基于SNP芯片检测皖南花猪保种群遗传结构

王静琳; 吴旭东; 何志兵; 刘阳光; 王小芬; 丁月云; 郑先瑞; 张晓东; 殷宗俊; 《农业生物技术学报 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：皖南花猪(Sus scrofa domesticus)是安徽省乃至中国不可或缺的宝贵猪种资源，研究皖南花猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，对揭示皖南花猪目前的群体状况至关重要。本研究基于“中芯一号”芯片(Chinese Chip-1 BeadChip)检测32头皖南花猪的全基因组SNP位点，利用PLINK软件进行观察杂合度(observed heterozygosity, Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity, He)和多态信息含量(polymorphic information content, PIC)的计算及连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)的检测，分析皖南花猪群体的遗传多样性。通过GCTA软件构建G矩阵，解析皖南花猪群体的亲缘关系；MEGA X软件构建群体进化树，分析皖南花猪群体的家系结构。结果显示，32头皖南花猪共检测到42 662个SNPs位点，满足质控条件的SNP位点有21 317个；群体多态性标记比例(polymorphism marker ratio, PN)为0.500，有效群体含量(effective population size, Ne)为3，群体He为0.348,Ho为0.372，平均亲缘系数为0.11。G矩阵的结果显示，大多数皖南花猪之间存在中等程度的亲缘关系。ROH片段共有884个，ROH平均长度为(12.35±2.17) Mb，个体ROH平均长度为(341.19±139.58) Mb；基于ROH的平均近交系数为0.139±0.056，保种群的近交程度较低；聚类分析结果表明，皖南花猪公猪来源于5个血统。综上所述，皖南花猪保种群群体有效含量偏低，遗传多样性中等，近交程度中等，可能含有少量外来血缘。本研究为皖南花猪遗传资源的保护及利用提供科学依据。

关键词： 皖南花猪 SNP芯片 遗传结构 亲缘关系 家系结构