科研产出
重组酶辅助扩增结合CRISPR/Cas13a检测禽腺病毒4型方法的建立
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立高效、灵敏、特异的禽腺病毒4型（fowl adenovirus serotype 4,FAdV-4）检测方法。【方法】将重组酶辅助扩增技术（recombinase aided amplification,RAA）与规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白（clustered regularly interspaced short palindromic repeats associated protein 13a,CRISPR-Cas13a）技术相结合，针对FAdV-4 Hexon基因保守区设计RAA引物及CRISPR RNA （crRNA），利用RAA技术扩增样本核酸，并进行CRISPR-Cas13a荧光检测，以qPCR为对照方法，评价所建立方法的灵敏度、特异性以及与qPCR法的一致性。【结果】本研究所建立的方法反应过程均在37℃恒温条件下完成，反应体系可检测的最低扩增拷贝数为10~1 copies/μL，灵敏度高，且与FAdV-1、FAdV-7、FAdV-8b、FAdV-9、FAdV-10、鸡传染性喉气管炎病毒、传染性法氏囊病毒、传染性支气管炎病毒、禽流感H9亚型疫苗和新城疫病毒等禽病原核酸检测无交叉反应。该方法检测30份临床样本与qPCR检测的阳性检出率一致。【结论】建立的RAA-Cas13a方法检测FAdV-4具有简便、灵敏、特异等特点，可用于FAdV-4的快速检测和流行病学监测。
关键词： 禽腺病毒4型 CRISPR/Cas13a 重组酶辅助扩增 检测
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猪流行性腹泻病毒RAA-CRISPR/Cas13a检测方法的建立与初步应用
《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：将重组酶辅助扩增技术(recombinase aided amplification,RAA)与规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白(CRISPR-Cas13a)技术相结合,即RAA-Cas13a,建议建立高效、灵敏、特异的猪流行性腹泻病毒(por-cine epidemic diarrhea virus,PEDV)检测方法.针对PEDV N基因保守区设计RAA特异性引物和CRISPR RNA(crRNA),利用RAA技术扩增样本核酸,并进行CRISPR-Cas13a荧光检测,以RT-qPCR为对照方法,评价该方法的灵敏度、特异性及与RT-qPCR法的一致性.结果表明,该方法最低可检测至101 copies·μL-1,且与猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒及猪伪狂犬病病毒等常见猪源病原核酸检测无交叉反应.采用RAA-Cas13a检测40份临床样本与RT-qPCR方法阳性符合率为100%,阴性符合率为84.6%,总符合率为95%,Kappa值为0.881.本研究建立的RAA-Cas13a方法灵敏度高、特异性强,为PEDV的临床诊断和流行病学监测提供了可靠的技术手段.
关键词： 猪流行性腹泻病毒 CRISPR/Cas13a 重组酶辅助扩增 N基因 检测
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