烟草PVY~N辽宁分离物全序列测定与分析

王芳; 高正良; 周本国; 许大凤; 安梦楠; 吴元华; 《中国烟草学报 》 2013 CSCD

摘要：利用引起烟草脉坏死病的马铃薯Y病毒脉坏死株系辽宁分离物(Potato virus Y—vein necrosis strain Liaoning isolate,PVYN-LN),以GenBank中已有的PVY全序列为基础,设计特异引物。通过总RNA提取、RT-PCR、3’RACE和5’RACE扩增及序列测定,测得PVYN-LN全长基因组序列(NCBI登录号为JQ971975)包括9714个碱基(含PolyA尾),整条序列仅包含一个由9186个碱基组成的开放读码框(ORF),编码一条包含3061个氨基酸的多聚蛋白。对所得序列进行BLAST,利用MEGA软件对所测得的PVYN-LN全序列与GenBank中已有的PVY全序列及氨基酸进行系统进化分析,发现PVYN-LN分离物与已报道的PVYN株系具有较高的进化亲缘关系,该分离物属于PVYN株系。序列重组分析软件RDP4分析,该序列无重组。

关键词： 烟草 PVYN-LN 基因组全序列 重组分析