科研产出
苹果IRAP反应体系的建立和指纹图谱构建
《安徽农业大学学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：利用已获得的苹果Ty1-copia类逆转座子LTRs建立了苹果逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,对影响IRAP-PCR扩增结果的若干因子进行了研究。优化的反应体系包含:2.5μL10×buffer,50 ng模板DNA,2.5mmol.L-1Mg2+,0.2 mmol.L-1dNTPs,0.4μmol.L-1引物,1 UTaqDNA聚合酶,反应体积为25μL;优化的PCR扩增程序为:94℃2 min;94℃1 min,退火1 min,72℃2 min,循环35次;72℃延伸10 min;退火温度根据引物温度设定。该IRAP体系分别用于‘元帅’和‘富士’的短枝和着色芽变指纹图谱的分析,构建的指纹图谱可以作为芽变鉴定的依据,表明这些突变可能系逆转座子转座插入或逆转座子间重组所致。
苹果中Ty1-copia型逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析
《果树学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：利用苹果叶片为材料,通过PCR扩增、克隆研究了苹果中Ty1-copia型逆转座子的逆转录酶序列。结果表明:(1)逆转座子在1个砧木及7个品种中都能检测到,说明逆转座子在苹果砧木及不同种质中普遍存在。(2)克隆、分析了嘎拉品种中23条逆转座子的逆转录酶序列,分析表明同一基因组中克隆到的逆转录酶序列存在高度的异质性,具体表现为23条逆转录酶序列核苷酸序列长度变化范围是247-279bp,其长度相差32bp,主要表现为缺失突变;其中6条序列中存在1-4个程度不同的终止密码子突变;氨基酸序列同源性的变化范围为21%-98.9%。(3)将23条序列与已发表的不同物种同一类型逆转座子的逆转录酶序列进行聚类分析,表明苹果的Ty1-copia型逆转座子与甜菜、水稻、马铃薯、燕麦及挪威云杉等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源。
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