科研产出
5种山茶属植物PYL基因密码子偏好性分析
《西北农业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了更深入地了解PYL基因的遗传和进化特征,本研究针对5种山茶属植物的PYL基因密码子使用模式进行分析.基于公布的浙江红山茶、狭叶油茶、'云抗10号'、野生大树茶、'铁观音'基因组数据共鉴定出55个PYL基因.系统发育结果显示,PYL基因可分为4类.共线性分析表明,PYL基因在进化过程中受到的选择压力较小,主要受到纯化选择的作用.密码子偏好指数和同义密码子使用偏差分析,59个同义密码子的使用存在显著差异.PYL基因偏好使用GCC、ATC、CTC、ACC、GTC等以G/C结尾编码疏水性氨基酸的密码子.通过ENC plot、PR2-plot、GC3-GC12分析表明,自然选择在PYL基因进化中发挥了重要作用.在异源表达时,PYL基因密码子使用频率相似性高的受体为最佳受体.本研究揭示PYL基因在山茶属植物中的密码子使用特点和进化关系,为深入理解其功能及适应性机制提供了参考依据.
关键词： 山茶属 PYL基因 系统发育分析 共线性分析 密码子偏好性
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安徽省太和县中国南瓜曲叶病毒自然侵染南瓜的检测分析
《植物保护 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：中国南瓜曲叶病毒（squash leaf curl China virus, SLCCNV）是一种植物单链DNA病毒，属于双生病毒科Geminiviridae菜豆金色花叶病毒属Begomovirus。在自然条件下该病毒可以侵染多种葫芦科作物，如南瓜、甜瓜等。该病毒由烟粉虱进行持久性传播，是影响瓜类产量和品质的重要病害。2021年4月-5月，安徽省太和县温室大棚中的南瓜叶片出现斑驳、皱缩、卷曲以及植株矮化等现象，我们采集了具有典型病毒病症状的南瓜病叶样品以及烟粉虱虫体进行RT-PCR鉴定，结合测序结果鉴定危害南瓜的病毒为SLCCNV。为了进一步明确安徽太和地区SLCCNV的系统进化特征，我们测定了SLCCNV的外壳蛋白基因（coat protein,CP）序列并进行系统发育分析，结果表明安徽太和县所检测到的SLCCNV分离物与中国广东和海南地区的分离物亲缘关系较近，并且与越南、菲律宾、柬埔寨、泰国等一些国家的分离物处于同一个大分支，存在较小的地域差异性，而与印度和孟加拉国地区的分离物亲缘关系相对较远，处于不同的大分支。本研究是安徽省SLCCNV侵染南瓜的首次报道，期望为该病害的预警和防控提供理论依据。
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