科研产出
安徽鸡群鸡滑液囊支原体病流行病学调查与病原分离鉴定
《安徽农业科学 》 2025
摘要：为进一步了解鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)在安徽鸡群中的感染情况和流行菌株的遗传进化特征，对10个不同类型鸡群进行血清学和抗原核酸检测，分离并鉴定菌株，并进行遗传进化分析。结果表明，安徽鸡群中MS的平均抗体阳性率为71.02%,平均核酸阳性率为72.19%,血清学检测结果和核酸检测结果之间存在显著相关(P<0.05);通过不同类型鸡群的比较发现，青年鸡群MS的感染率最低，其次为种鸡群。经过分离、培养、纯化和鉴定，从发病鸡群中分离到2株MS分离株，命名为AHH-01和AHH-02,分离株具有典型的MS菌株特征；基因分型结果显示，2株分离株均为K基因型，在遗传进化关系上与四川分离株SMU-SCYA-LF1/2019的亲缘关系最近，与国内其他地区的分离株存在一定的遗传距离。该研究为深入分析安徽地区鸡群MS的感染情况和流行菌株提供了研究基础。
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安徽地区新型鸭呼肠孤病毒的分离鉴定及其σC基因序列分析
《中国预防兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为掌握新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）的最新流行特征，本研究收集安徽某地区鸭场出现肝组织肿胀、出血等临床症状的25份雏鸭肝脏及脾脏样品，利用RT-PCR方法检测NDRV。将RT-PCR检测为阳性的病料样品接种SPF鸡胚分离病毒，收获第3代尿囊液进行PCR检测及病毒纯净性鉴定；同时对NDRV分离株的全长σC基因进行克隆并测序，将测序所得的分离株σC基因序列与GenBank中登录的21株禽源呼肠孤病毒参考株的相应基因序列及推导氨基酸序列进行相似性比对分析，利用Mega 7.0软件构建分离株基于σC基因的系统进化树，并进行σC基因编码氨基酸序列的突变分析。将分离株接种Vero细胞观察其体外培养特性，感染雏鸭进行致病性试验。结果显示，25份病料样品中检出3份NDRV阳性样品，将阳性病料样品接种鸡胚3 d内，鸡胚全部死亡，并伴有水肿、严重充血等现象；病毒纯净性试验结果显示，病料样品仅NDRV呈阳性，其他病原如鸭甲型肝炎病毒（DHV）、鸭坦布苏病毒（DTMUV）、禽呼肠孤病毒（ARV）、番鸭呼肠孤病毒（MDRV）、H9亚型禽流感病毒（H9N2 AIV）及禽腺病毒（FAdV）均为阴性。将3株分离株经测序分析，结果显示，其目的基因序列完全一致，为同一株病毒，并将其命名为NDRV AH株。对NDRV AH株σC基因进行序列相似性分析发现，NDRV AH株与其他NDRV参考株σC核苷酸序列的相似性为89.5%～99.0%，氨基酸序列的相似性为85.3%～98.9%。σC基因的遗传演化结果显示，NDRV AH株属于基因2型。σC氨基酸比对分析结果显示，与灭活疫苗TH11株（KC493571.1）相比，NDRV AH株aa67、aa93、aa100、aa132、aa151、aa158、aa212、aa253和aa298均发生了突变。将该分离株接种Vero细胞，可观察到细胞出现形态圆缩、细胞核聚集等细胞病变。致病性试验结果显示，感染雏鸭死亡率为40%，剖检发现雏鸭肾脏、肝脏出血，脾脏肿大，有轻微坏死灶或大面积坏死灶，有些脾脏质地较硬。可见大面积坏死灶。本研究揭示了NDRV在我国安徽地区的分子流行病学特征，为变异株疫苗研发奠定了基础，对NDRV感染的防治具有重要意义。
关键词： 新型鸭呼肠孤病毒 分离鉴定 σC基因 进化分析 致病性试验
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香叶醇生物合成相关基因NUDX1的进化分析
《茶叶科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：茶树中存在2个亚细胞定位不同的NUDX1基因(CsNUDX1-cyto和CsNUDX1-chlo),其中定位于细胞质的CsNUDX1-cyto基因与香叶醇生物合成密切相关.为探究NUDX1基因在不同茶树品种中的序列、功能差异及其在物种间的进化,通过序列比对、基因克隆、进化树构建、代谢物分析、功能验证等分析了该基因在茶树与非茶树植物中的进化以及香叶醇积累差异.结果表明,不同茶树基因库中组装的CsNUDX1s核苷酸序列存在差异;RT-PCR克隆显示4个阿萨姆变种和4个中国变种茶树中均有CsNUDX1-cyto和CsNUDX1-chlo的阳性克隆,且核苷酸序列存在差异.利用Phytozome网站数据进行序列比对及进化树构建,结果显示共有58个植物中存在CsNUDX1同源基因;该基因在植物物种间较为保守,在低等植物藻类基因组中也存在;在单子叶禾本科植物中,除短柄草(Brachypodium distachyon)泛基因组中存在蛋白序列匹配率大于58%的目的基因,其余均较低,尤其是在部分禾本科植物中该基因存在缺失.代谢物分析表明15个禾本科植物水稻、小麦和玉米品种鲜叶中均未检测到香叶醇的合成,而4个茶树品种嫩梢中香叶醇含量为0.87~4.12μg·g-1.此外,茶树CsNUDX1s基因在幼嫩叶片中有高表达;阿萨姆变种茶树佛香3号的CsNUDX1-cyto同样具有合成香叶醇的功能.本研究表明,NUDX1基因广泛存在植物基因组中,在茶树基因组中存在2个CsNUDX1s基因,并与茶树叶片中香叶醇的合成相关.
关键词： 香叶醇 NUDX1基因 进化分析 Phytozome 茶树
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水稻直立短穗突变体esp的转录组研究
《中国农业科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆水稻直立短穗基因Erect and Short Panicle(ESP),分析其参与的基因调控途径,解析ESP控制株型、穗长等农艺性状的分子机理。【方法】以直立短穗突变体esp及其野生型为材料,成熟期进行株高、穗长、粒长等表型测定;构建籼粳杂交F2定位群体,挑选与突变表型一致的F2单株,利用与突变性状连锁的分子标记对目的基因进行定位;对野生型和突变体进行基因组测序,结合定位结果,找到突变位点,克隆ESP;利用生物信息学软件进行进化树和基因表达分析;提取野生型和突变体幼穗中的RNA并建库,GO(gene ontology)聚类分析表达差异基因,同时根据KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库,分析野生型和突变体中植物激素信号转导和内质网蛋白加工相关基因的表达变化,并通过qRT-PCR验证。【结果】通过表型观察和农艺性状调查,与野生型相比,直立短穗突变体esp株高降低,穗长变短,穗型由弯曲变为直立,每穗粒数减少,粒长变短,粒宽和千粒重增加;有效穗数无显著差异。利用突变体esp与PA64构建籼粳F2定位群体,将目的基因定位于水稻第7染色体长臂标记C7-11和C7-14之间7.58 Mb区间内,基因组测序发现LOC_Os07g42410第6内含子与第7外显子连接位点由碱基G变异为A,导致第6内含子不能被剪切,蛋白翻译提前终止;该基因与已报道的OsDEP2/OsEP2为等位基因。进化分析显示该基因广泛存在于单子叶和双子叶植物中;表达分析表明ESP在茎秆、花序、雌蕊、内外稃和子房中高度表达,其表达水平随着子房变大而逐渐降低。利用转录组分析突变体和野生型幼穗中的基因表达,结果表明,与野生型相比,esp突变体中表达差异显著(差异>1.5倍)的基因630个,其中235个表达上调,395个表达下调。GO分析显示植物激素信号转导和内质网蛋白加工相关基因受到不同程度地调控,利用qRT-PCR进行验证,结果与转录组数据一致。【结论】直立短穗基因ESP与已报道的直立穗基因OsDEP2/OsEP2为等位基因,其突变导致株高降低、穗长变短等多个表型;ESP可能通过调节植物激素信号转导、内质网蛋白加工过程中的基因表达,进而影响植株的发育。
关键词： 水稻 直立短穗突变体 基因克隆 进化分析 转录组分析
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基于ITS标记分析安徽省桑种质资源的亲缘关系
《热带农业工程 》 2017
摘要：核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)是被子植物分子系统发育研究中应用最广泛的分子标记。对收集的12份安徽地方特色桑种质资源提取总DNA,用PCR扩增方法进行测序分析;根据鲁桑基因序列,确定ITS序列范围,并进行序列比对;通过分析序列长度、G+C含量、变异位点及遗传分歧,探讨了安徽桑树种质材料间的亲缘关系,为更深入地研究桑属植物间的系统进化关系提供重要的参考资料。
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