科研产出
转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
《中国蔬菜 》 2018 北大核心
摘要：乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征.采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上.将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp.以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因.对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路.
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转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
《中国蔬菜 》 2018 北大核心
摘要：乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。
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紫色乌塌菜新品种‘丽紫1号’
《园艺学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：紫色乌塌菜新品种‘丽紫1号’是以雄性不育系PW-10-03为母本,自交系PW-09-06为父本杂交而成。植株半塌地,株高15~16 cm,开展度38~43 cm。外叶紫黑色有光泽,心叶泛紫红,叶柄绿白色、扁平微凹。叶片花青素含量712.49 mg·kg-1,叶片质地柔嫩。单株质量约590 g,产量约64 605kg·hm-2。田间综合表现佳,适宜在长江、淮河流域及以南地区秋冬露地栽培。
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