科研产出
茶树海藻糖-6-磷酸合成酶(TPS)基因家族鉴定与表达分析
《生物技术通报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】海藻糖-6-磷酸合成酶(trehalose-6-phosphate synthase,TPS)是植物体内海藻糖生物合成通路中的关键酶。对茶树[Camellia sinensis(L.)O.Kuntze]TPS基因家族进行鉴定和分析，并研究其在逆境胁迫下的表达模式，为开展TPS基因功能验证提供基础。【方法】利用生物信息学方法鉴定茶树CsTPS基因家族成员，分析其编码的蛋白理化特性、保守基序与结构域、染色体定位、系统进化关系和启动子顺式作用元件等生物学信息，利用转录组数据结合RT-qPCR技术分析CsTPS家族成员在干旱、盐和低温胁迫下的表达模式。【结果】在茶树基因组中鉴定到16个TPS基因家族成员，系统发育分析将它们划分为Class I和Class II两个亚族。同一亚族成员具有相似的motif组成和基因结构。共线性与进化分析表明，CsTPS基因在茶树基因组内发生了基因复制事件，且它们在进化过程中经历了纯化选择作用。RT-qPCR结果显示，6个候选基因CsTPS3、CsTPS5、CsTPS6、CsTPS9、CsTPS11和CsTPS14均被PEG、NaCl和低温胁迫诱导，且表达模式与转录组结果一致。【结论】从茶树全基因组中系统鉴定出16个TPS家族成员。茶树CsTPS3、CsTPS5、CsTPS6、CsTPS9、CsTPS11和CsTPS14基因对干旱、盐和低温胁迫均有响应，但其敏感性水平各不相同。
关键词： 茶树 海藻糖-6-磷酸合成酶基因 系统进化 表达模式 非生物胁迫
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须鳗虾虎鱼线粒体全基因组测序和系统发育分析
《大连海洋大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了解须鳗虾虎鱼（Taenioides cirratus）线粒体基因组特征和系统发育状况，采用Illumina Hiseq高通量测序技术，测定了从南渡江口、珠江口、太湖、巢湖和南四湖中采集的12尾须鳗虾虎鱼的线粒体全基因组，并下载近缘种线粒体全基因组序列进行系统发育分析。结果表明：须鳗虾虎鱼线粒体全基因组长为16 641～16 978 bp,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop控制区，各样本的编码基因序列长度较一致，线粒体全基因组长度差异主要是由控制区长度（975～1 314 bp）差异造成的；基于13个蛋白编码基因和2个rRNA基因序列构建系统发育树，须鳗虾虎鱼分为3个高支持率进化枝，与红狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）、鲡形鳗虾虎鱼（Taenioides anguillaris）形成并系，太湖、巢湖和南四湖的须鳗虾虎鱼个体聚为1个进化枝，南渡江口和珠江口的须鳗虾虎鱼个体均分属2个进化枝。研究表明，青藏高原隆起和亚洲季风形成带来的中国水系格局变化，可能是须鳗虾虎鱼形成目前系统发育结构的重要原因，本研究结果可为进一步明确须鳗虾虎鱼的分类地位和资源保护提供重要依据。
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强壮粗体虫的线粒体基因组及棘头虫的系统发育研究
《水生生物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：通过长距离PCR方法,克隆了鳜(Siniperca chuatsi Basilewsky)肠道内寄生虫——强壮粗体虫(Hebesoma violentum Van Cleave)线粒体基因组全长序列,共13393 bp(GenBank登录号:KC415004),有36个基因,其中蛋白编码基因12个,核糖体基因2个,tRNA22个。所有基因均由线粒体基因组同一条链按同一个方向转录。利用该线粒体基因组和已经报道的一些轮虫纲种类的线粒体基因组序列,构建了棘头虫和轮虫的系统发育树。系统发育研究表明:包括强壮粗体虫、隐藏新棘虫Pallisentis celatus(Van Cleave)和Paratenuisentis ambiguous(Van Cleave)在内的始新棘头虫纲(Eoacanthocephala)与古棘头虫纲(Palaeacanthocephala)亲缘关系较近,聚为一枝后再与原棘头虫纲(Archiacanthocephala)聚在一起;棘头虫与双巢类轮虫(Bdelloid)亲缘关系最近,聚为一枝,然后再与单巢类轮虫(Monogonont)聚在一起,表明棘头虫和轮虫具有较近的亲缘关系。
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