科研产出
一种基于PCR的水稻SNP标记检测方法
《中国农学通报 》 2020
摘要：旨在找到一种简便的SNP检测方法用于水稻种性鉴定及遗传多样性分析,本研究以245份长江中下游主推杂交水稻品种及亲本为研究材料,从1319个SNP位点中筛选出124对多态性高的位点,建立SNP的高效检测体系。选用其中的1个标记sf0141821553和SSR的标记RM7120来检测水稻的纯度,分别利用Caps-AccI标记和SNP-sf0601764762扩增亲本及杂交后代Wx的基因型,两者结果完全一致。用124对位点对245份杂交水稻进行遗传多样性分析,聚类分析显示,245个品种间的遗传相似系数在0.64～0.97之间。以遗传相似系数0.64为阈值,可以将245个水稻品种分为2个类群,这2个类群分别在遗传相似系数为0.712和0.667处又可以分为2个亚群。结果表明材料间存在明显的群体结构,能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳来实现SNP标记的检测,方法简便且不需要大型仪器设备和昂贵的试剂,便于实验室开展水稻品种的鉴定工作。
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绵羊Izumo1基因多态性及其与产羔数关联分析
《中国农业大学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135A>G和g.54412107C>A 2个位点。Izumo1基因g.54412135A>G位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107C>A在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P<0.01);群体遗传学分析得出g.54412135A>G多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC<0.25);g.54412107C>A多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25
关键词： 绵羊 Izumo1基因 克隆 多态性 SNP 产羔数
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金寨黑鸡BBMMPP6基因多态性及其对生长性能的影响
《中国家禽 》 2019 北大核心
摘要：研究采用DNA检测,研究其对金寨黑鸡0～14周龄生长性能的影响。结果显示:金寨黑鸡BMP6基因外显子1上存在A76150G一个突变位点,并导致了His→Arg的氨基酸改变,该位点PIC值为0.37,属于中度多态,基因型分布处于Hardy-Weinberg多态性有着显著关联(P<0.05),体重差异在各日龄间有着一致性;母鸡各基因型各日龄体重差异均不显著(P>0.05);对金寨黑鸡胫长影响差异不显著(P>0.05)。研究表明:BMP6基因A76150G位点可用于6周龄金寨黑鸡公鸡生长性状选育的参考分子标记。
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定远猪CATSPER1基因多态性及与产仔数的相关分析
《养猪 》 2019
摘要：利用现代分子标记技术探索了影响猪产仔数的候选基因CATSPER1多态性,并分析了多态性与产仔数间的相关性,为建立产仔数分子标记辅助选择方法提供依据.试验采用PCR-RFLP(HhaI限制性内切酶)技术,分析了264头定远猪母猪的CATSPER1基因exon 1的c.A779G多态性,并采用最小二乘法分析了CATSPER1基因多态性对产仔数影响的遗传效应.结果显示,CATSPER1基因c.A779G位点在定远猪中存在多态性,AA、AG和GG型频率分别为0.0303、0.2727和0.6970,野生型等位基因A的基因频率为0.1667,经检验该位点在定远猪群中处于哈德-温伯格平衡状态(P>0.05);AA型个体的总产仔数和产活仔数最高,GG型个体最低,AA型总产仔数均极显著高于AG和GG型(P<0.01),AA型个体的产活仔数均显著高于AG和GG型(P<0.05),而AG和GG型个体间的总产仔数和产活仔数均差异不显著(P>0.05);遗传效应分析表明,等位基因A为定远猪优良等位基因,A等位基因替代G等位基因的效应均为正值,因此选择AA型个体留种有利于提高群体的产仔数.
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猪CD4基因多态性及生物信息学分析
《基因组学与应用生物学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用PCR-RFLP方法检测猪CD4基因部分外显子区的单核苷酸多态性,分析CD4基因SNPs之间的连锁不平衡程度,并采用生物信息学软件预测SNPs对CD4蛋白的潜在影响,为猪的抗病育种研究提供相应的分子标记。研究表明,大白猪CD4基因外显子4、6和7都存在一个突变位点,分别可使CD4蛋白T80S、P290L和M348I发生改变;每个SNP位点都有三种基因型,多态信息含量均处于中等多态(0.25
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淮南麻黄鸡BMPBMP15基因多态性及其与生产性能的相关分析
《中国家禽 》 2017 北大核心
摘要：试验旨在研究BMP15基因多态性及其与淮南麻黄鸡生产性能的相关性,寻找可作为提高淮南麻黄鸡生产性能的分子标记。采用DNA测序和PCR-SSCP技术对419只淮南麻黄鸡BMP15基因多态性进行了检测,分析其多态性与淮南麻黄鸡生产性能的相关性。结果表明:淮南麻黄鸡BMP15基因exon1上存在G397A 1个突变位点,并导致氨基酸Leu转变为Phe,G397A位点PIC值为0.36,处于中度多态,基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。G397A位点与淮南麻黄鸡28日龄体重显著相关,AA基因型是优势基因型。BMP15基因G397A位点可以作为淮南麻黄鸡生长性能的参考分子标记。
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皖南黄兔IGF1基因扩增及其多态性分析
《中国草食动物科学 》 2016
摘要：胰岛素样生长因子1(IGF1)是动物生长发育等生命过程中的重要调节因子,目前关于家兔IGF1基因序列扩增和多态性的研究还很少。该研究以安徽皖南黄兔为试验动物,通过PCR方法扩增其IGF1基因编码区全序列,利用混合DNA池测序和生物信息学方法分析了IGF1基因扩增区域的遗传变异特性。结果获得皖南黄兔IGF1基因包含第1~5外显子的基因组序列5条,长度分别为316、657、691、757和403 bp,与种子序列一致性分别为100%、99.5%、99.9%、99.7%和99.8%;5个外显子组成432 bp的CDS序列,编码143个氨基酸残基组成的蛋白质。测序和生物信息学分析结果则表明,在皖南黄兔IGF1基因内含子1中存在3个多态位点(3056G>A、3107T>C和3164 G>A),3个位点并不位于剪接位点,但分别位于MZF1、ATF4、CEBPA、HLF和NKX2-8顺式作用元件位置,因而可能影响基因表达。该研究成功扩增获得皖南黄兔IGF1基因全部5个外显子序列,拼接获得基因编码区全序列,并利用混合DNA池测序法发现了内含子3个新的SNP位点,研究结果为揭示肉兔IGF1基因功能奠定了基础。
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美系大白猪雌激素受体基因多态性与繁殖性状的相关分析
《养猪 》 2015
摘要：研究将ESR基因作为母猪繁殖性状候选基因,进行多态性检测和相关分析,旨在为大白猪的分子标记辅助选择提供依据。试验采用PCR-RFLP方法分析了451头美系大白母猪ESR基因的多态性,以及多态性与总产仔数、产活仔数和初生窝重间的相关性,并分析ESR基因对繁殖性状的效应。结果表明:ESR基因在该美系大白猪中分布处于哈德-温伯格不平衡状态。在头胎中,AA型个体总产仔数、产活仔数和初生窝重分别为10.47头、9.90头和13.79 kg,均高于BB型个体的9.78头(P<0.01)、9.01头(P<0.05)和12.41 kg(P<0.05);AA型个体的3个性状均高于AB型,但均差异不显著(P>0.05);AB型个体的总产仔数和初生窝重分别为10.32头和13.45 kg,均显著高于BB型个体(P<0.05),AB型个体产活仔数为9.60头,高于BB型,但差异不显著(P>0.05)。经产(2~5胎)AA型个体的总产仔数、产活仔数和初生窝重分别为11.55头、11.03头和16.53 kg,均高于AB型个体的11.07头(P<0.05)、10.44头(P<0.01)、15.67 kg(P<0.05),且极显著高于BB型个体(10.82头、10.02头和15.17 kg)。ESR基因的A等位基因对繁殖性状均具有正的加性效应。ESR基因AA型在美系大白猪中为有利基因型,A等位基因为有利等位基因。该位点可用于美系大白猪的育种中,在种猪选育时提高ESR基因的A等位基因频率可以提高产仔数和初生窝重。
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猪长链脂酰辅酶A合成酶1基因多态性与活体背膘厚的相关分析
《养猪 》 2015
摘要：长链脂酰辅酶A合成酶1(ACSL1)是为体内合成甘油三酯提供脂酰Co A底物的最重要的长链脂酰Co A合成酶之一,文章以ACSL1基因作为猪背膘厚性状的候选基因,进行多态性检测和相关分析,旨在为大白猪的分子标记辅助选择提供依据。试验采用PCR-RFLP方法检测510头大白猪ACSL1基因多态性,分析多态性与活体校正背膘厚的相关性。结果表明:ACSL1基因的T和C等位基因频率分别为0.565 7和0.434 3;等位基因在该大白猪群体中分布处于哈德-温伯格平衡状态;TT基因型个体的校正背膘厚为8.55 mm,显著薄于TC型个体的9.87 mm(P<0.05),极显著薄于CC型个体的11.56 mm(P<0.01);TC型个体显著薄于CC型(P<0.05);T等位基因的平均效应为-1.117,C等位基因的平均效应为1.455,T等位基因替代C等位基因的平均效应为-2.572。ACSL1基因的T等位基因为该大白猪优良等位基因,有目的地选留TT型个体可有效降低猪的背膘厚,减少脂肪沉积,从而提高瘦肉率。
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