棉花分子标记冗余性检测与评价的方法

王为; 叶泗洪; 潘宗瑾; 王海洋; 高进; 蔡立旺; 陈建平; 王永慧; 潘群斌; 王长彪; 《江苏农业学报 》 2015 北大核心 CSCD

摘要：网上数据库公布的棉花分子标记引物序列存在冗余性,至今也鲜见合适的软件同时分析一对引物的冗余性。为减少不同研究者的重复开发,节约时间和成本,提高对网上序列信息的利用率,借助自主开发的能同时分析一对引物和已释放的引物间是否存在冗余性的软件SSRD1.0,利用90对前人已开发的并用该软件预测过相互间存在冗余性的SSR引物,以TM-1、海7124基因组为模板分别进行扩增、电泳、测序。结果表明软件预测和基因型水平检测有88.8%的吻合度;在Identity阈值设为50%、70%时,测序结果表明序列水平和软件预测分别有75.0%、53.8%的吻合度。分别从软件预测、基因型、序列3个水平进行检测、验证,结果表明这一冗余软件和冗余性预测方法是较为有效、可行的。

关键词： 棉花 分子标记 SSR 冗余性软件 检测 预测

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