科研产出
基于SNP芯片检测皖南花猪保种群遗传结构
《农业生物技术学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：皖南花猪(Sus scrofa domesticus)是安徽省乃至中国不可或缺的宝贵猪种资源，研究皖南花猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，对揭示皖南花猪目前的群体状况至关重要。本研究基于“中芯一号”芯片(Chinese Chip-1 BeadChip)检测32头皖南花猪的全基因组SNP位点，利用PLINK软件进行观察杂合度(observed heterozygosity, Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity, He)和多态信息含量(polymorphic information content, PIC)的计算及连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)的检测，分析皖南花猪群体的遗传多样性。通过GCTA软件构建G矩阵，解析皖南花猪群体的亲缘关系；MEGA X软件构建群体进化树，分析皖南花猪群体的家系结构。结果显示，32头皖南花猪共检测到42 662个SNPs位点，满足质控条件的SNP位点有21 317个；群体多态性标记比例(polymorphism marker ratio, PN)为0.500，有效群体含量(effective population size, Ne)为3，群体He为0.348,Ho为0.372，平均亲缘系数为0.11。G矩阵的结果显示，大多数皖南花猪之间存在中等程度的亲缘关系。ROH片段共有884个，ROH平均长度为(12.35±2.17) Mb，个体ROH平均长度为(341.19±139.58) Mb；基于ROH的平均近交系数为0.139±0.056，保种群的近交程度较低；聚类分析结果表明，皖南花猪公猪来源于5个血统。综上所述，皖南花猪保种群群体有效含量偏低，遗传多样性中等，近交程度中等，可能含有少量外来血缘。本研究为皖南花猪遗传资源的保护及利用提供科学依据。
关键词： 皖南花猪 SNP芯片 遗传结构 亲缘关系 家系结构
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栝楼种质资源亲缘关系的RAPD分析
《安徽农业大学学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：利用RAPD分子标记技术对栝楼种质资源圃中的28个性状有差异的单株进行聚类分析研究,从而了解它们之间的亲缘关系。结果表明,浙江省的吊瓜和安徽省的栝楼之间遗传距离较远;安徽省内栝楼的种质资源较为丰富,资源大体上可以分为5大类;同一类中种质资源在植物学和生物学性状上仍存在有较多的差异性;本研究还发现"大麻籽"和"大麻籽二号"虽然外部形态相似,但它们的遗传距离较远。因此,对栝楼种质资源进行分类时不仅要从外部形态上进行分析,还要利用分子生物学方法作进一步的验证。
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