及其表达分析
《生物技术通报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：采用RT-PCR技术从草鱼肝脏中克隆了成纤维细胞生长21(FGF21)基因序列,并利用实时荧光定量PCR(q PCR)技术对该基因在草鱼幼鱼不同组织中表达进行了研究。结果表明,草鱼FGF21基因(Gen Bank登录号为MF_094727)c DNA序列全长615 bp,其中5'端非翻译区51 bp,开放阅读框564 bp,编码187个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,草鱼FGF21基因与斑马鱼同源性最高(78.86%),与犀角金线鲃、鲤、虹鳟、大西洋鲑、罗非鱼和日本青鱂的同源性分别为77.66%、73.94%、53.29%、52.41%、43.71%和35.96%,与人和小鼠同源性较低,分别为31.87%和30.39%。q PCR分析表明:FGF21基因在草鱼幼鱼肝脏、前肠、中肠、后肠、心脏、肌肉、肾脏和全脑中均有表达,在肌肉、前肠和中肠表达量最高,表明该基因可能在草鱼肌肉和肠道等组织发挥重要作用。
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褪黑激素对长毛兔毛囊细胞凋亡的影响
《湖南农业大学学报(自然科学版) 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为研究褪黑激素对皖系长毛兔毛囊细胞凋亡的影响及相关机制,选择60只皖系长毛兔,随机均分成4组,1组不埋植褪黑激素(对照),另3组每只兔按25 mg(低剂量组)、40 mg(中剂量组)和55 mg(高剂量组)分别埋植褪黑激素,饲养70 d后,进行组织病理学观察和RNA的转录组高通量测序及q PCR表达分析。结果表明:通过组织切片观察,证实55 mg褪黑激素处理能有效抑制毛囊细胞凋亡,维持细胞正常形态;通过对高剂量组和对照组测序,得到25个差异表达基因,其中有14个基因上调,11个基因下调,涉及通路包括嗜T细胞病毒感染、坏死性凋亡、甲状腺癌、铁死亡、I型糖尿病和胰岛素信号通路,其中坏死性凋亡、铁死亡通路与长毛兔毛囊凋亡相关;选取4个与凋亡相关的差异表达基因进行荧光定量验证,得到新基因MSTRG.3561表达显著上调,SLC25A5表达下调,但差异无统计学意义。
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