科研产出
长江、淮河水系安徽区段黄颡鱼的群体遗传结构研究
《水产科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：2018—2019年在安徽长江和淮河水系8个地点采集212尾黄颡鱼样品,采用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列为分子标记,研究长江、淮河两水系安徽区段8个黄颡鱼地理群体的遗传多样性与遗传结构.研究结果显示,黄颡鱼Cyt b同源序列片段长度为1122 bp;共检测到变异位点48个、单倍型49个,碱基组成呈强的A/T偏倚和反G偏倚.黄颡鱼各地理群体具有中高度的单倍型多样性(0.554~0.949)、低的核苷酸多样性(0.00105~0.00221).所有群体的群体分化指数(0.2590)、基因流(1.4305)和分层的分子变异分析结果一致表明,长江、淮河水系安徽区段黄颡鱼群体间存在显著的遗传分化.单倍型进化网络图和群体间系统进化树表明,8个地理群体分为长江、淮河水系两大进化枝.研究结果表明,长江、淮河水系安徽区段的黄颡鱼具有明显的地理遗传结构,不同水系间的地理阻隔可能是导致黄颡鱼群体遗传分化的主要原因.研究结果还为黄颡鱼的遗传管理和资源保护提供重要的基础信息.
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金色鳜鱼选育群体与野生群体的遗传变异分析
《江苏农业科学 》 2018 北大核心
摘要：采用线粒体Cyt b基因为分子标记,研究金色鳜鱼选育群体与安徽三大水系野生鳜鱼群体的遗传多样性及亲缘关系.结果显示,110个样品的Cyt b基因全序列长为1 141 bp,野生群体共检出12个核苷酸变异位点(变异率0. 011%)、12种单倍型,选育群体无变异位点,仅包含1个单倍型,群体遗传多样性低.序列碱基A、T、G、C的平均含量分别为26. 1%、28. 4%、14. 5%、30. 9%,A+T含量(54. 5%)> G+C含量(45. 5%).分子变异分析(AMOVA)中,21. 64%遗传变异来自群体间,说明鳜鱼群体间产生了一定程度的遗传分化.群体间分子系统树显示,金色鳜鱼选育群体与淮河群体鳜鱼亲缘关系更接近,而长江群体处于淮河群体与新安江群体的过渡,这与各野生群体所处地理位置相关.
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金色鳜鱼选育群体与野生群体的遗传变异分析
《江苏农业科学 》 2018 北大核心
摘要：采用线粒体Cyt b基因为分子标记,研究金色鳜鱼选育群体与安徽三大水系野生鳜鱼群体的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,110个样品的Cyt b基因全序列长为1 141 bp,野生群体共检出12个核苷酸变异位点(变异率0. 011%)、12种单倍型,选育群体无变异位点,仅包含1个单倍型,群体遗传多样性低。序列碱基A、T、G、C的平均含量分别为26. 1%、28. 4%、14. 5%、30. 9%,A+T含量(54. 5%)> G+C含量(45. 5%)。分子变异分析(AMOVA)中,21. 64%遗传变异来自群体间,说明鳜鱼群体间产生了一定程度的遗传分化。群体间分子系统树显示,金色鳜鱼选育群体与淮河群体鳜鱼亲缘关系更接近,而长江群体处于淮河群体与新安江群体的过渡,这与各野生群体所处地理位置相关。
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基于线粒体Cyt b基因的皖南山区温州光唇鱼种群遗传结构
《中国农学通报 》 2017
摘要：为探讨皖南山区温州光唇鱼的种群遗传结构,采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)对该区5个野生种群(祁门、黟县、休宁、旌德和宁国)进行群体遗传变异分析。131个样本的Cyt b基因(1141 bp)中共检出38个变异位点(变异率3.33%)、14种单倍型。序列碱基的平均含量分别为A(28.2%)、C(29.7%)、T(27.0%)、G(15.1%),A+T含量(55.2%)明显大于G+C含量(44.8%)。5个地理种群的单倍型多样性(0.0000~0.6799)和核苷酸多样性(0.0000~0.00759)普遍较低。群体分化系数(FST:0.2916-0.9782)和AMOVA分析中高达52.74%的遗传变异来自地理种群间,说明温州光唇鱼地理种群间已产生显著遗传分化;但不同水系的种群间没有显著遗传差异。群体间系统进化树显示:5个群体聚为两大进化枝,祁门和旌德种群为一枝,其余种群为另一枝。温州光唇鱼的这种种群遗传结构与地理隔离及其生态习性相关。
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三种体色黄鳝群体遗传多样性分析
《水产学杂志 》 2016
摘要：利用线粒体Cyt b基因部分序列测序技术研究3种体色黄鳝Monopterus albus群体(深黄斑鳝、青黄斑鳝、青斑鳝)的遗传多样性与遗传差异。结果显示:三个群体黄鳝共有变异位点53个,单倍型36个;平均单倍型多样性分别为0.9153、0.7517、0.9457;平均核苷酸多样性分别为0.00426、0.00211、0.00601。群体间遗传分化指数(Fst)较小(0.00282~0.04970),分子方差分析(AMOVA)中仅有2.10%的变异来自群体间,表明三种不同体色黄鳝群体间未有明显遗传分化。群体遗传距离的聚类分析结果显示:深黄斑鳝与青黄斑鳝群体间亲缘关系最近,深黄斑鳝与青斑鳝亲缘关系最远。
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安徽淮河水系黄鳝群体遗传多样性及其遗传结构
《安徽农业大学学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用线粒体Cyt b基因全序列(1138 bp)对安徽淮河水系黄鳝6个地理群体(阜南Fn、颍上Ys、平圩Pw、怀远Hy、凤阳Fy、明光Mg)165个样品进行遗传多样性和遗传结构分析。共检测到变异位点74个、单倍型25个,平均A+T含量(54.8%)显著大于G+C(45.2%)含量。平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.787、0.01882。各群体的遗传分化指数FST为0.01933~0.81352、基因流Nm为0.11461~26.36650,分子方差分析(AMOVA)显示44.1%的变异来自群体间,表明淮河水系黄鳝地理群体间存在较高程度的遗传分化。单倍型系统进化树和进化网络图揭示安徽淮河黄鳝6个群体的个体组成2个遗传差异明显的谱系。错配分布和中性检验结果表明安徽淮河黄鳝群体历史上较为稳定,无明显群体扩张。
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鄱阳湖及洞庭湖红鳍原鲌的群体分化研究
《水生生物学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：结合形态和线粒体Cyt b数据,研究了鄱阳湖及洞庭湖定居性鱼类红鳍原鲌的6个地理群体(湖口群体、星子群体、都昌群体、鄱阳群体、余干群体和洞庭湖群体)共186尾样本的群体分化情况。形态分析结果显示地理群体间形态差异较小。遗传分析结果中,群体间遗传分化指数(Fst)为–0.00567—0.33429,显示群体间存在较大遗传差异,而单倍型分布和分子变异分析(AMOVA)也得到相似的结果。根据群体遗传距离构建的系统树,6个群体分为两大支:洞庭湖群体与其他群体距离最远,单独聚为一支;星子、都昌、鄱阳和余干4群体聚成另一支,而湖口群体处于两支的过渡位置。因此,群体间已产生显著遗传分化,且主要体现在洞庭湖和鄱阳湖各群体间。综合上述分析结果及红鳍原鲌的生活习性认为,鄱阳湖及洞庭湖红鳍原鲌群体间的遗传分化是红鳍原鲌定居性的生活习性导致不同地理群体间长期的群体隔离、缺乏基因交流的结果。
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安徽长江流域黄鳝6个地理种群的遗传变异研究
《四川动物 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：采用线粒体细胞色素b(Cyt b)为分子标记,研究了安徽长江流域黄鳝6个地理种群(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)共180尾个体的遗传变异关系。结果显示,在1087 bp序列中共检测到变异位点101个,单倍型68个,碱基组成中A+T的含量大于G+C的含量。6个地理种群的单倍型多样性(0.623~0.940)较高,核苷酸多样性(0.001 78~0.019 04)较低。群体分化指数(Fst:0.026 12~0.947 07)、基因流(Nm:0.027 94~18.6400)和分子变异分析(AMOVA)结果表明,安徽长江流域黄鳝一些地理种群间存在着明显的遗传分化。单倍型系统进化树和进化网络图表明:6个地理种群分为2个大的进化支,当涂与繁昌种群为一支,其余4个种群为另一支。地理隔离和黄鳝有限的迁移能力可能是造成种群遗传分化的原因。
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滁州鲫线粒体细胞色素b基因和控制区序列比较及其系统进化分析
《南方水产科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：采用PCR产物直接测序法测定了14尾滁州鲫(Carassius auratus gibelio in Chuzhou)的线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因和控制区(D-loop)全序列,长度分别为1 141 bp和924 bp,且均无核苷酸变异位点。Cyt b基因的T、C、A和G含量分别为29.2%、27.8%、28.5%和14.5%;D-loop的T、C、A和G含量分别为33.2%、20.1%、32.6%和14.1%。2种序列中A+T含量(57.7%,65.8%)均明显大于G+C含量(42.3%,34.2%),且G含量偏低,显示了与其他水生动物线粒体核苷酸碱基含量相似的特征。通过对滁州鲫的控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。滁州鲫与其他鲫属鱼类的Cyt b和D-loop序列均具有高度的相似性,分别为93%~100%和94%~99%。基于2种序列的分子系统进化树分析均表明,滁州鲫与方正鲫(C.auratus gibelio in Fangzheng)亲缘关系最近,而与来自日本的鲫类群亲缘关系最远。
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