科研产出
全基因组表达分析不同强度干旱胁迫下常规籼稻根系转录因子表达变化
《核农学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：水稻转录因子对水稻逆境胁迫有着重要的调节作用。本文通过利用不同浓度PEG胁迫模拟不同强度干旱胁迫,通过基因芯片研究不同耐旱性水稻根系转录因子家族和转录因子变化,结果表明:干旱敏感品种转录因子分析显示,共有43个转录因子家族的296个转录因子表达活性在至少一个干旱胁迫处理下发生了变化,在3个不同强度干旱处理之间都表达的23个转录因子家族中重叠转录因子共有20个;耐旱品种转录因子分析表明,29个转录因子家族的243个转录因子表达活性在至少一个干旱胁迫处理下发生了变化,在3个不同强度干旱处理之间都表达的24个转录因子家族中重叠转录因子共有36个;在干旱胁迫下不同耐旱性品种间表达的转录因子有较强的品种特异性,同一品种不同强度干旱处理下,在每个干旱处理下转录因子表达有较强的处理特异性;耐旱品种和敏感品种在3个干旱处理强度下,有18个转录家族的26个转录因子表达发生变化,其中上调的有14个转录因子,下调的有12个转录因子。
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渗透胁迫下水稻根系核仁小分子RNA转录本变化的全基因组表达分析
《中国水稻科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用Affymetrix水稻60k芯片研究了聚乙二醇6000(PEG)模拟干旱时,水稻根系核仁小分子RNA(snoRNA)转录本的表达活性变化。在模拟干旱胁迫下,水稻根系snoRNA转录本表达有很强的品种特异性,干旱敏感品种爱华5号中共有23个snoRNA转录本活性发生变化且均表现为上调表达,而耐旱品种湘丰早119中仅有2个snoRNA转录本表达活性发生变化,也都为上调表达;转录活性发生变化的snoRNA转录本都为C/D框型,且在染色体上存在5处snoRNA簇;爱华5号和湘丰早119在模拟干旱胁迫下表达发生变化的snoRNA转录本有1个转录本重叠,且此转录本在爱华5号中表达活性是湘丰早119中的17.54倍。
关键词： 基因芯片 水稻 根系 核仁小分子RNA 转录本 干旱胁迫
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应用基因芯片分析短日低温条件下新型粳稻光温敏核质互作不育系育性相关基因
《中国水稻科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：为了解具有三系和两系两套不育机制的新型粳稻光温敏核质互作不育系2310SA分子水平上的育性机理,同时也试图对水稻雄性不育现象做进一步探讨,利用水稻基因芯片,以2310SA及其保持系两系光温敏不育系2310S为材料,在安徽合肥秋季自然短日低温条件下,比较了稳定不育的2310SA和恢复可育的2310S(对照)减数分裂期、单核期、二核期和三核期等4个穗发育时期花药基因表达谱的变化差异。减数分裂期(上调表达基因1938个,下调表达基因1635个)和三核期(上调表达基因2220个,下调表达基因2656个)差异表达基因数目多于单核期(上调表达基因752个,下调表达基因693个)和二核期(上调表达基因1025个,下调表达基因886个),三核期下调表达基因比上调表达基因多,其他3期上调表达基因比下调表达基因多。所有差异表达基因聚类显示,单核期和二核期差异表达基因聚为一类,减数分裂期和三核期差异表达基因独立成为第2类和第3类。筛选出147个在4个穗发育时期都差异表达的基因。这些共有差异表达基因也只有在三核期下调表达基因比上调表达基因多。这些共有差异表达基因,参与了生物合成、刺激反应、光合作用、信号传导、大分子的新陈代谢、运输、转录调节、碳水化合物的代谢、花的发育和细胞死亡等11类生物学过程。所得共有差异表达基因中存在与脂类代谢有关的细胞色素P450家族蛋白和β-环羟化酶,与热激反应有关的热激转录因子、热激蛋白DnaJ家族蛋白及热激蛋白70等相关基因。这些基因与细胞死亡有直接或间接的关系,它们的异常表达可能与不育花粉的形成有关。
关键词： 基因芯片 粳稻 不育性 基因 光温敏核质互作不育系 光温敏不育系
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用引物延伸芯片法实现对转基因水稻中质粒pCAMBIA1301的检测
《遗传 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：生物芯片技术是生物技术和微制造技术的融合, 已广泛用于生命科学的研究及实践、医学科研及临床、药物设计、环境保护、农业、军事等各个领域。而基因芯片是生物芯片中的一种,是指将大量基因探针分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,所以一次可对大量核酸分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交技术操作复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、效率低等不足。文章探讨了用基因芯片这一新的检测手段对转基因植物的初步检测,采用一种新的反应机制-引物延伸芯片法(arrayed primer extension),实现了样品扩增和杂交的一步化,而在传统的基因芯片检测中要需要两步来完成,从而为目前基因芯片中大片段样品的检测提供了一种可能性。
关键词： 生物芯片 基因芯片 转基因植物检测 引物延伸芯片法
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