使用Cytoscape对生物网络数据的建模和分析

江珊; 蒋勃; 徐桂珍; 李继红; 乐毅; 《农业网络信息 》 2017

摘要：生物网络是系统生物学研究的重要内容。本文介绍了多种常用复杂生物网络可视化系统,针对Cytoscape系统在可视化的建模过程以及在建模过程中使用到的布局算法进行对比研究,并利用Cytoscape系统中丰富的插件对复杂网络数据进行分析,包括对数据进行网络分析和更改、使用BINGO插件进行基因注释、使用AGILENT LITERATURE SEARCH(ALS)插件搜索基因相互作用文献等。

关键词： 复杂生物网络 Cytoscape 建模 布局算法 插件 BiNGO ALS