科研产出
安徽新安江水牛mtDNA D-Loop区遗传多样性与系统进化研究
《中国草食动物科学 》 2024
摘要：试验旨在分析安徽省黄山市新安江流域上游地区新安江水牛群体的分子遗传特性,探究其母系起源与遗传多样性.利用PCR扩增和测序技术测定28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列,下载GenBank数据库中24个中国水牛群体的693条D-Loop序列,利用生物信息学分析其遗传多样性,构建Neighbor-joining系统发生树和Media-joining网络,探索不同水牛群体的遗传距离.结果显示,28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列共有117个变异位点,构成25种单倍型,其核苷酸多样性为0.026 02±0.003 03,单倍型多样性为0.989±0.014.新安江水牛群体的变异性水平与中国其他水牛群体接近.N-J系统进化树显示,新安江水牛25个单倍型分为A、B两个支系,具有A支系和B支系2个母系来源,其中A支系占据主导地位.Media-joining进化网络显示,中国水牛主要为沼泽型水牛,分为沼泽型水牛A支系和B支系,B支系又分为b1亚支系和b2亚支系.综上,新安江水牛群体变异水平与中国其他地方水牛群体接近,群体遗传多样性丰富;且新安江水牛属于沼泽型水牛,具有2个线粒体母系来源,与我国其他地方水牛群体具有一定的遗传距离.
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薏苡ClSAD、ClFAD2基因单倍型鉴定与相关脂肪酸关联分析
《植物遗传资源学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：薏苡仁油是薏苡仁主要功能性物质之一，脂肪酸是其重要组成部分。以中国9个省份的190份薏苡种质为材料，检测其种仁硬脂酸、油酸、亚油酸含量，分析ClSAD、ClFAD2基因序列多态性并鉴定单倍型，进行脂肪酸含量单倍型关联分析。结果表明，不同薏苡种质种仁3种脂肪酸含量存在广泛变异，变异系数为15.84%～23.05%，遗传多样性指数为5.22～5.23，其中油酸含量最高，硬脂酸含量最低，各脂肪酸组分间呈极显著正相关。ClSAD和ClFAD2内部各有14个和3个SNP，分别鉴定到5个单倍型组合，ClSAD基因单倍型Hap3和ClFAD2基因单倍型Hap1分别与参考基因组一致。ClSAD基因单倍型Hap3与硬脂酸含量显著关联且具有负效应，利于硬脂酸向油酸转化。ClFAD2基因单倍型Hap1利于亚油酸的积累，而Hap2与亚油酸酸含量显著关联且具有负效应，不利于亚油酸的合成。在2个基因内部各鉴定到1个关键SNP位点，分别是形成SAD和FAD2酶活性差异的关键位点。研究结果将为高油薏苡优良品种的选育、分子标记开发和相关分子机制解析提供理论基础。
关键词： 薏苡 脂肪酸 单倍型 硬脂酸脱饱和酶SAD基因 油酸脱饱和酶FAD2基因
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大别山牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究
《中国牛业科学 》 2018
摘要：[目的]从分子水平分析大别山牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物测序及荧光微卫星分型方法。[结果]对49头大别山牛公牛的2个YSNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测,结果表明,2个Y-SNPs标记在大别山牛中均未检测出多态性,2个Y-STRs标记在大别山牛中均表现为单态,即INRA189标记的等位基因大小均为88bp,BM861均为156bp。根据Y-SNPs与Y-STRs标记的结果,发现49头大别山牛全部为Y3-88-156单倍型,频率为1,表明该品种只有Y3瘤牛父系起源,其单倍型多样度为0,显示大别山牛的父系遗传多样性很低。[结论]大别山牛属于南方黄牛类型,其遗传多样性很低,表明其瘤牛种质特性单一、稳定。
关键词： 大别山牛 Y-SNPs Y-STRs 单倍型 遗传多样性 父系起源
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安徽东流水牛线粒体D-Loop区遗传多样性与系统进化分析
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析安徽东流水牛群体的分子遗传特性,为今后开展我国地方水牛品种研究提供科学依据。【方法】采用测序技术测定安徽东至县31头东流水牛线粒体DNA(mtDNA)D-Loop序列,结合GenBank数据库中已报道的22个群体的471条中国水牛D-Loop序列进行联合分析,利用DnaSP 5.1软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,利用MEGA 5.10软件构建N-J系统发生树,利用Network 4.60软件构建单倍型的media-joining网络。【结果】在22个中国水牛群体中发现163个变异位点,180个单倍型,其核苷酸多样性为0.018 23±0.002 21,单倍型多样性为0.877 40±0.013 80,其中在东流水牛D-Loop序列中发现70个变异位点,构成35种单倍型,其核苷酸多样性为0.013 31±0.002 08,单倍型多样性为0.944 00±0.023 00,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。N-J系统发生树和media-joining进化网络显示,中国水牛分为沼泽型和江河型,前者又分为A和B支系,B支系包括b1和b22个亚支系,东流水牛分布于A和B支系中。【结论】东流水牛群体遗传多样性丰富,且线粒体具有2个母系来源。
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