科研产出
点蜂缘蝽滞育和非滞育对嗅觉相关基因表达的影响
《植物保护 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：有研究表明滞育和非滞育点蜂缘蝽Riptortus pedestris对聚集信息素的感受存在显著差异，本研究拟通过测定滞育和非滞育点蜂缘蝽触角转录组，寻找表达差异的嗅觉相关基因，分析与滞育关联的信息素识别机制。利用高通量测序平台BGISEQ-500对滞育和非滞育点蜂缘蝽雌、雄成虫触角进行转录组测序，筛选差异表达基因并进行通路富集分析，同时对差异表达的嗅觉基因进行RT-qPCR验证。点蜂缘蝽触角转录组共获得57 648条unigenes,其中61.05%在七大公共数据库中成功注释。注释到NR数据库的基因最多(52.90%),匹配到茶翅蝽Halyomorpha halys的序列最多，为55.83%。通过转录组数据分析，与非滞育雌虫相比，滞育雌虫触角中共筛选到2 222个差异表达基因，其中上调表达基因1 288个，下调表达基因934个；与非滞育雄虫相比，滞育雄虫触角中共筛选到2 293个差异表达基因，其中上调表达基因1 410个，下调表达基因883个；雌、雄虫触角间差异基因较少，分别为315个(滞育)和584个(非滞育)。进一步对嗅觉相关基因进行分析发现：滞育和非滞育雌虫触角间10个化学感受蛋白(chemosensory proteins, CSPs)基因和11个气味结合蛋白(odorant-binding proteins, OBPs)基因差异表达；滞育和非滞育雄虫触角有7个CSPs基因和11个OBPs基因差异表达；滞育雌、雄成虫仅有1个OBP基因表达出现差异；非滞育雌、雄虫间有4个CSPs基因和3个OBPs基因差异表达。从差异表达的嗅觉相关基因中选取10个基因(4个OBPs,4个CSPs 2个ORs)进行RT-qPCR验证，结果与转录组测序相符。研究结果将为今后点蜂缘蝽识别聚集信息素的分子机制及研发更为高效的化学通讯调控技术提供参考。
关键词： 点蜂缘蝽 触角转录组 生殖滞育 嗅觉相关基因 差异表达基因
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基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释
《安徽农业科学 》 2024
摘要：[目的]筛选淮猪和大约克猪排卵前卵泡组织差异表达基因。[方法]采集淮猪和大约克猪各3头的排卵前卵泡，提取RNA,个体独立建库。采用RNA测序技术以及GO和pathway方法对所获序列进行显著性富集分析。[结果]测序后，获得的淮猪clean reads数分别为85 958 912、91 701 082、84 448 828,其中有效Reads数分别达到98.39%、98.59%、96.04%;获得的大约克猪clean reads数分别为87 914 166、80 480 542、85 994 612,其中有效reads数分别达到98.61%、96.95%、98.80%,测序饱和度良好（证明测序数据真实可靠）。结果表明，筛选到上调基因67个，下调基因54个。GO和Pathway分析发现，差异表达基因富集在繁殖过程、生长过程和代谢过程及WNT信号通路、卵巢类固醇生成通路和类固醇生物合成通路等。[结论]获得了猪排卵前卵泡基因表达谱，并筛选到与繁殖性状相关的关键候选基因。
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转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
《中国蔬菜 》 2018 北大核心
摘要：乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。
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转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
《中国蔬菜 》 2018 北大核心
摘要：乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征.采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上.将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp.以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因.对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路.
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基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和59 244 502,其中有效序列达到94.4%,94.3%和94.2%;大约克猪3个样本得到的总序列数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中有效序列达到93.8%,93.7%和93.8%。测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。差异表达分析结果显示,共筛选到347个差异表达基因,其中包含94个上调基因,253个下调基因。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在与糖酵解代谢和肌肉发育相关的生物学过程中以及与脂肪酸代谢和生长性状、胴体性状相关的信号通路上。【结论】获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因。
关键词： RNA-seq 皖南花猪 大约克猪 差异表达基因 背最长肌
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