5种山茶属植物PYL基因密码子偏好性分析

刘丹丹; 王雷刚; 吴琼; 孙明慧; 焦小雨; 阮旭; 王文杰; 《西北农业学报 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：为了更深入地了解PYL基因的遗传和进化特征,本研究针对5种山茶属植物的PYL基因密码子使用模式进行分析.基于公布的浙江红山茶、狭叶油茶、'云抗10号'、野生大树茶、'铁观音'基因组数据共鉴定出55个PYL基因.系统发育结果显示,PYL基因可分为4类.共线性分析表明,PYL基因在进化过程中受到的选择压力较小,主要受到纯化选择的作用.密码子偏好指数和同义密码子使用偏差分析,59个同义密码子的使用存在显著差异.PYL基因偏好使用GCC、ATC、CTC、ACC、GTC等以G/C结尾编码疏水性氨基酸的密码子.通过ENC plot、PR2-plot、GC3-GC12分析表明,自然选择在PYL基因进化中发挥了重要作用.在异源表达时,PYL基因密码子使用频率相似性高的受体为最佳受体.本研究揭示PYL基因在山茶属植物中的密码子使用特点和进化关系,为深入理解其功能及适应性机制提供了参考依据.

关键词： 山茶属 PYL基因 系统发育分析 共线性分析 密码子偏好性