基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释

刘林清; 李庆岗; 苏世广; 周梅; 张威; 王重龙; 《安徽农业科学 》 2024

摘要：[目的]筛选淮猪和大约克猪排卵前卵泡组织差异表达基因。[方法]采集淮猪和大约克猪各3头的排卵前卵泡，提取RNA,个体独立建库。采用RNA测序技术以及GO和pathway方法对所获序列进行显著性富集分析。[结果]测序后，获得的淮猪clean reads数分别为85 958 912、91 701 082、84 448 828,其中有效Reads数分别达到98.39%、98.59%、96.04%;获得的大约克猪clean reads数分别为87 914 166、80 480 542、85 994 612,其中有效reads数分别达到98.61%、96.95%、98.80%,测序饱和度良好（证明测序数据真实可靠）。结果表明，筛选到上调基因67个，下调基因54个。GO和Pathway分析发现，差异表达基因富集在繁殖过程、生长过程和代谢过程及WNT信号通路、卵巢类固醇生成通路和类固醇生物合成通路等。[结论]获得了猪排卵前卵泡基因表达谱，并筛选到与繁殖性状相关的关键候选基因。

关键词： 淮猪 大约克猪 RNA-Seq 差异表达基因

在不同猪群体中检测OVGP1基因的多态性分布

刘林清; 李庆岗; 苏世广; 周梅; 张威; 王重龙; 《猪业科学 》 2024

摘要：输卵管特异性糖蛋白（Oviduct-specific glycoprotein,OVGP1）基因,主要在输卵管中表达。OVGP1基因定位于猪4q22-23,并发现存在可控制排卵率的QTL。OVGP1基因是由输卵管上皮细胞合成和分泌,其合成受卵巢类固醇激素的调控,还可以与移动的输卵管中的卵子或受精卵相结合。总之,OVGP1基因在繁殖过程中起着重要作用。

猪MMP9基因的多态性与产仔数性状的关联分析

刘林清; 李庆岗; 苏世广; 周梅; 张威; 王重龙; 《安徽农业科学 》 2023

摘要：通过比较序列测定法，在MMP9基因第10内含子发现C/T突变，建立了PCR-SmaI-RFLP分型技术，并在淮猪新品系Ⅱ猪种中进行多态性分型，分析其基因型频率和等位基因频率，检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析。结果表明，在淮猪新品系Ⅱ猪群中，所有胎次产仔数呈TC＞CC＞TT的趋势，TC型个体的所有胎次产仔数显著高于CC型个体0.776头（P＜0.05）。因此，MMP9基因在淮猪新品系Ⅱ猪群中与产仔数性状显著相关，为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记。

关键词： 猪 MMP9 产仔数 关联分析

猪ADAMTS1基因的多态性与产仔数性状的关联分析

刘林清; 李庆岗; 王重龙; 《养猪 》 2022

摘要：通过比较序列测定法，在ADAMTS1基因第7外显子发现C/G突变，建立了PCR-PvuⅡ-RFLP分型技术，并在淮猪新品系Ⅱ猪种中进行多态性分型，分析其基因型频率和等位基因频率，检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析。结果表明，在淮猪新品系Ⅱ猪群中，所有胎次产仔数呈现AB>BB>AA的趋势，AB型个体的所有胎次产仔数显著高于BB型个体0.665头（P<0.05）。因此，ADAMTS1基因在淮猪新品系Ⅱ猪群中与产仔数性状显著相关，可能为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记。

关键词： 猪 ADAMTS1 产仔数 关联分析

猪NR4A1基因的多态性与产仔数性状的关联分析

刘林清; 李庆岗; 苏世广; 周梅; 张威; 王重龙; 《养猪 》 2021

摘要：通过比较序列测定法,在NR4A1基因第5内含子发现A/G突变,建立了PCR-DdeI-RFLP分型技术,并在3个中外猪种中进行多态性分型,分析其基因型频率和等位基因频率,还在长白猪猪群中检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析.结果表明,在长白猪猪群中,所有胎次产仔数呈现GG>AG>AA的趋势.其中,GG型个体和AG型个体的所有胎次产仔数分别显著高于AA型个体(P<0.05).因此,NR4A1基因在长白猪猪群中与产仔数性状显著性相关,可能为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记.

关键词： 猪 NR4A1 产仔数 关联分析

猪ALAS1基因的多态性与产仔数性状的关联分析

刘林清; 李庆岗; 苏世广; 周梅; 张威; 王重龙; 《养猪 》 2020

摘要：通过比较序列测定法,在ALAS1基因第9内含子发现T/C突变,建立了PCR-MspI-RFLP分型技术,并在3个中外猪种中进行多态性分型,分析其基因型频率和等位基因频率,还在长白猪和淮猪新品系Ⅱ猪群中检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析.结果表明,长白猪和淮猪新品系Ⅱ猪群中,所有胎次产仔数都呈现CC>TC>TT的趋势.其中,CC型个体和TC型个体的所有胎次产仔数分别显著高于TT型个体(P<0.05).因此,ALAS1基因在两个猪群中与产仔数性状显著相关,可能为提高猪产仔数性状提供一个有用的分子标记.

关键词： 猪 ALAS1 产仔数 关联分析

IGF-1基因多态性与猪生长性状的相关性分析

许金根; 陶立; 王立克; 王重龙; 刘林清; 李庆岗; 《安徽科技学院学报 》 2016

摘要：目的:研究淮猪新品系与杜洛克猪杂交的生产性能,并分析IGF-1基因对猪生长性状的遗传效应。方法:通过ACEMA-64自动饲喂系统测定杜洛克猪、淮猪新品系、杜洛克猪×淮猪新品系的生长性状。另外,用PCR-RFLP方法对测定猪的基因多态性进行检测。结果:杜洛克猪、淮猪新品系×杜洛克猪的平均日增重和达100kg校正日龄都显著优于淮猪新品系(P<0.05);淮猪新品系×杜洛克猪的饲料转化率显著低于淮猪新品系(P<0.05),但也显著高于杜洛克猪(P<0.05)。IGF-1基因PCR产物经Hha I酶切,杜洛克猪仅检测到BB型;淮猪新品系检测到AB和BB型;杜洛克猪×淮猪新品系检测到AA、AB和BB型。关联分析表明,三种基因型个体的平均日增重、饲料转化率和达100kg校正日龄存在差别,但是差异都不显著(P>0.05)。其中,淮猪新品系BB型个体的生长性状有优于AB型的趋势,杜洛克猪×淮猪新品系BB型个体有优于AB和AA型的趋势。结论:淮猪新品系与杜洛克猪杂交效果较好,但IGF基因作为改善猪生长性状的分子标记仍需进一步的验证。

关键词： 猪 IGF-1 基因多态性 生长性状

圩猪与大约克猪的肌肉品质比较

李小金; 钱坤; 刘林清; 周芬; 李庆岗; 周杰; 王重龙; 《养猪 》 2015

摘要：为比较圩猪和大约克猪的肌肉品质,选取圩猪和大约克猪各10头,屠宰后取背最长肌,按照肉质性状测定标准对部分肉质性状和16种氨基酸含量进行测定。结果表明,肉色,圩猪比大约克猪高12.86%(P<0.05);粗蛋白质,圩猪比大约克猪低6.34%(P<0.05);大理石纹和肌内脂肪含量,圩猪比大约克猪分别高84%(P<0.01)和150%(P<0.01)。背最长肌谷氨酸含量、氨基酸总量、必需氨基酸含量和鲜味氨基酸含量,圩猪比大约克猪分别高11.08%(P<0.01)、5.51%(P<0.01)、4.67%(P<0.01)和7.54%(P<0.01);脯氨酸、亮氨酸和赖氨酸含量,圩猪比大约克猪分别高9.33%(P<0.05)、5.14%(P<0.05)和3.06%(P<0.05);其他指标各组间差异不显著(P>0.05)。说明圩猪具有较好的肌肉品质。

关键词： 圩猪 大约克猪 肌肉品质 氨基酸